AIPOCH

タンパク質・DNA・RNA・小分子が組み合わさった立体構造を予測し、設計した結合分子の評価や、タンパク質と小分子の結合親和性の予測を支援するスキル。

• 設計した結合分子を評価したいとき
• タンパク質と小分子の構造予測
• DNA・RNAを含む複合体の構造予測

論文や報告書に載せる科学図表を、データの正確さ、軸やラベル、配色、グラフの選び方から整え、書き出し後の重なりや読みやすさまで確認するスキル。

• 論文・報告書用の図表を仕上げたいとき
• 除外データと集計の整合性を確認したいとき
• ラベル・軸・配色を整えたいとき

論文本文・キャプション・全図版を照合し、研究の主張が伝わる図の順序と構成を見直します。人の確認を挟み、必要な図の修正をfigure-composerにつなげます。

• 論文全体の図の流れを見直したいとき
• 根拠に沿ってFigure 1を改善したいとき
• パネル移動や不足解析、補足資料の整理

GPUや大容量メモリを使う長時間の科学計算をSSH接続先へ投入し、実行先の選定から非同期ジョブの状況確認、出力回収・解析までを進めるスキルです。

• リモートGPUで長時間の推論を実行したいとき
• Slurmで科学計算を投入したいとき
• 完了したジョブの出力回収と解析

対象患者の特徴や患者数、病気の仕組み、現在の治療法、規制上の先例、主要な臨床試験を調べ、治療開発や試験設計の検討に使う出典付きの調査資料にまとめます。

• 対象患者の特徴を把握したいとき
• 標準治療と未充足ニーズの整理
• 規制上の先例と主要試験の調査

タンパク質の立体構造をもとに、その骨格に合うアミノ酸配列の候補を生成します。特定の残基を固定した鎖の再設計や、生成条件を変えた複数候補の作成を支援します。

• RFdiffusionの骨格に配列を付けたいとき
• 結合面の残基を固定した鎖の再設計
• 複数の温度設定で候補を生成したいとき

単一配列や類似配列を並べた情報から、タンパク質・核酸・小分子の複合体構造を予測し、タンパク質配列の数値表現の取得や変異評価も支援するスキル。

• 単一配列から複合体を予測したいとき
• 設計した結合分子を高速に評価したいとき
• MSAを使って構造を予測したいとき

タンパク質・RNA・DNA・低分子を含む複合体の立体構造を予測し、信頼度や衝突の指標で候補を比較して、設計した結合分子の再評価を支えるスキルです。

• 抗体と抗原の複合体を予測したいとき
• タンパク質と低分子の結合構造の評価
• 設計した結合分子の再評価

リモート計算に必要なパッケージや環境設定を整理し、再現可能な導入・削除手順を用意して、利用者が構築した環境を実行先で検証するスキルです。

• リモート環境に必要なパッケージの準備
• ジョブの環境有効化を再現したいとき
• Slurm上でソフトやGPUの動作確認

単一細胞の遺伝子発現データを、細胞の特徴を表す数値に変換し、細胞種の推定も支援します。細胞のグループ分けやデータ統合、遺伝子の働きを調べる解析に使えます。

• AnnDataから細胞の特徴量を作りたいとき
• 細胞のグループ分けやデータ統合の準備
• 追加学習の有無に応じた細胞種の推定

Open-Scienceで使えるAPIを確認し、現在のプロジェクト内の生成ファイルやアップロード、セッションの状態、エージェントの会話履歴を調べるスキル。

• 利用可能なAPIを確認したいとき
• 生成ファイルやアップロードの探索
• セッション状態と会話履歴の確認

タンパク質構造と小分子の情報から、結合時の立体配置を予測します。探索範囲の事前指定なしで複数の候補を生成し、配置の確からしさで順位付けするスキルです。

• タンパク質と小分子の配置を予測したいとき
• 小規模なフラグメント集の配置候補生成
• 再評価に使う初期配置の準備

ノートブックのPython・Rで不足するパッケージの導入やバージョン確認を行い、必要な再起動や実行環境の切り替えまで案内するスキル。

• パッケージ不足のエラーを直したいとき
• 導入済みバージョンの確認
• プロジェクトの依存関係を分けたいとき

繰り返し使う作業をOpen-Scienceのスキルにまとめ、既存スキルの修正、必要に応じた評価、呼び出し条件の改善、公開まで進めるスキルです。

• 繰り返す作業をスキル化したいとき
• 既存スキルの指示やファイルの修正
• 実際の依頼文で出力を評価したいとき

タンパク質の配列を機械学習で使える数値に変換し、アミノ酸ごと・配列全体の特徴抽出、変異の影響評価、配列からの接触予測を進めるスキルです。

• 機械学習用のタンパク質特徴抽出
• アミノ酸変異の影響を評価したいとき
• 配列から接触を予測したいとき

DNA配列の尤度評価、分類に使う数値表現への変換、指定した冒頭配列に続く配列生成を支援し、変異前後や生物種をまたぐ領域の比較に使うスキル。

• DNA変異前後のスコアを比較したいとき
• ゲノム領域の分類用特徴量を作りたいとき
• 冒頭配列からDNAを生成したいとき

単一細胞RNA解析のデータを実験間の差を補正して統合し、細胞分類に使う特徴抽出、既知の細胞種ラベルの付与、遺伝子発現の差の評価を進めるスキルです。

• 単一細胞RNA解析のバッチ統合
• 細胞のクラスタリング用特徴抽出
• 参照データから細胞種を付与

論文で伝えたい主張とデータから複数パネルの図を設計し、個別作成・合成・独立レビューを経て、問題のあるパネルだけを修正する制作手順をまとめたスキルです。

• 研究の主張に沿った複数パネル図の設計
• 既存の図の配置を見直したいとき
• 図を合成した後の読みやすさの確認

タンパク質の配列から単体や複合体の立体構造を予測し、信頼度の指標や設計構造との比較を使って、設計した配列の妥当性を確かめるスキルです。

• 配列から単体の構造を予測したいとき
• タンパク質複合体の構造予測
• 設計配列と目標構造を照合したいとき

DNA配列から遺伝子発現などの測定結果に相当する分布を予測し、変異前後の差を比較して、タンパク質を直接コードしない領域の変異の優先付けを支えるスキルです。

• DNA変異前後の予測への影響を比較したいとき
• ゲノム領域の予測分布の作成
• 非コード領域の変異の優先順位付け

結合した小分子や核酸、金属の位置を考慮して、タンパク質のアミノ酸配列を設計します。結合部位の再設計や、設計配列を入力構造に反映したPDBの出力に使えます。

• 小分子や補因子の結合ポケット再設計
• 金属との結合部位の配列設計
• 設計配列をFASTAとPDBで出力

会話から用途別のSpecialistエージェントやSkillを作成・管理し、役割や使える機能の設定案を確認して変更・公開につなげるスキルです。

• 特定の役割を持つエージェント作成
• エージェントの機能や外部連携の変更
• Skillの作成・改訂・公開

タンパク質・DNA・RNA・リガンドを含む複合体の立体構造を、公開されたモデルの重みで予測し、複数候補の信頼度や分子の衝突を確認するスキルです。

• タンパク質とリガンドの複合体予測
• DNAやRNAを含む複合体の構造予測
• 複数の構造候補の信頼度比較

タンパク質の骨格構造から、水に溶けやすい性質を重視したアミノ酸配列を設計します。凝集が課題の候補の再設計や、大腸菌での発現試験に向けた準備に使えます。

• 凝集するタンパク質候補の再設計
• 膜に接する構造の可溶性発現向け設計
• 大腸菌での発現試験の候補作り