コーディング規約、フレームワーク、リファクタリング、コードレビュー（1.5万 件）
Harden a plan with independent Claude/Codex review, then optionally build and cross-inspect it. Start in either Claude Code or Codex: the host plans and the other provider reviews. Use for claudex this plan, claudex-loop, or the legacy crucible trigger; not for trivial edits.
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Have Codex implement a concrete work order and have Claude independently inspect the final changes. Preserves the explicit Codex builder choice; use claudex-loop for host-based planning and automatic reviewer selection.
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Have Codex independently review an existing implementation plan while Claude coordinates a bounded revision loop. For automatic reviewer selection from either host, use claudex-loop with mode=review.
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Reolink camera integration — RTSP and HTTP API
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Cloudflare's official cf CLI (beta) for the public Cloudflare API and Workers projects. Use for finding and running Cloudflare commands from the terminal — sign-in and profiles, cf cli search, cf schema, cf deploy/dev/build, resource commands for DNS, zones, D1, KV, and R2 — and for choosing between cf and Wrangler in a project.
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Build, debug, or review Cloudflare Agents SDK applications using the agents package.
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Reactome pathway enrichment using ReactomePA package. Use when analyzing gene lists against Reactome's curated peer-reviewed pathway database. Performs over-representation analysis and GSEA with visualization and pathway hierarchy exploration.
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Parse and write protein structure files using Biopython Bio.PDB. Use when reading PDB, mmCIF, and MMTF files, downloading structures from RCSB PDB, or writing structures to various formats.
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Modify protein structures using Biopython Bio.PDB. Use when transforming coordinates, removing atoms or residues, adding new entities, modifying B-factors and occupancies, or building structures programmatically.
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Enumerates chemical libraries through reaction SMARTS transformations using RDKit. Generates virtual compound libraries from building blocks using defined chemical reactions with product validation. Use when creating combinatorial libraries or enumerating products from synthetic routes.
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Taxonomic classification of ASVs using reference databases like SILVA, GTDB, or UNITE. Covers naive Bayes classifiers (DADA2, IDTAXA) and exact matching approaches. Use when assigning taxonomy to ASVs after DADA2 amplicon processing.
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Perform geometric calculations on protein structures using Biopython Bio.PDB. Use when measuring distances, angles, and dihedrals, superimposing structures, calculating RMSD, or computing solvent accessible surface area (SASA).
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KEGG pathway and module enrichment analysis using clusterProfiler enrichKEGG and enrichMKEGG. Use when identifying metabolic and signaling pathways over-represented in a gene list. Supports 4000+ organisms via KEGG online database.
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Read biological sequence files (FASTA, FASTQ, GenBank, EMBL, ABI, SFF) using Biopython Bio.SeqIO. Use when parsing sequence files, iterating multi-sequence files, random access to large files, or high-performance parsing.
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Navigate protein structure hierarchy using Biopython Bio.PDB SMCRA model. Use when accessing models, chains, residues, and atoms, iterating over structure levels, or extracting sequences from PDB files.
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Taxonomic classification of metagenomic reads using Kraken2. Fast k-mer based classification against RefSeq database. Use when performing initial taxonomic classification of shotgun metagenomic reads before abundance estimation with Bracken.
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MS-DIAL-based metabolomics preprocessing as alternative to XCMS. Covers peak detection, alignment, annotation, and export for downstream analysis. Use when processing MS-DIAL output files for R/Python analysis or when preferring GUI-based preprocessing.
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Visualize metagenomic profiles using R (phyloseq, microbiome) and Python (matplotlib, seaborn). Create stacked bar plots, heatmaps, PCA plots, and diversity analyses. Use when creating publication-quality figures from MetaPhlAn, Bracken, or other taxonomic profiling output.
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Map metabolites to biological pathways using KEGG, Reactome, and MetaboAnalyst. Perform pathway enrichment and topology analysis. Use when interpreting metabolomics results in the context of biochemical pathways.
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Metabolite identification from m/z and retention time. Covers database matching, MS/MS spectral matching, and confidence level assignment. Use when assigning compound identities to detected features in untargeted metabolomics.
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Analyzes isoform switching events and functional consequences using IsoformSwitchAnalyzeR. Predicts protein domain changes, NMD sensitivity, ORF alterations, and coding potential shifts between conditions. Use when investigating how splicing changes affect protein function.
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Filter and select sequences by criteria (length, ID, GC content, patterns) using Biopython. Use when subsetting sequences, removing unwanted records, or selecting by specific criteria.
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Calculate tumor mutational burden from panel or WES data with proper normalization and clinical thresholds. Use when assessing immunotherapy eligibility or characterizing tumor immunogenicity.
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Work with FASTQ quality scores using Biopython. Use when analyzing read quality, filtering by quality, trimming low-quality bases, or generating quality reports.
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