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Semantic embeddings for Clojure code navigation via CIDER

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Access ClinPGx pharmacogenomics data (successor to PharmGKB). Query gene-drug interactions, CPIC guidelines, allele functions, for precision medicine and genotype-guided dosing decisions.

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Diagnose and fix Claude in Chrome MCP extension connectivity issues. Use when mcp__claude-in-chrome__* tools fail, return "Browser extension is not connected", or behave erratically.

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A **samovar** (самовар) keeps water hot indefinitely through self-contained combustion.

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Berry & Boudol's CHAM: computation as chemical reactions on multisets.

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Comprehensive citation management for academic research. Search Google Scholar and PubMed for papers, extract accurate metadata, validate citations, and generate properly formatted BibTeX entries. This skill should be used when you need to find papers, verify citation information, convert DOIs to BibTeX, or ensure reference accuracy in scientific writing.

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3 parallel agents explore codebase improvements via GF(3) balanced prime geodesics

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CIDER integration for Clojure development with nREPL

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**Category:** Phase 3 Core - Autopoietic Systems

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Migrate prompts and code from Claude Sonnet 4.0, Sonnet 4.5, or Opus 4.1 to Opus 4.5. Use when the user wants to update their codebase, prompts, or API calls to use Opus 4.5. Handles model string updates and prompt adjustments for known Opus 4.5 behavioral differences. Does NOT migrate Haiku 4.5.

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Strange attractor with sensitive dependence on initial conditions

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Automatically creates user-facing changelogs from git commits by analyzing commit history, categorizing changes, and transforming technical commits into clear, customer-friendly release notes. Turns hours of manual changelog writing into minutes of automated generation.

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Transform ChatGPT ZIP exports into ACSets (Attributed C-Sets) for:

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Clojure ecosystem = babashka + clj + lein + shadow-cljs.

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Invariant manifold tangent to center eigenspace

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CoSProver framework for translating informal proofs to Lean4 via intermediate formal proof states.

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Reverse engineer CGX Cognionics Quick-20 EEG acquisition protocol using MCP RE tooling (Binary Ninja, Ghidra, radare2)

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This skill should be used to enforce token efficiency. Every token must pay rent - no preamble, hedging, restating, filler, or apologies. Evicts freeloading tokens from agent output.

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CatColab Stock-and-Flow Diagrams - epidemiological and ecological modeling with stocks (accumulations), flows (rates), and mass-action ODE semantics for SIR models and population dynamics.

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Sonify GF(3) color streams via CatSharp scale. Maps Gay.jl colors to pitch classes and plays through sox. No voice synthesis.

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Intercept and debug Claude Code API requests using mitmproxy. Inspect system prompts, tool definitions, token usage, and streaming responses. Triggers: cc-trace, mitmproxy, API interception, Claude Code debugging, traffic inspection.

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Query CZ CELLxGENE Census (61M+ cells). Filter by cell type/tissue/disease, retrieve expression data, integrate with scanpy/PyTorch, for population-scale single-cell analysis.

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Bengio's causal inference for AI: Interventional reasoning, counterfactuals, and System 2 deep learning. World models with causal structure.

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Query ChEMBL's bioactive molecules and drug discovery data. Search compounds by structure/properties, retrieve bioactivity data (IC50, Ki), find inhibitors, perform SAR studies, for medicinal chemistry.

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