スキルを探す

Submit compact RNAcentral API requests for RNA entry browsing, single-entry lookup, and cross-reference retrieval. Use when a user wants concise RNAcentral summaries

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Submit compact ProteomeXchange PROXI requests for datasets, libraries, peptidoforms, proteins, PSMs, spectra, and USI examples. Use when a user wants concise PROXI summaries

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Submit compact QuickGO requests for GO terms, annotations, and ontology traversal. Use when a user wants concise QuickGO summaries

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Submit compact PubChem PUG REST requests for compound properties, descriptions, assay summaries, and substance metadata. Use when a user wants concise PubChem summaries

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Kick off public shotgun metagenomics QC, host-depletion, taxonomic profiling, and functional profiling workflows using nf-core/taxprofiler, Kraken2, Bracken, MetaPhlAn, and HUMAnN.

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Run or plan tumor-normal, tumor-only, WGS, WES, or cancer-panel somatic variant workflows with pairing, contamination, panel-of-normals, purity, QC, and annotation checks.

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Submit compact NCBI Datasets v2 requests for assembly, genome, taxonomy, and related metadata endpoints. Use when a user wants concise NCBI Datasets summaries; save raw JSON or text only on request.

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Submit compact NCBI PMC Open Access requests for article/file availability metadata. Use when a user wants concise PMC Open Access summaries; save raw XML only on request.

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Route single-cell or single-nucleus RNA-seq FASTQs to public count-generation workflows and defer post-count matrix QC, annotation, clustering, and UMAP analysis to the embedded scrna-seq-qc skill.

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Base rules for end users calling NVIDIA cuOpt (routing/LP/MILP/QP/install/server). Not for cuOpt internals — use cuopt-developer for those.

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Run or plan ChIP-seq, CUT&RUN, or CUT&Tag QC, control handling, spike-in, peak calling, broad-vs-narrow target selection, replicate, bigWig, and differential binding workflows.

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Validate that a Dynamo deployment's NIXL/UCX/NCCL interconnect is ready for disaggregated serving over RDMA/NVLink. Use after recipe-runner brings a deployment up (especially disagg/multi-node) to confirm the KV transport is correct; use troubleshoot for diagnosing already-failed pods.

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Submit compact UniProt REST API requests for UniProtKB, UniRef, UniParc, and FASTA stream endpoints. Use when a user wants concise UniProt summaries; save raw JSON or FASTA only on request.

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Capture conversations and decisions into structured Notion pages; use when turning chats/notes into wiki entries, how-tos, decisions, or FAQs with proper linking.

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Validate Illumina BCL run folders and sample sheets, plan demultiplexing, review index/UMI/lane choices, run BCL-to-FASTQ conversion, and interpret demux metrics while surfacing license/download boundaries.

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Use when asked to install, deploy, run, validate, troubleshoot, or stop NVIDIA AI-Q Blueprint infrastructure.

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Submit compact PRIDE Archive API requests for proteomics project discovery and project-level metadata. Use when a user wants concise PRIDE summaries

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Kick off public 16S, 18S, ITS, COI, or other marker-gene amplicon microbiome workflows using nf-core/ampliseq, QIIME2, DADA2, and Cutadapt.

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Submit compact NCBI Entrez E-Utilities requests for PubMed, Gene, Protein, Nucleotide, PMC metadata, and GEO metadata workflows. Use when a user wants concise Entrez search, fetch, summary, or link results; save raw JSON or XML only on request.

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Process, quality-control, annotate, and visualize single-cell or single-nucleus RNA-seq datasets across tissues and species. Use when Codex needs to build, adapt, or review a general scRNA-seq QC pipeline; choose dataset-appropriate cell-level filters from QC distributions; run required scDblFinder-based doublet and ambient-RNA filtering; annotate cells with matched references or marker-based fallbacks; or generate global and per-group UMAP visualizations for large scRNA-seq datasets.

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Route BCL, FASTQ, BAM/CRAM, count-matrix, or VCF sequencing requests to the right public NGS analysis skill and ask only the missing assay-specific setup questions.

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Submit compact Clinical Tables NCBI Gene requests for human gene lookup, pagination, and field selection. Use when a user wants concise autocomplete-style human gene search results

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Run or plan targeted DNA panel variant workflows that use UMIs, duplex consensus reads, molecular barcodes, low-frequency calling, target coverage, and panel-specific QC.

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Research across Notion and synthesize into structured documentation; use when gathering info from multiple Notion sources to produce briefs, comparisons, or reports with citations.

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