METAINFORMANT rules for directory src/metainformant/popgen. Use when editing, adding tests, or reviewing code under this path. Read the linked AGENTS.md first; use uv only, write outputs to output/, real implementations.
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실행 점수 미검증
설치 방법 보기설치하기 전에 에이전트에게 전달되는 지시 내용을 확인할 수 있습니다.
src/metainformant/popgenBefore editing files in this subtree:
AGENTS.md for this folder (canonical technical context).README.md.CLAUDE.md at repo root (uv, output/, .tmp/, real implementations).docs/REAL_IMPLEMENTATION_POLICY.md.metainformant.core.io for file I/O and metainformant.core.utils.logging for logs.Consolidates the population-genetics analysis surface: sequence-based
summary statistics, neutrality tests, two-population comparison, PCA /
kinship / HWE on genotype matrices, LD summaries, and demographic model
comparisons. The scenario analysis pipeline (as used by the synthetic
dataset workflow) is exposed via :func:analyze_dataset, with
scripts/popgen/ as its thin orchestrator.
Example: >>> from metainformant.popgen.workflow.analysis import summarize_scenario >>> result = summarize_scenario( ... ["ATCG", "ATCG", "GCTA"], label="demo" ... ) # doctest: +SKIP
import metainformant.popgen (submodules: from metainformant import popgen then popgen.<submodule>).uv run pytest tests/popgen -q (one pytest directory per invocation).Keep changes scoped; match existing patterns in this directory.
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METAINFORMANT rules for directory .agents. Use when editing, adding tests, or reviewing code under this path. Read the linked AGENTS.md first; use uv only, write outputs to output/, real implementations.
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METAINFORMANT rules for directory .agents/workflows. Use when editing, adding tests, or reviewing code under this path. Read the linked AGENTS.md first; use uv only, write outputs to output/, real implementations.
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METAINFORMANT rules for directory archive/scripts_reorganize. Use when editing, adding tests, or reviewing code under this path. Read the linked AGENTS.md first; use uv only, write outputs to output/, real implementations.
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METAINFORMANT rules for directory config. Use when editing, adding tests, or reviewing code under this path. Read the linked AGENTS.md first; use uv only, write outputs to output/, real implementations.
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METAINFORMANT rules for directory config/amalgkit. Use when editing, adding tests, or reviewing code under this path. Read the linked AGENTS.md first; use uv only, write outputs to output/, real implementations.
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METAINFORMANT rules for directory config/config_base. Use when editing, adding tests, or reviewing code under this path. Read the linked AGENTS.md first; use uv only, write outputs to output/, real implementations.
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