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civic-skill

Retrieve focused information from CIViC for cancer variant interpretation. It uses GraphQL, a way to request specific data fields, to inspect available data structures and turn targeted evidence results into concise summaries.

한국어 요약은 준비 중입니다. 영어 요약을 표시하고 있습니다.

원문원문 설명 보기

Submit compact CIViC GraphQL requests for cancer variant interpretation schema inspection and targeted evidence retrieval. Use when a user wants concise CIViC summaries

openai/plugins
설치 방법 보기

이럴 때 유용합니다

  • Retrieve CIViC evidence for a specific cancer variant
  • Inspect available CIViC data fields
  • Get concise Markdown summaries of query results
  • Save raw results for later processing

포함된 파일(3)

  • SKILL.md1.6 KB
  • agents/openai.yaml95 B
  • scripts/civic_graphql.py5.5 KB

SKILL.md(원문)

설치하기 전에 에이전트에게 전달되는 지시 내용을 확인할 수 있습니다.

Operating rules

  • Use scripts/civic_graphql.py for all CIViC GraphQL work.
  • Keep selection sets narrow and start with schema or targeted entity queries.
  • Use query_path for longer GraphQL documents instead of pasting large inline queries.
  • Re-run requests in long conversations instead of relying on older tool output.

Execution behavior

  • Return concise markdown summaries from the script JSON by default.
  • Return raw JSON only if the user explicitly asks for machine-readable output.
  • Prefer sanity, schema, and targeted evidence queries over broad graph dumps.

Input

  • Read one JSON object from stdin.
  • Required field: query or query_path
  • Optional fields: variables, max_items, max_depth, timeout_sec, save_raw, raw_output_path
  • Common CIViC patterns:
    • {"query":"query { __typename }"}
    • {"query":"query { __schema { queryType { fields { name } } } }","max_items":20}

Output

  • Success returns ok, source, top_keys, a compact summary, and raw_output_path when save_raw=true.
  • Failure returns ok=false with error.code such as invalid_json, invalid_input, network_error, invalid_response, or graphql_error.

Execution

echo '{"query":"query { __typename }"}' | python scripts/civic_graphql.py

References

  • No additional runtime references are required; keep the import package limited to this file and scripts/civic_graphql.py.

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