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electronic-analysis

Use when the user asks to analyze DOS, band structure, COHP bonding, d-band center, or MD trajectory properties (RDF, RMSD, RMSF, hydrogen bonds, clustering, dimensionality reduction, dihedral angles, planar density).

한국어 요약은 준비 중입니다. 원문 설명을 표시하고 있습니다.

Hello-QM/catgo-LRG스타 208(GitHub 208 + cccskills 0)

실행 점수 미검증

설치 방법 보기

포함된 파일(1)

SKILL.md3.0 KB

SKILL.md(원문)

설치하기 전에 에이전트에게 전달되는 지시 내용을 확인할 수 있습니다.

Electronic Structure & MD Trajectory Analysis

Density of States (DOS)

Tool	Purpose
`catgo_dos_total`	Total DOS
`catgo_dos_compute`	Projected DOS (PDOS) for atom groups
`catgo_dos_dband`	D-band center, width, filling (catalysis)
`catgo_dos_from_dir`	Load DOS from remote HPC directory

PDOS Workflow

Get session_id from file upload or catgo_dos_from_dir
Define atom groups: {"groups": [{"atoms": [0,1,2], "channels": "d", "label": "Surface Pt d"}]}
Call catgo_dos_compute with session_id and groups

Channel syntax: "d", "s,p", "dxy,dz2"

D-Band Analysis

catgo_dos_dband(session_id, atoms=[surface_indices]) — Returns d-band center, width, filling.

Higher center = stronger adsorbate binding
occupied_only_center=True (default) for occupied d-band center

Band Structure

Tool	Purpose
`catgo_bands_data`	Band energies, k-path, band gap
`catgo_bands_projections`	Projected (fat) bands with orbital weights

Report: direct/indirect gap, gap value, high-symmetry labels.

COHP (Bonding Analysis)

catgo_cohp_data — Crystal Orbital Hamilton Population from LOBSTER output.

bond_indices: 1-based bond numbers
Negative -COHP below Fermi = bonding; positive = antibonding
ICOHP = quantitative bond strength

MD Trajectory Analysis

All MD tools accept trajectory_b64 (base64-encoded file) and format (pdb, xyz, extxyz, lammpstrj).

Structural Analysis

Tool	Purpose	Key Parameters
`catgo_md_rdf`	Radial distribution g(r)	`pairs`, `r_range`, `n_bins`
`catgo_md_rmsd`	RMSD over time (stability)	`ref_frame`, `atom_indices`
`catgo_md_rmsf`	Per-atom fluctuation	`atom_indices`
`catgo_md_dihedrals`	Dihedral angle evolution	`atom_quartets`

Hydrogen Bond Analysis

Tool	Purpose
`catgo_md_hbonds`	Detect H-bonds per frame
`catgo_md_hbond_lifetime`	H-bond lifetime autocorrelation

Methods: baker_hubbard or wernet_nilsson. Default: D-A 3.5 A, D-H-A angle 150 deg.

Conformational Analysis

Tool	Purpose
`catgo_md_clustering`	Cluster frames by structural similarity (kmeans/dbscan)
`catgo_md_dimreduce`	PCA/t-SNE/UMAP embedding
`catgo_md_planar_density`	2D density map (diffusion analysis)

Workflow Recipes

Surface Catalysis DOS

catgo_dos_from_dir(remote_path="...") → 2. catgo_dos_total →
catgo_dos_dband(atoms=[surface]) → 4. catgo_dos_compute(groups=[...])

MD Water/Interface

catgo_md_rdf(pairs=[["O","H"],["O","O"]]) → 2. catgo_md_hbonds →
catgo_md_hbond_lifetime → 4. catgo_md_planar_density(plane="xy")

리뷰

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설치

명령으로 설치

npx skills add https://github.com/Hello-QM/catgo-LRG --skill electronic-analysis

터미널에 붙여 넣고 실행합니다(Node.js 필요). Claude Code, Codex 등 설치할 에이전트를 고를 수 있습니다.

에이전트에게 부탁하기

다음 Agent Skill을 설치해 주세요.
https://github.com/Hello-QM/catgo-LRG/tree/main/catbot-plugin/skills/electronic-analysis

먼저 SKILL.md와 첨부 파일의 내용을 확인해 수상한 처리(외부 전송, 인증 정보 읽기 등)가 없는지 확인한 뒤 Claude Code는 ~/.claude/skills/electronic-analysis/, Codex는 ~/.agents/skills/electronic-analysis/ 에 배치해 주세요.

이 문장을 그대로 Claude Code나 Codex에 보내면 내용을 확인한 뒤 설치해 줍니다.

GitHub에서 소스 보기

저장소: Hello-QM/catgo-LRG
스타: 208
포크: 26
카테고리: 기타
라이선스: AGPL-3.0
원문 언어: 영어
최종 업데이트: 2026년 10월 23일

스킬은 에이전트를 위한 지시와 스크립트의 묶음입니다. cccskills는 내용의 안전성을 보증하지 않습니다. 설치하기 전에 내용을 확인하세요.