データ・AIのスキル

金融市場の時系列データからKronosで予測を作り、最新ニュースの論調や因果関係を踏まえて数値を調整するスキル。定量予測とニュースを組み合わせた見通しを扱います。

• 時系列データから市場を予測したいとき
• 最新ニュースを踏まえた予測の調整
• 定量予測とニュースの論調の組み合わせ

金融ニュースなどの文章をFinBERTやLLMで分析し、肯定・否定・中立の分類とスコア、短い理由を出力し、未分析ニュースの一括処理も行うスキル。

• 金融ニュースの感情を分類したいとき
• 未分析ニュースを一括処理したいとき
• 理由の検討が必要な文章をLLMで分析

中国本土のA株・香港株・米国株を、企業名や銘柄コードから検索します。期間を指定した株価と出来高の履歴に加え、業種・時価総額・PERなどの基本情報も取得できます。

• 企業名から銘柄コードを探したいとき
• 期間を指定した株価と出来高の取得
• 業種・時価総額・PERの確認

質量分析データからタンパク質量を算出し、試料間の比較に使う定量値を整えます。LFQ、TMT/iTRAQ、SILACに応じた正規化や比率計算を扱います。

• LFQの測定値を正規化したいとき
• TMT/iTRAQ信号のタンパク質別集約
• SILACの標識間比率を求めたいとき

FASTQに混入したアダプター配列をCutadaptやTrimmomaticで除去します。片端・両端の読み取りデータに対応し、長さなどの条件で絞り込むスキルです。

• FastQCで見つかったアダプターの除去
• ペアエンド配列を対応付け前に整えたいとき
• 独自のアダプター配列を除去したいとき

タンパク質の質量分析で照合に使うスペクトルライブラリを作成・管理します。実測データや予測値からの構築、解析ツール向けの形式変換、品質確認や統合を支援します。

• 実測検索結果からライブラリを作りたいとき
• 予測スペクトルと保持時間を使いたいとき
• DIA解析ツール向けに形式変換したいとき

リン酸化など、タンパク質が作られた後に加わる修飾を解析します。修飾部位の信頼度で絞り込み、周辺配列の傾向や部位ごとの量の違いを調べ、タンパク質量の変化も考慮します。

• MaxQuantの高信頼なリン酸化部位抽出
• 修飾部位の周辺配列を調べたいとき
• 実験群間で修飾量を比較したいとき

FASTQ形式のシーケンスデータから品質レポートを作り、塩基ごとの品質やアダプター混入、重複を確認します。複数試料の集計や前処理前後の比較にも使えます。

• 生のシーケンスデータの品質確認
• 複数試料の品質を比較したいとき
• トリミング前後を検証したいとき

タンパク質の立体構造から原子間の距離や角度、残基同士の接触を計算し、構造の重ね合わせとずれの比較、水に接する表面積の評価まで支援します。

• 原子間距離や主鎖・側鎖の角度の計測
• 構造の重ね合わせとRMSD比較
• 近接原子や残基同士の接触の探索

生命科学の解析依頼と入力ファイルを確認し、適切な専門スキルへ振り分けます。複数工程の計画から、結果レポートや再実行に必要な記録の作成まで扱います。

• 生物データの形式と解析先を確認したいとき
• 変異の注釈付けと集団多様性評価の連携
• 解析方法と結果を一つの報告にまとめる

タンパク質の測定データを本解析に進める前に、検出数や欠損値、反復測定の相関、測定強度の分布、処理バッチによる偏りを集計・可視化して品質を確認するスキル。

• 本解析前のサンプル品質点検
• サンプル・タンパク質別の欠損確認
• 反復測定の相関とばらつきの比較

遺伝子リストをWikiPathwaysの生体内経路と照合し、関連の強い経路を統計的に調べます。発現変化の順位を使う解析や複数群の比較、結果の図示・CSV出力に対応します。

