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Auto-capture per-session token usage from the Claude Code session jsonl and persist to the cost-tracking namespace

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Define and manage cognitive patterns for agent reasoning and decision-making

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Detect and classify telemetry anomalies on Cognitum Seed devices. Use when investigating a device that's reporting odd metrics, before approving a firmware canary advancement, or when triaging fleet-wide health alerts.

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Create and execute Goal-Oriented Action Plans (GOAP) with precondition analysis, cost optimization, and adaptive replanning

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Extract entities and relations from source files to build a knowledge graph

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Pathfinder traversal of the knowledge graph starting from a seed entity

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Generate and maintain documentation with drift detection. Use when the user asks to write/update/refresh docs, detect doc drift against code, or schedule recurring documentation maintenance.

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Show federation health — peers, sessions, trust levels, and message metrics. Use when the user asks "is federation healthy?", "show peers", "federation status", or wants to inspect cross-installation agent connectivity.

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Register a Cognitum Seed device by endpoint and establish agent bridge

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Enterprise-review-grade threat model from `harness threat-model {path}`. Categorizes MCP-surface threats; emits `worst: 'clean'|'low'|'medium'|'high'` + per-threat findings. Pure-read.

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5-dimension harness readiness scorecard from `metaharness score {path}`. Returns harnessFit / compileConfidence / taskCoverage / toolSafety / memoryUsefulness + estCostPerRunUsd + scaffoldReady. Pure-read; subprocess invocation; degrades gracefully when MetaHarness is absent (ADR-150 architectural constraint).

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Synthesize research findings from memory into structured reports with evidence grading, contradiction resolution, and actionable recommendations

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Create and manage a DDD bounded context with standard directory structure. Use when starting a new subdomain, splitting a monolith into bounded contexts, or scaffolding the domain/application/infrastructure layout for a fresh module.

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Inspect and audit GEPA genomes via the `@metaharness/darwin/gepa` library entry (darwin 0.8.0) — load/validate a genome (default is the shipped cand-6 promotion), render the system prompt a genome compiles to, or classify failure modes in a run transcript. The `gepaOptimize` loop itself is library-only (bring your own evaluator) and not surfaced here — use `harness-evolve` for sandbox-scored evolution. Degrades gracefully when @metaharness/darwin is absent.

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One-shot chat completion against DeepSeek's `deepseek-chat` model via the OpenAI-compatible /v1/chat/completions endpoint. Reads DEEPSEEK_API_KEY from the environment; degrades gracefully (exit 0 with a JSON status:degraded envelope) when the key is missing or the API is unreachable. Use for non-reasoning tasks — summarization, extraction, quick classification — where deepseek-reasoner would be overkill.

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Copy learned patterns from another local project, or browse, download and publish patterns through the IPFS pattern marketplace. Use when a new project should start with patterns an older one already learned, or when sharing patterns with a peer.

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Validate pending migrations for foreign key consistency, rollback safety, and best practices

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Query federation audit logs with compliance filtering

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Build a graph-structured dossier on a seed entity via parallel fan-out + recursive expansion across web, memory, knowledge-graph, codebase, ADR index, and git intel

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Manage `@metaharness/darwin` bench suites — `bench create {repo}` scaffolds a JSON suite from a repo's test corpus; `bench verify {suite.json}` checks suite well-formedness. Bench suites are the fixed evaluation corpora that `harness-evolve --bench {suite.json}` scores variants against, decoupling evolution from the repo's natural tests. Degrades gracefully when @metaharness/darwin is absent.

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ADR-152 — weighted similarity between two harness fingerprints (genome + score JSON). Returns overall score in [0,1] plus per-component breakdown (cosine over 9 numerics, categorical agreement over 4 enums, jaccard over agent_topology). Unblocks ADR-151 §3.2 Recommender, §3.3 Drift Detection, §3.5 Plugin Compat. Pure-TS, no `@metaharness/*` dep — preserves ADR-150's four architectural constraints.

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7-section repo readiness report from `metaharness genome {path}`. Returns repo_type / agent_topology / risk_score / mcp_surface / test_confidence / publish_readiness. Pure-read; degrades gracefully (ADR-150).

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Generate API documentation from source code with JSDoc and OpenAPI support

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Static security scan of a harness's declared MCP surface via `harness mcp-scan {path}`. Reads `.mcp/servers.json` + `.harness/claims.json`. Pure-read, no dispatch. Exits 1 on findings at or above `--fail-on` severity.

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