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Tools for deep-sequencing data analysis and visualization

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Generate and manipulate Microsoft Word documents programmatically

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Automated exploratory data analysis with statistical summaries and visualizations

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Efficient querying of genomic databases from the command line

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Integration with Ginkgo Bioworks cloud laboratory platform

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Fully automated review pipeline: CEO, Design, and Eng reviews with auto-decisions using 6 principles (completeness, boil lakes, pragmatic, DRY, explicit over clever, bias toward action). Only pauses for premise confirmation. Classifies decisions as Mechanical (silent) or Taste (surfaced at final gate).

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Systematically QA test a web application with browser-based bug fixing. Four modes: diff-aware (automatic on feature branches), full (systematic exploration), quick (30-second smoke test), regression (compare against baseline). Atomic bug-fix workflow with regression testing. Health scoring across 8 categories.

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Fully automated ship workflow: pre-flight, merge base, run tests, coverage audit, pre-landing review, design review, adversarial review, version bump, CHANGELOG generation, TODOS.md update, bisectable commits, push and PR creation, auto-sync docs via document-release.

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Query BindingDB for protein-ligand binding affinity data

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Query AlphaFold protein structure predictions database

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Develops custom WordPress themes and plugins, creates Gutenberg blocks, configures WooCommerce stores, implements REST API endpoints, and applies security hardening.

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Manage, format, and organize scientific citations and bibliographies

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Self-update mechanism. Detects git vs vendored install. Auto-upgrade option with escalating snooze backoff. Syncs global and local copies. Extracts CHANGELOG bullets post-upgrade.

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Build a complete design system from scratch. Competitive research via web search and browse. SAFE/RISK breakdown of choices. Self-contained HTML preview page. Outputs DESIGN.md as project design source of truth.

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Builds real-time communication systems with WebSockets or Socket.IO including bidirectional messaging, horizontal scaling with Redis, presence tracking, and room management.

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Design critique with 7 rated passes: Information Architecture, Interaction State Coverage, User Journey and Emotional Arc, AI Slop Risk (10-item blacklist), Design System Alignment, Responsive and Accessibility, Unresolved Decisions. Each rated 0-10 with gap-fill loop. Parallel cross-model design voices.

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AI-powered academic paper search and retrieval

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Post-ship documentation sync. Updates README, ARCHITECTURE, CONTRIBUTING, CHANGELOG, TODOS, VERSION. Auto-applies factual corrections, asks for risky rewrites. CHANGELOG voice polish. Cross-doc consistency checks.

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Annotated data matrix operations for single-cell genomics using AnnData

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Quantum circuit design and simulation using Google Cirq

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Access and analyze the CZ CELLxGENE Census single-cell data

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Import cookies from your real browser (Comet, Chrome, Arc, Brave, Edge) into the headless browse session for testing authenticated pages. Interactive picker UI or direct domain import. macOS Keychain integration.

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Evidence-based clinical decision support and diagnostic reasoning

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Integration with Benchling laboratory information management system

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