リサーチ・学習のスキル

Reactomeから生体内の反応経路やイベント、関与する分子、図に関連するデータを取得し、短い概要に整理します。識別子を使った照会や検索に対応するスキル。

• パスウェイやイベントIDの照会
• 分子に関連する経路の検索
• イベントに関与する分子の確認

PharmGKBのAPIから遺伝子、遺伝子の変異、臨床注釈、投与量ガイドラインを検索し、取得結果を簡潔に要約します。必要に応じて元データも保存できます。

• 遺伝子や変異をIDで調べたいとき
• 薬剤に関連する臨床注釈の確認
• 投与量ガイドラインの取得と要約

NCBI Datasets v2からゲノムや生物の分類、関連する登録情報を対象を絞って取得し、短い要約で確認できる形に整理するスキル。元の応答の保存にも対応。

• 特定の生物のゲノム情報を調べたいとき
• 登録識別子によるアセンブリの確認
• 分類IDによる生物分類の確認

生命科学の幅広い調査相談を整理し、遺伝子や疾患などの名称・識別子をそろえて専門スキルを選び、複数の情報源の根拠と限界を簡潔な回答にまとめるスキル。

• 遺伝子と疾患の関連を整理したいとき
• 変異と身体的特徴に関する根拠の統合
• タンパク質の構造・機能・薬理の調査

ClinVarとNCBI Variationで遺伝子のバリアント情報を検索し、VCV・RCV・SCV・RefSNPの照会や識別子の対応確認、要約を行うスキル。

• ClinVarでバリアントを検索したいとき
• VCV・RCV・SCV・RefSNPの照会
• バリアント識別子の対応確認

PDBやUniProtの識別子、化合物の構造を手がかりにBindingDBの結合データを検索し、候補や標的を短く要約します。応答全体は依頼時に保存します。

• PDB識別子から結合分子を探したいとき
• UniProtの結合データを調べたいとき
• 似た化学構造の化合物を探したいとき

化学物質を名前やChEBI IDで検索し、化合物の情報や構造メタデータ、分類上の親子関係を確認して、結果を簡潔な概要にまとめるスキル。

• 物質名から化合物を探したいとき
• ChEBI IDで詳細を確認したいとき
• 化学物質の分類関係の確認

がんの遺伝子変異の解釈に関するCIViCの情報を、対象を絞って取得し、データ構造の確認や根拠となる情報の簡潔な要約に使うスキルです。

• 特定のがん変異の根拠情報を調べたいとき
• CIViCのデータ項目を確認したいとき
• 問い合わせ結果のMarkdown要約

Human Protein Atlasの遺伝子データや検索結果、組織・細胞株のページを取得して簡潔に要約し、必要な場合だけ元のJSONやHTMLをファイルに保存するスキル。

• Ensembl IDで遺伝子を調べたいとき
• Human Protein Atlasの検索結果確認
• 組織・細胞株のページ確認

公開eQTL Catalogue APIから遺伝子や変異に関する関連データと研究情報を取得するスキル。条件を絞って照会し、結果を簡潔な概要やJSONにまとめます。

• 特定遺伝子の関連データを調べたいとき
• 変異を指定して関連データを絞り込み
• 公開カタログの研究情報の確認

指定した一つの遺伝子について、Genebassにある変異群とさまざまな形質の関連を調べ、簡潔に要約します。変異群の種類や取得件数を指定でき、JSONでの出力にも対応します。

