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CoSProver framework for translating informal proofs to Lean4 via intermediate formal proof states.

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CatColab Stock-and-Flow Diagrams - epidemiological and ecological modeling with stocks (accumulations), flows (rates), and mass-action ODE semantics for SIR models and population dynamics.

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Cat# Skill (ERGODIC 0)

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Cats Focus + Monad: Lawful composition for effect management

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CatColab Regulatory Networks - signed graphs for molecular biology modeling gene regulatory networks with positive (activating) and negative (inhibiting) edges.

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**Category:** Phase 3 Core - Compositional Architecture

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This skill provides comprehensive CLI reference for the mcp-tasks command-line tool.

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Generate professional clinical decision support (CDS) documents for pharmaceutical and clinical research settings, including patient cohort analyses (biomarker-stratified with outcomes) and treatment recommendation reports (evidence-based guidelines with decision algorithms). Supports GRADE evidence grading, statistical analysis (hazard ratios, survival curves, waterfall plots), biomarker integration, and regulatory compliance. Outputs publication-ready LaTeX/PDF format optimized for drug development, clinical research, and evidence synthesis.

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Quantum computing framework for building, simulating, optimizing, and executing quantum circuits. Use this skill when working with quantum algorithms, quantum circuit design, quantum simulation (noiseless or noisy), running on quantum hardware (Google, IonQ, AQT, Pasqal), circuit optimization and compilation, noise modeling and characterization, or quantum experiments and benchmarking (VQE, QAOA, QPE, randomized benchmarking).

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Bengio's causal inference for AI: Interventional reasoning, counterfactuals, and System 2 deep learning. World models with causal structure.

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Bridge layer connecting AlgebraicJulia/Catlab.jl to plurigrid/asi. Wires ACSets (attributed C-sets), wiring diagrams, decorated cospans, and the AlgebraicJulia ecosystem (AlgebraicDynamics, AlgebraicPetri, AlgebraicRewriting, Decapodes) into the ASI skill graph. ACSets generalize relational databases with categorical semantics; every diagram, network, and model in the ecosystem is an ACSet.

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Automatically creates user-facing changelogs from git commits by analyzing commit history, categorizing changes, and transforming technical commits into clear, customer-friendly release notes. Turns hours of manual changelog writing into minutes of automated generation.

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Query ChEMBL's bioactive molecules and drug discovery data. Search compounds by structure/properties, retrieve bioactivity data (IC50, Ki), find inhibitors, perform SAR studies, for medicinal chemistry.

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**Category:** Phase 3 Core - Autopoietic Systems

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3 parallel agents explore codebase improvements via GF(3) balanced prime geodesics

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CatColab Schemas - database schema modeling distinguishing entities (tables) from attributes (columns). Foundation for ACSets (Attributed C-Sets) and AlgebraicJulia data structures.

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Invariant manifold tangent to center eigenspace

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Reverse engineer CGX Cognionics Quick-20 EEG acquisition protocol using MCP RE tooling (Binary Ninja, Ghidra, radare2)

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Query CZ CELLxGENE Census (61M+ cells). Filter by cell type/tissue/disease, retrieve expression data, integrate with scanpy/PyTorch, for population-scale single-cell analysis.

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Strange attractor with sensitive dependence on initial conditions

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Berry & Boudol's CHAM: computation as chemical reactions on multisets.

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Sonify GF(3) color streams via CatSharp scale. Maps Gay.jl colors to pitch classes and plays through sox. No voice synthesis.

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Intercept and debug Claude Code API requests using mitmproxy. Inspect system prompts, tool definitions, token usage, and streaming responses. Triggers: cc-trace, mitmproxy, API interception, Claude Code debugging, traffic inspection.

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This skill should be used to enforce token efficiency. Every token must pay rent - no preamble, hedging, restating, filler, or apologies. Evicts freeloading tokens from agent output.

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