リサーチ・学習のスキル

化合物や薬の標的、生物活性をChEMBLで調べ、活性値の単位統一、作用機序の確認、似た化学構造の検索や構造ファイルの取得まで行うスキル。

• 化合物と薬の標的を調べたいとき
• IC50の単位をそろえて比較
• 薬の作用機序や適応の確認

ヒトのタンパク質がどの組織にどの程度存在し、細胞内のどこに分布するかをHuman Protein Atlasで調べ、RNA発現データとの整合性も確認するスキル。

• ヒト組織のタンパク質量を調べたいとき
• タンパク質の細胞内局在の確認
• RNAとタンパク質の発現比較

遺伝子の変異が発現や発現調節、RNAのつなぎ合わせに与える影響をAlphaGenome APIで予測し、組織ごとの比較図とレポートにまとめます。

• 非コード領域の変異の影響を調べたいとき
• 組織ごとの遺伝子発現変化の比較
• RNAのつなぎ合わせの変化を可視化

疾患・薬剤・地域・募集状況などを組み合わせてClinicalTrials.govの臨床試験を検索し、参加条件や試験の詳細、条件に合う件数を確認するスキル。

• 疾患や地域で募集中の試験を探したいとき
• 臨床試験の参加・除外条件の確認
• 疾患・段階・期間ごとの試験件数の調査

遺伝子が関わる生物学的な過程や分子機能、細胞内の場所をQuickGOで調べ、特定の機能に関連する遺伝子や用語の階層、注釈の根拠を確認するスキル。

• 遺伝子の機能を調べたいとき
• GO用語に関連する遺伝子の探索
• GO用語の定義と階層の確認

遺伝子変異が分子機能に与える影響をAlphaGenomeのスコアで調べ、変異ファイルへの注釈付け、候補の順位付け、指定領域の一塩基置換の解析を行うスキル。

• 個別変異の機能影響予測の確認
• 変異ファイルの注釈付けと候補順位付け
• 指定領域の一塩基置換の影響解析

登録番号や遺伝子名、生物種、論文・特許の番号を手がかりにNCBIからタンパク質や核酸の配列を取得し、タンパク質をコードする領域の翻訳にも対応するスキルです。

• 登録番号から配列を取得したいとき
• 遺伝子名や遺伝子座から配列を探したいとき
• 論文や特許に関連する配列の収集

ラテン語・古代ギリシャ語の碑文や古代文書を対象に、欠損文字の復元、成立地域・年代の推定、類似碑文の検索を行い、結果を表とダッシュボードで確認するスキル。

• 古代碑文の欠損文字を復元したいとき
• 古代文書の成立地域・年代の推定
• 比較に使う類似碑文の検索

化合物や薬の名称・構造からPubChemを検索し、分子量などの物性、危険性、薬理情報を取得するスキル。似た構造や特定の部分構造を持つ分子も探せます。

• 化合物の物性や別名を調べたいとき
• 構造の似た分子の検索
• 化学物質の危険性と取扱注意の確認

タンパク質の機能やアミノ酸配列、生物種の情報をUniProtで検索し、外部データベースのID変換や過去の登録内容の取得、一括収集まで行うスキルです。

• タンパク質の機能と配列を調べたいとき
• データベース間でIDを変換したいとき
• 機能情報を一括収集したいとき

ENCODEのデータから遺伝子の働きを調節するDNA領域の候補を探し、細胞種ごとの情報、関連遺伝子、遺伝子発現量や実験データを取得します。

• 指定座標の遺伝子調節領域を探したいとき
• 調節領域の近傍・関連遺伝子の確認
• 試料ごとの遺伝子発現量の比較

遺伝子やタンパク質の一覧から、関連する生体内の反応経路をReactomeで調べます。経路の偏りの分析、識別子の対応づけ、反応の詳細取得や図の書き出しに対応します。

