본문으로 건너뛰기
cccskills
무료GitHub에 공개

rcsb-pdb-skill

Look up structure metadata in RCSB PDB, search for entries by keyword, and retrieve sequences in FASTA, a text format for biological sequences. Receive concise summaries or short sequence previews, with raw output available on request.

한국어 요약은 준비 중입니다. 영어 요약을 표시하고 있습니다.

원문원문 설명 보기

Submit compact RCSB PDB requests for core metadata, Search API queries, and FASTA downloads. Use when a user wants concise RCSB summaries; save raw JSON or FASTA only on request.

설치 방법 보기

이럴 때 유용합니다

  • Check basic metadata for a known PDB entry
  • Find structure entries using a keyword
  • Retrieve an entry's sequences in FASTA format
  • Save raw JSON or FASTA for later use

포함된 파일(3)

  • SKILL.md2.4 KB
  • agents/openai.yaml96 B
  • scripts/rest_request.py10.5 KB

SKILL.md(원문)

설치하기 전에 에이전트에게 전달되는 지시 내용을 확인할 수 있습니다.

Operating rules

  • Use scripts/rest_request.py for all RCSB PDB and Search API calls.
  • Use base_url=https://data.rcsb.org/rest/v1 for core metadata, https://search.rcsb.org/rcsbsearch/v2 for Search API, and https://www.rcsb.org for FASTA downloads.
  • Core entry or assembly lookups usually do not need max_items; Search API results are better with query pager rows around 10 and max_items=10.
  • Re-run requests in long conversations instead of relying on older tool output.
  • Treat displayed ... in tool previews as UI truncation, not literal request content.

Execution behavior

  • Return concise markdown summaries from the script JSON by default.
  • Prefer core metadata endpoints for focused lookups and Search API POST requests for discovery.
  • For FASTA downloads, use response_format=text so the script returns a short text_head unless raw output is requested.

Input

  • Read one JSON object from stdin.
  • Required fields: base_url, path
  • Optional fields: method, params, headers, json_body, form_body, record_path, response_format, max_items, max_depth, timeout_sec, save_raw, raw_output_path
  • Common RCSB patterns:
    • {"base_url":"https://data.rcsb.org/rest/v1","path":"core/entry/4hhb"}
    • {"base_url":"https://search.rcsb.org/rcsbsearch/v2","path":"query","method":"POST","json_body":{"query":{"type":"terminal","service":"full_text","parameters":{"value":"hemoglobin"}},"return_type":"entry","request_options":{"pager":{"start":0,"rows":10}}},"record_path":"result_set","max_items":10}
    • {"base_url":"https://www.rcsb.org","path":"fasta/entry/4HHB/download","response_format":"text"}

Output

  • Success returns ok, source, path, method, status_code, warnings, and either compact records, a compact summary, or text_head.
  • Use raw_output_path when save_raw=true.
  • Failure returns ok=false with error.code and error.message.

Execution

echo '{"base_url":"https://data.rcsb.org/rest/v1","path":"core/entry/4hhb"}' | python scripts/rest_request.py

References

  • No additional runtime references are required; keep the import package limited to this file and scripts/rest_request.py.

리뷰

아직 리뷰가 없습니다. 사용해 본 소감을 남겨 주세요.

댓글

로그인 없이 쓸 수 있습니다. 사용 후기, 질문, 작동하지 않은 환경 등을 편하게 남겨 주세요.

아직 댓글이 없습니다. 첫 댓글을 남겨 보세요.

보내면 바로 공개됩니다. 이메일 주소나 전화번호 같은 개인 정보는 쓰지 마세요. URL은 2개까지입니다.

0 / 1,000자

이 양식은 reCAPTCHA로 보호되며 Google 개인정보처리방침 및 서비스 약관이 적용됩니다.

같은 저장소의 스킬

Review charts, diagrams, and dashboards for accessibility, including color contrast, keyboard access, and text alternatives. Get specific guidance for preserving key findings in screen readers, static exports, and reduced-motion views.

한국어 요약은 준비 중입니다. 영어 요약을 표시하고 있습니다.

  • Reviewing dashboard colors and keyboard access
  • Writing chart alt text and long descriptions
  • Preparing accessible figures for PDF reports
openai/plugins7.5천2026년 10월 8일 업데이트

Give a photo collection a consistent look using Adobe tools to adjust color, tone, presets, and optional crops. Review a before-and-after sample before processing the full set, then receive links to the edited images.

한국어 요약은 준비 중입니다. 영어 요약을 표시하고 있습니다.

  • Giving travel photos a consistent look
  • Unifying photos taken in mixed lighting
  • Applying a warm or cinematic style across a photo set
openai/plugins7.5천2026년 10월 8일 업데이트

Visualize a logo, sketch, or design on products such as mugs, shirts, and business cards. Review a pilot image, generate a visually consistent set, and collect the results on a shareable Firefly Board.

한국어 요약은 준비 중입니다. 영어 요약을 표시하고 있습니다.

  • Preview a logo on mugs and shirts
  • Turn a hand-drawn sketch into product mockups
  • Create consistent brand presentation images
openai/plugins7.5천2026년 10월 8일 업데이트

Prepare images and videos for social platforms using Adobe tools. Create image crops that keep the subject in view, expand backgrounds when available, preview a full-set sample, and resize videos while preserving their aspect ratio.

한국어 요약은 준비 중입니다. 영어 요약을 표시하고 있습니다.

  • Creating image variants for multiple social platforms
  • Cropping photos for Instagram Stories
  • Preparing LinkedIn images and YouTube thumbnails
openai/plugins7.5천2026년 10월 8일 업데이트

Create flyers, social posts, business cards, and other visuals from Adobe Express templates. Choose a template, customize its text and background color, and receive a design link, with additional editing and export options depending on the available tools.

한국어 요약은 준비 중입니다. 영어 요약을 표시하고 있습니다.

  • Creating an event flyer
  • Designing an Instagram post
  • Customizing business card text and colors
openai/plugins7.5천2026년 10월 8일 업데이트

Turn an uploaded video into three highlight edits with Adobe Quick Cut. Choose a target length and style, then compare versions that feature different moments and download the ones you prefer.

한국어 요약은 준비 중입니다. 영어 요약을 표시하고 있습니다.

  • Creating a short highlight video for social media
  • Condensing interview footage into a highlight reel
  • Comparing three edits with different moment selections
openai/plugins7.5천2026년 10월 8일 업데이트

openai의 스킬 모두 보기

이 스킬의 문제 신고