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pharmgkb-skill

Retrieve genes, genetic variants, clinical annotations, and dosing guidelines from the PharmGKB API, then turn the results into concise summaries. Save the full response when you need the underlying data.

한국어 요약은 준비 중입니다. 영어 요약을 표시하고 있습니다.

원문원문 설명 보기

Submit compact PharmGKB API requests for genes, variants, clinical annotations, dosing guidelines, and search. Use when a user wants concise PharmGKB summaries

openai/plugins
설치 방법 보기

이럴 때 유용합니다

  • Look up a gene or genetic variant by ID
  • Find clinical annotations related to a drug
  • Retrieve and summarize dosing guidelines
  • Save a full API response for later review

포함된 파일(3)

  • SKILL.md2.0 KB
  • agents/openai.yaml103 B
  • scripts/rest_request.py10.5 KB

SKILL.md(원문)

설치하기 전에 에이전트에게 전달되는 지시 내용을 확인할 수 있습니다.

Operating rules

  • Use scripts/rest_request.py for all PharmGKB API calls.
  • Use base_url=https://api.pharmgkb.org/v1/data.
  • Single object lookups usually do not need max_items; list and search endpoints are better with max_items=10.
  • Re-run requests in long conversations instead of relying on older tool output.
  • Treat displayed ... in tool previews as UI truncation, not literal request content.

Execution behavior

  • Return concise markdown summaries from the script JSON by default.
  • Prefer these paths: gene/<id>, variant/<id>, clinicalAnnotation, dosingGuideline, and search endpoints.
  • If the user needs the full payload, set save_raw=true and report the saved file path.

Input

  • Read one JSON object from stdin.
  • Required fields: base_url, path
  • Optional fields: method, params, headers, json_body, form_body, record_path, response_format, max_items, max_depth, timeout_sec, save_raw, raw_output_path
  • Common PharmGKB patterns:
    • {"base_url":"https://api.pharmgkb.org/v1/data","path":"gene/PA36679"}
    • {"base_url":"https://api.pharmgkb.org/v1/data","path":"clinicalAnnotation","params":{"relatedChemicals.accessionId":"PA449726","limit":10},"max_items":10}
    • {"base_url":"https://api.pharmgkb.org/v1/data","path":"variant/PA166158545"}

Output

  • Success returns ok, source, path, method, status_code, warnings, and either compact records or a compact summary.
  • Use raw_output_path when save_raw=true.
  • Failure returns ok=false with error.code and error.message.

Execution

echo '{"base_url":"https://api.pharmgkb.org/v1/data","path":"gene/PA36679"}' | python scripts/rest_request.py

References

  • No additional runtime references are required; keep the import package limited to this file and scripts/rest_request.py.

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