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Protein language model analysis using Meta ESM models

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Phylogenetic tree visualization, manipulation, and analysis

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Financial data aggregation and economic indicator analysis

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Query GWAS Catalog for genome-wide association study results

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Automated exploratory data analysis with statistical summaries and visualizations

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Hedge fund performance tracking and strategy analysis

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Query Ensembl genome browser for gene annotations and sequences

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Computational fluid dynamics simulation and analysis

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Systematic scientific hypothesis formulation and evaluation

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Molecular docking prediction using DiffDock diffusion model

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SEC EDGAR filings retrieval and financial document analysis

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Query European Nucleotide Archive for sequencing data

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Query NCBI Gene Expression Omnibus for transcriptomics datasets

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Parallel and distributed computing for large-scale data processing

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Query ClinVar for genomic variant clinical significance data

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DNA sequence profiling and genetic variant characterization

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Tools for deep-sequencing data analysis and visualization

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Geospatial data processing, coordinate transforms, and mapping

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Search ClinicalTrials.gov for clinical study information

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Access Cancer Dependency Map project data for functional genomics

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Molecular data processing, featurization, and cheminformatics workflows

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Fully automated ship workflow: pre-flight, merge base, run tests, coverage audit, pre-landing review, design review, adversarial review, version bump, CHANGELOG generation, TODOS.md update, bisectable commits, push and PR creation, auto-sync docs via document-release.

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Annotated data matrix operations for single-cell genomics using AnnData

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One-time deployment configuration. Detects platform, gathers URLs and health checks, persists to CLAUDE.md for future land-and-deploy runs.

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