• 一つの遺伝子と形質の関連を概観したいとき
• 指定した変異群の関連を調べたいとき
• 取得する関連の件数を増やしたいとき

遺伝的変異のアーカイブEVAから、生物種の情報や指定した変異・狭いゲノム領域の記録を取得し、調査に使える簡潔な要約やJSONで返すスキル。

• EVAの登録生物種を確認したいとき
• 識別子で変異の記録を調べたいとき
• 狭いゲノム領域の変異を確認したいとき

cBioPortalから研究、遺伝子変異、臨床情報、サンプル情報を取得し、短い要約にまとめます。研究一覧の確認や、指定した遺伝子の変異情報の照会に使えます。

• キーワードで関連研究を探したいとき
• 指定遺伝子の変異情報を確認したいとき
• 臨床情報やサンプル情報の確認

IPDの公開APIから、HLAの遺伝子型を表すアレルや細胞の登録情報を取得します。名前による絞り込みや取得件数の指定に対応し、結果を短い要約で確認できます。

• HLAアレルの登録情報を閲覧したいとき
• HLAアレル名の一部で絞り込みたいとき
• IPDに登録された細胞情報の確認

bioRxivとmedRxivの公開前論文の基本情報をAPIで取得し、期間やDOIによる検索結果、正式出版された論文との対応を短く整理するスキル。

• 指定期間のプレプリント情報を調べたいとき
• DOIから論文情報を確認したいとき
• 正式出版された論文との対応確認

EnsemblのAPIから遺伝子ID、指定したゲノム領域、関連データベースの参照情報、変異情報を取得し、必要な項目を簡潔な要約にまとめるスキル。

• Ensemblの遺伝子IDから情報を確認
• 指定領域と重なる遺伝子を検索
• 関連データベースへの参照を確認

HMDBで代謝物・タンパク質・疾患・代謝経路を分類ごとに検索し、結果を簡潔なMarkdownにまとめます。取得した応答全体のファイル保存にも対応します。

• serotoninなどの代謝物を調べたいとき
• glycolysisの関連経路を探したいとき
• タンパク質や疾患を検索したいとき

AlphaFold Protein Structure Databaseから、既存の構造予測やタンパク質の関連情報を取得して要約します。UniProtや配列の概要、注釈の確認にも使えます。

• 登録済みのタンパク質構造予測の確認
• UniProtの概要を調べたいとき
• 配列の概要や注釈を確認したいとき

GWAS Catalogから疾患や形質に関する研究、遺伝子、遺伝的変異の関連情報を取得し、短く要約します。必要に応じてJSONや応答全体の保存にも対応します。

• 喘息に関するGWAS研究を探したいとき
• BRCA1に関連する情報の確認
• 遺伝的変異や関連論文の検索

EpiGraphDBから疾患・形質の分類、関連文献、遺伝子と薬剤の関係などを調べ、取得件数を抑えた簡潔な要約や必要に応じた生データにまとめるスキル。

• 疾患や形質の分類用語を探したいとき
• 遺伝子に関連する薬剤の確認
• 関連文献や遺伝的根拠の要約

MGnifyから微生物群集の研究・試料・生息環境の情報を取得し、簡潔に要約します。研究や試料の識別番号、環境で対象を絞り、必要に応じてJSONでも受け取れます。

• 識別番号から微生物群集の研究を確認
• 特定の試料に付随する情報を要約
• 生息環境の分類を調べたいとき

遺伝子変異を一つ指定し、BioBank Japanの疾患・形質との関連結果を簡潔に確認できます。rsIDや異なるゲノム座標に対応し、全件の保存にも対応します。

• 一つの変異と疾患・形質の関連確認
• rsIDやゲノム座標で検索したいとき
• 関連結果を全件保存したいとき

CELLxGENE Discoverの公開コレクションやデータセットの基本情報を取得し、単一細胞研究のデータを探す際に役立つ簡潔な概要にまとめるスキル。

• 単一細胞データの概要を知りたいとき
• 公開コレクションの候補探し
• 基本情報をJSONで取得したいとき

塩基配列やタンパク質配列をNCBI BLASTで検索し、処理状況の確認から上位候補の要約まで進めます。検索IDでの結果の再取得や生データの保存にも対応します。

• 塩基配列やタンパク質の類似検索
• 送信済み検索の状況を確認したいとき
• 上位の一致候補を把握したいとき