Paperclip

Restricts file edits to a specified directory. Pre-tool hooks intercept Edit and Write operations. Trailing-slash matching prevents partial path collisions.

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Merge PR, wait for deploy, verify production health. 10-step workflow: pre-flight, CI check, readiness gate, merge (respects merge queue), detect platform, wait for deploy, canary verification, revert option, deploy report. Auto-detects Fly, Render, Vercel, Netlify, Heroku, GitHub Actions.

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Systematically QA test a web application with browser-based bug fixing. Four modes: diff-aware (automatic on feature branches), full (systematic exploration), quick (30-second smoke test), regression (compare against baseline). Atomic bug-fix workflow with regression testing. Health scoring across 8 categories.

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Protein engineering and directed evolution analysis using Adaptyv Bio platform

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Astronomical computations, coordinate transforms, and celestial data analysis

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Integration with Benchling laboratory information management system

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Pre-landing PR review with two-pass checklist. Pass 1 critical: SQL safety, race conditions, LLM trust boundaries, enum completeness. Pass 2 informational: side effects, magic numbers, dead code, test gaps. Adversarial review auto-scaled by diff size. Scope drift detection.

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Time series analysis and temporal pattern detection for scientific data

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Search and retrieve preprints from the bioRxiv repository

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AI-powered academic paper search and retrieval

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Removes freeze boundary. Hooks remain registered but allow everything.

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Systematic root-cause debugging. Iron Law: no fixes without root cause investigation first. Four phases: Root Cause Investigation, Pattern Analysis (6 known patterns), Hypothesis Testing (3-strike rule), Implementation. Structured debug report output.

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Infrastructure-first security audit across 14 phases: attack surface mapping, secrets archaeology (git history), supply chain analysis, CI/CD pipeline security, LLM/AI threat detection, OWASP Top 10, STRIDE threat modeling. Confidence gates, exploit scenarios, parallel verification, trend tracking. Read-only.

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Query AlphaFold protein structure predictions database

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Query BindingDB for protein-ligand binding affinity data

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One-time deployment configuration. Detects platform, gathers URLs and health checks, persists to CLAUDE.md for future land-and-deploy runs.

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Access and analyze the CZ CELLxGENE Census single-cell data

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Query cBioPortal for cancer genomics data exploration

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Warns before destructive commands (rm -rf, DROP TABLE, force-push, git reset --hard, kubectl delete, docker force-rm). Session-scoped. Exceptions for common temp dirs (node_modules, .next, __pycache__).

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Programmatic access to biological web services and databases

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Query BRENDA enzyme information and kinetics database

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Combines careful + freeze. Dual protection: destructive command warnings plus edit boundary enforcement.

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Builds real-time communication systems with WebSockets or Socket.IO including bidirectional messaging, horizontal scaling with Redis, presence tracking, and room management.

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Biological sequence analysis, alignment, and molecular biology computations

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