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structure-builder

Use when the user asks to load, fetch, build, modify, or transform crystal/molecular structures. Covers database import, supercell, defects, doping, intercalation, nanotubes, and atom-level editing.

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Hello-QM/catgo-LRG스타 208(GitHub 208 + cccskills 0)

실행 점수 미검증

설치 방법 보기

포함된 파일(1)

SKILL.md2.8 KB

SKILL.md(원문)

설치하기 전에 에이전트에게 전달되는 지시 내용을 확인할 수 있습니다.

Structure Builder

Loading Structures

From Online Databases

catgo_fetch_crystal — Load crystal by formula or structure_id from OPTIMADE providers (mp=Materials Project, mc3d, alexandria, twodmatpedia, omdb)
catgo_search_crystals — Search and list multiple matches. Use this first when browsing, then catgo_fetch_crystal with a specific structure_id.
catgo_fetch_molecule — Fetch molecules from PubChem by name, formula, or SMILES.

Provider heuristics:

General inorganic crystals: mp (largest database)
2D materials: twodmatpedia
Organic molecules: use catgo_fetch_molecule, not OPTIMADE

From Current Viewer

Call catgo_structure_info to inspect the loaded structure. All structure-modifying tools auto-fetch the current viewer structure — no need to pass structure dicts.

Atom-Level Operations

Tool	Use When
`catgo_add_atom` / `catgo_add_atoms`	Adding atoms at Cartesian positions (Angstroms)
`catgo_delete_atoms`	Removing atoms by 0-based index
`catgo_replace_atom`	Changing element at a site
`catgo_move_atom` / `catgo_move_atoms`	Repositioning atoms

Lattice and Cell Operations

Tool	Use When
`catgo_supercell`	Expanding unit cell by [na, nb, nc] or 3x3 matrix
`catgo_set_lattice`	Adding/changing periodic cell (wraps molecules in a box)
`catgo_merge`	Combining two structures at a given position

Defect Engineering

Tool	Use When
`catgo_build_defect`	Point defects: vacancy, substitution, interstitial
`catgo_doping`	Substitutional doping (replace host with dopant)
`catgo_substitution`	Combinatorial multi-site substitution
`catgo_intercalation`	Insert species (Li, Na) into layered structures
`catgo_build_strain`	Apply strain/deformation (Voigt notation or 3x3 matrix)

Nanostructures

Tool	Use When
`catgo_nanotube_build`	Carbon or BN nanotubes from chiral indices (n, m)
`catgo_nanotube_info`	Compute nanotube geometry before building

Common Recipes

Doped supercell

catgo_fetch_crystal → 2. catgo_supercell → 3. catgo_doping → 4. catgo_structure_info

Defective structure for DFT

Fetch bulk → 2. catgo_supercell (large enough to avoid defect-defect interaction) →
catgo_build_defect → 4. catgo_structure_info

Intercalated battery material

catgo_fetch_crystal (e.g. MoS2) → 2. catgo_intercalation (species="Li") → 3. Verify

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One-shot recipes for adding, deleting, moving, and replacing individual atoms in the active CatGo viewer structure. Use whenever the user asks to "add an atom", "delete atoms", "remove this atom", "move atom N", "replace H with Li", or any single-atom edit — including "add a hydrogen on top of atom 12" / "delete atoms 5–9" / "swap the oxygen at site 3 for fluorine". Skips the discovery loop (no need to list structure tools or check adsorption sites first); goes straight to the matching `catgo_structure` action. Triggers in Chinese on 加原子, 删原子, 减原子, 移动原子, 替换原子, 增加氢, 删除氧, 把 ... 换成 ....

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Hello-QM/catgo-LRG2082026년 10월 23일 업데이트

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설치

명령으로 설치

npx skills add https://github.com/Hello-QM/catgo-LRG --skill structure-builder

터미널에 붙여 넣고 실행합니다(Node.js 필요). Claude Code, Codex 등 설치할 에이전트를 고를 수 있습니다.

에이전트에게 부탁하기

다음 Agent Skill을 설치해 주세요.
https://github.com/Hello-QM/catgo-LRG/tree/main/catbot-plugin/skills/structure-builder

먼저 SKILL.md와 첨부 파일의 내용을 확인해 수상한 처리(외부 전송, 인증 정보 읽기 등)가 없는지 확인한 뒤 Claude Code는 ~/.claude/skills/structure-builder/, Codex는 ~/.agents/skills/structure-builder/ 에 배치해 주세요.

이 문장을 그대로 Claude Code나 Codex에 보내면 내용을 확인한 뒤 설치해 줍니다.

GitHub에서 소스 보기

저장소: Hello-QM/catgo-LRG
스타: 208
포크: 26
카테고리: 개발
라이선스: AGPL-3.0
원문 언어: 영어
최종 업데이트: 2026년 10월 23일

스킬은 에이전트를 위한 지시와 스크립트의 묶음입니다. cccskills는 내용의 안전성을 보증하지 않습니다. 설치하기 전에 내용을 확인하세요.

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