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MLX↔JAX bidirectional beacon-repeater with spectral gap random walk, justfile orchestration, catp flow validation, and adversarial malleability for life pattern resurrection.

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Guide for using Beads (bd), a dependency-aware issue tracker for AI agents. Issues chained together like beads.

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Unified messaging via three access tiers — MCP (live API), beeper-cli (authenticated CLI), and direct SQLite→DuckDB (full archive). Search, analyze, and act across all networks.

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Behaviour Surprisal Analysis

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> Persistent belief revision log wiring in-memory AGM BeliefSet to DuckDB time-travel storage. Triggers: belief revision, AGM postulates, time-travel query, belief history, AS-OF queries on propositions, persistent belief state, append-only belief log. >>>>>>> origin/main

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Hedges' 4-kind lattice for bidirectional programming - covariant/contravariant/invariant/bivariant types with GF(3) correspondence

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Bifunctors: two-argument functors for product categories.

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Generate bifurcation diagrams for dynamical systems. Use when visualizing parameter-dependent behavior transitions.

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Primary Python toolkit for molecular biology. Preferred for Python-based PubMed/NCBI queries (Bio.Entrez), sequence manipulation, file parsing (FASTA, GenBank, FASTQ, PDB), advanced BLAST workflows, structures, phylogenetics. For quick BLAST, use gget. For direct REST API, use pubmed-database.

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Efficient database search tool for bioRxiv preprint server. Use this skill when searching for life sciences preprints by keywords, authors, date ranges, or categories, retrieving paper metadata, downloading PDFs, or conducting literature reviews.

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Comprehensive Python library for astronomy and astrophysics. This skill should be used when working with astronomical data including celestial coordinates, physical units, FITS files, cosmological calculations, time systems, tables, world coordinate systems (WCS), and astronomical data analysis. Use when tasks involve coordinate transformations, unit conversions, FITS file manipulation, cosmological distance calculations, time scale conversions, or astronomical data processing.

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Audit Orchestrator

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Self-modifying AI agent configuration via ruler + MCP + DuckDB. All behavior mods become one-liners.

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Gay MCP skill at invocation 19

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Babashka scripting for fast Clojure execution. JVM-less scripting with GraalVM native compilation and sci interpreter.

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Unified messaging via Beeper Desktop MCP. Search chats, send messages, manage conversations across all networks (iMessage, WhatsApp, Signal, Telegram, Discord, Slack, etc.)

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Benchling R&D platform integration. Access registry (DNA, proteins), inventory, ELN entries, workflows via API, build Benchling Apps, query Data Warehouse, for lab data management automation.

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Safe proof ↔ theorem navigation with non-backtracking constraint.

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Run and interpret engine-stack benchmarks (Steel, ember, shale)

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Interact with Azure DevOps repositories, pull requests, and APIs using the AZURE_DEVOPS_TOKEN environment variable. Use when working with code hosted on Azure DevOps or managing Azure DevOps resources.

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Autonomous biomedical AI agent framework for executing complex research tasks across genomics, drug discovery, molecular biology, and clinical analysis. Use this skill when conducting multi-step biomedical research including CRISPR screening design, single-cell RNA-seq analysis, ADMET prediction, GWAS interpretation, rare disease diagnosis, or lab protocol optimization. Leverages LLM reasoning with code execution and integrated biomedical databases.

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Assets skill

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Clarify requirements before implementing. Use when serious doubts araise.

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Plurigrid ASI CLI for GF(3)-balanced skill selection and dispatch

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