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mgnify-skill

Retrieve concise information about microbiome studies, samples, and habitat metadata from MGnify. Narrow requests by study or sample identifier or biome, a type of biological environment, and receive readable summaries or JSON for further processing.

한국어 요약은 준비 중입니다. 영어 요약을 표시하고 있습니다.

원문원문 설명 보기

Submit compact MGnify API requests for microbiome studies, samples, and biome metadata. Use when a user wants concise MGnify summaries

openai/plugins
설치 방법 보기

이럴 때 유용합니다

  • Looking up a microbiome study by its identifier
  • Summarizing metadata for a specific sample
  • Browsing biological environment categories
  • Getting JSON records for further processing

포함된 파일(3)

  • SKILL.md1.9 KB
  • agents/openai.yaml93 B
  • scripts/rest_request.py10.5 KB

SKILL.md(원문)

설치하기 전에 에이전트에게 전달되는 지시 내용을 확인할 수 있습니다.

Operating rules

  • Use scripts/rest_request.py for all MGnify calls.
  • Use base_url=https://www.ebi.ac.uk/metagenomics/api/v1.
  • MGnify uses JSON:API-style responses. Prefer record_path=data for collection endpoints.
  • Keep requests narrow by study accession, sample accession, or biome whenever possible.
  • Re-run requests in long conversations instead of relying on older tool output.

Execution behavior

  • Return concise markdown summaries from the script JSON by default.
  • Return raw JSON only if the user explicitly asks for machine-readable output.
  • Prefer these paths: studies, samples, and biomes.

Input

  • Read one JSON object from stdin.
  • Required fields: base_url, path
  • Optional fields: method, params, headers, json_body, form_body, record_path, response_format, max_items, max_depth, timeout_sec, save_raw, raw_output_path
  • Common MGnify patterns:
    • {"base_url":"https://www.ebi.ac.uk/metagenomics/api/v1","path":"studies","params":{"page_size":10},"record_path":"data","max_items":10}
    • {"base_url":"https://www.ebi.ac.uk/metagenomics/api/v1","path":"biomes","params":{"page_size":10},"record_path":"data","max_items":10}

Output

  • Success returns ok, source, path, method, status_code, warnings, and either compact records or a compact summary.
  • Use raw_output_path when save_raw=true.
  • Failure returns ok=false with error.code and error.message.

Execution

echo '{"base_url":"https://www.ebi.ac.uk/metagenomics/api/v1","path":"studies","params":{"page_size":10},"record_path":"data","max_items":10}' | python scripts/rest_request.py

References

  • No additional runtime references are required; keep the import package limited to this file and scripts/rest_request.py.

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