• 遺伝子リストで偏りのある経路の探索
• 解析で見つからない識別子の確認
• 反応の参加分子と経路階層の確認

遺伝子変異の集団内での頻度や祖先集団別の分布をgnomADで調べ、遺伝子の機能喪失への耐性を示す指標の取得、指定領域の変異検索を行うスキルです。

• 遺伝子変異の希少性を調べたいとき
• 祖先集団別の変異頻度の比較
• pLIやLOEUFを確認したいとき

学術論文や著者の業績をOpenAlexで検索し、DOIによる情報確認、引用数や年別件数の集計、公開PDFの取得まで進める文献調査スキル。

• 研究テーマの関連論文を探したいとき
• 著者の発表論文を一覧にしたいとき
• DOIから論文情報を確認したいとき

ゲノムの指定位置や領域について、進化の過程で保たれてきた度合いと転写因子の結合部位をUCSC Genome Browserから取得し、変異や調節領域の検討を支援します。

• 一塩基変異の位置の保存性確認
• 調節領域内の保存性ピークの探索
• 指定領域の転写因子結合部位の検索

アミノ酸配列やFASTAファイルから似たタンパク質配列を検索し、一致の程度や既知の機能を比較して、機能を推測する手がかりと結果一覧をまとめます。

• アミノ酸配列から近縁タンパク質を探す
• FASTAファイルの類似配列検索
• 機能不明なタンパク質の働きを調べたいとき

Europe PMCで生命科学分野の公開論文を検索し、PDFやテキスト・XMLの本文を取得。DOIや著者による検索に加え、その論文を引用した文献や参考文献一覧も調べられます。

• 生命科学の公開論文を探したいとき
• DOIやPMIDから論文を調べる
• 本文をPDF・テキスト・XMLで保存

UniBindで転写因子とDNAの結合部位データを検索。生物種・細胞株・転写因子名で候補を絞り、詳細情報の確認やローカル解析用のBED・FASTA取得を支援します。

• 転写因子の結合データを探したいとき
• 生物種や細胞株で収録データを調べる
• データセットの詳細と出典の確認

転写因子が結合しやすいDNA配列の特徴をJASPARで調べ、遺伝子名からのID検索、結合プロファイルの取得、解析向けの形式指定まで行うスキル。

• 転写因子の結合配列を調べたいとき
• 遺伝子名からMatrix IDを探したいとき
• 出現頻度の行列を結合スコアに変換

ヒトの遺伝子変異について、ClinVarの病原性分類や評価状況、提出機関ごとの判断根拠を調べ、解釈の食い違いや関連疾患を確認するスキルです。

• 変異の病原性分類を確認したいとき
• 検査機関ごとの解釈を比較したいとき
• 比較用の病原性変異を探したいとき

タンパク質や分子の立体構造をPyMOLで可視化し、結合部位の強調、距離測定、構造の重ね合わせを行います。画像と再編集できるセッションを保存します。

• タンパク質の活性部位を図にしたいとき
• 二つの構造を重ねて違いを確認
• タンパク質と結合分子の接触を確認

bioRxiv・medRxivのプレプリントを短い期間と分野で絞り込み、キーワードや著者で抽出したり、DOIから論文情報や要旨を取得します。

• DOIから論文情報を取得したいとき
• 指定期間・分野のプレプリント確認
• 短期間の投稿をキーワードや著者で抽出

arXivの研究論文やプレプリントを検索し、著者・要旨・公開日などを取得。特定IDでの照会やPDF・HTML本文、LaTeXソースの保存にも対応します。

• 研究テーマに合う論文を探したいとき
• 要旨や公開情報を確認したいとき
• arXiv IDから本文を取得したいとき

UniProt IDからタンパク質のAlphaFold予測構造を取得し、構造の信頼度、まとまりのある領域の境界、形が定まりにくい領域を解析して要点をまとめます。

• 予測構造の信頼度を確認したいとき
• 安定した構造領域の境界を調べたいとき
• 形が定まりにくい領域の評価