• 発現差のある遺伝子の関連経路探索
• 発現変化の順位でGSEAを行いたいとき
• 発現上昇群・低下群の経路比較

実験群間で量が変化したタンパク質を、統計検定で調べます。多数の検定に伴う補正と変化量による絞り込みを行い、候補の抽出や結果の可視化を支援します。

• 処理群と対照群のタンパク質量を比べたいとき
• 補正後のp値と変化量で候補を絞りたいとき
• 欠損値を含むタンパク質データの解析

微生物解析で得たASVという塩基配列の単位に、参照データベースを使って分類名を付けます。細菌や真菌などに応じた分類方法と信頼度の設定、結果の整理を扱うスキルです。

• DADA2処理後のASV分類
• UNITEによる真菌ITS配列の分類
• 分類結果の信頼度を設定したいとき

SMILESやSDFなどの分子データを読み書きし、形式を変換します。構造の妥当性確認や電荷・塩の処理で表現を整え、化合物ライブラリの分析準備を支援します。

• 化合物ライブラリをPythonで読み込む
• 分子ファイルの形式を変換したいとき
• 分析前に分子構造の表現を統一したいとき

質量分析の生データやタンパク質の定量結果をPythonやRに読み込み、解析用の表に整えます。混入物などの除外や、タンパク質・試料ごとの欠損値の確認も扱います。

• mzMLやmzXMLのスペクトル読み込み
• MaxQuant結果の除外処理と定量値抽出
• DIA-NNレポートの定量表への変換

DNA断片の両端を読んだR1/R2のFASTQファイルを、対応を保って処理するスキル。品質や長さでの選別、交互配置での結合・分割、件数確認を支援します。

• R1/R2のIDと件数を確認したいとき
• 品質や長さでペアを選別したいとき
• ペアを交互に並べたファイルの作成

分子構造から物性値や構造の特徴を表す数値をRDKitで計算し、化合物の類似性分析、機械学習用データの作成、医薬品らしさによる絞り込みに使うスキルです。

• 機械学習用の分子特徴量を作りたいとき
• 化合物の類似性分析用データ作成
• 医薬品らしさで化合物を絞りたいとき

遺伝子リストに多く含まれる生物学的な機能をGO解析で調べます。遺伝子IDの変換、比較対象となる背景集合の指定、似た結果の整理、CSV出力まで扱うスキル。

• 発現変動遺伝子の機能を解釈したいとき
• 解析前に遺伝子IDを変換したいとき
• 実験対象の遺伝子を背景に指定したいとき

遺伝子の機能や経路の偏りを調べた解析結果を、Rのenrichplotで可視化します。遺伝子と機能の関係図や条件別の比較図を作り、論文向けに整えるスキルです。

• GO・KEGG解析結果の要約図作り
• 遺伝子と機能の関係を可視化したいとき
• GSEAのスコアや分布の図示

タンパク質のPDB構造ファイルから、鎖・残基・原子を指定して情報を取り出すスキル。原子座標の取得やアミノ酸配列の抽出、構成要素の集計を支援します。

• 指定した鎖や残基の原子座標の取得
• PDBからアミノ酸配列を抽出したいとき
• 水分子とリガンドを分けて調べたいとき

遺伝子発現やメチル化など複数の測定データから患者間の類似性を統合し、患者群を分類します。統合したネットワークの可視化や既知の分類、生存期間との比較も扱います。

• 複数の分子データで患者群を探索
• 統合した患者ネットワークの可視化
• 既知のサブタイプと比較したいとき

RNA-seq・タンパク質・メチル化などの測定データを統合解析に備えて整え、正規化、測定バッチ間の差の補正、遺伝子やサンプルの対応付け、欠損値処理を進めるスキル。

• RNA・タンパク質・メチル化の統合準備
• 測定バッチ間の差を補正したいとき
• サンプルと遺伝子IDの対応付け

Ribo-seqデータからタンパク質に翻訳される領域を検出し、既知の領域に加えて上流や未注釈の候補を分類し、領域ごとの翻訳量や条件間の差を調べるスキル。

• 既知の注釈以外の翻訳領域を探したいとき
• 上流の翻訳領域を調べたいとき
• 領域ごとの翻訳量を定量したいとき