「transcript」の検索結果

Parses, queries, converts, and extracts from GTF and GFF3 gene-model annotation files - walking the gene/transcript/exon/CDS hierarchy with gffutils (queryable SQLite DB), converting formats and extracting transcript/CDS/protein FASTA with gffread, slurping to dataframes with gtfparse/pyranges, and sanitizing malformed files with AGAT. Covers the 1-based-inclusive vs 0-based BED coordinate conversion (start-1 only), deriving implicit features (introns/UTRs/TSS), phase-not-frame, the stop-codon-in-or-out-of-CDS convention, and the chr1-vs-1 seqid and gene-ID-version mismatches that silently produce all-zero count matrices and dropped joins. Use when extracting features or sequences from an annotation, converting GTF<->GFF3 or GTF->BED, traversing the gene tree, or diagnosing a coordinate/provenance mismatch upstream of counting or DE.

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Simulate transcription factor perturbation effects on cell state in silico with CellOracle and Dynamo, and predict transcriptional responses to genetic perturbations with GEARS, scGen, and CPA. Covers the direction-not-magnitude principle, local-linear validity, the GRN/velocity error it inherits, baseline discipline (mean and additive baselines), and the validation gap. Use when predicting TF knockout or overexpression effects, ranking driver TFs for fate transitions, or planning perturbation experiments. For GRN construction see multiomics-grn; for experimental Perturb-seq see single-cell/perturb-seq.

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Query the Ensembl REST API for gene/transcript/protein lookup, sequence retrieval, comparative genomics (Compara), variant effect prediction (VEP), regulatory features, and cross-species ortholog/paralog calls. Use when pulling Ensembl-native data (Ensembl Gene IDs, version-pinned releases, archive endpoints for reproducibility), gene/transcript/exon structure with stable IDs, or VEP for variant annotation. Encodes the 15 req/sec rate limit, archive (e110.rest.ensembl.org) for reproducibility, Ensembl divisions (vertebrates / plants / fungi / metazoa / bacteria), and the symbol-vs-ID stability problem.

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Annotate CLIP-seq peaks or crosslink sites to RNA features (5'UTR, CDS, 3'UTR, intron, splice junction, snoRNA, tRNA, ncRNA, repeat elements) with ChIPseeker, RCAS, RBP-Maps (Yeo splicing regulatory maps), and bedtools, applying feature-priority hierarchies, transcript-context resolution, and metagene aggregation. Use when characterizing where in transcripts an RBP binds, comparing peak distribution across regions, generating splicing-regulatory maps relative to alternative-splicing events, or distinguishing exonic vs intronic vs UTR binding.

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Analyzes alternative splicing from PacBio Iso-Seq (HiFi, Kinnex/MAS-Iso-seq) and Oxford Nanopore (direct cDNA, direct RNA, R10.4.1+) long-read RNA-seq with full-isoform resolution. Tools include FLAIR (correct/collapse/quantify/diffSplice for PacBio + ONT), IsoQuant (de-novo or annotation-guided isoform discovery 2024 SOTA), Bambu (annotation-aware Bayesian discovery + quantification with Novel Discovery Rate), SQANTI3/SQANTI-LR (isoform classification: FSM/ISM/NIC/NNC + artifact flags), rMATS-long (event calling on long-read isoforms), and minimap2 (-ax splice:hq for HiFi; -ax splice -k14 for ONT cDNA; add -uf only for direct RNA or stranded cDNA preps). Solves microexon detection, recursive splicing, complex multi-exon isoforms, and DTU without transcript-quantification uncertainty. Use when short-read AS limitations (anchor length, complex isoforms, microexons, recursive splicing, transcript ambiguity) demand full-isoform resolution.

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動画URLや保存済み動画から、字幕と映像を照合し、時刻付き出典・根拠画像・論点索引を持つ資料を作る。講義・対談・解説動画の資料化、製品UIや操作のキャプチャ付き調査に使う。字幕取得や文章要約だけならyoutube-transcript-researchを使う。

OpenAI's general-purpose speech recognition model. Supports 99 languages, transcription, translation to English, and language identification. Six model sizes from tiny (39M params) to large (1550M params). Use for speech-to-text, podcast transcription, or multilingual audio processing. Best for robust, multilingual ASR.

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Fetch YouTube video transcripts and transform them into structured content (chapters, summaries, threads, blog posts). Use when the user shares a YouTube URL or video link, asks to summarize a video, requests a transcript, or wants to extract and reformat content from any YouTube video.

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Use this skill when the user wants to convert a lecture, presentation, or talk video into text formats (transcript, outline, or article). Trigger when user mentions processing video recordings, creating transcripts from lectures, or generating articles from recorded presentations.

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Local speech-to-text using faster-whisper. 4-6x faster than OpenAI Whisper with identical accuracy; GPU acceleration enables ~20x realtime transcription. Supports standard and distilled models with word-level timestamps.

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Audit a compliance-ladder design (C0-C6) and transcript-fidelity ladder (T0-T5) plus their adapter conformance fixtures — Codex, Claude Code, Cloudflare, Ollama/LM Studio, custom stdio/HTTP agents — for the two failure modes that make a C-badge or T-fidelity label a lie: the ladder disagreeing with itself across doc/schema/ui/probe surfaces, and a level being reachable by self-report because no daemon-witnessed negative probe actually tries to forge it. Use when designing or freezing a compliance ladder, wiring an adapter conformance probe suite, deciding whether a numeric C-badge or T-label is safe to ship, or investigating a self-attestation or observed-to-controlled bypass risk. NOT for auditing a cryptographic protocol or whitepaper for adversarial soundness (`redteam-review`), writing TLA+/formal invariants for a daemon monitor (`runtime-verification-for-agents`), or agent identity, successor linkage, and reputation across restarts (`agent-identity-continuity-reputation`).

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Add voice message transcription to NanoClaw using OpenAI's Whisper API. Automatically transcribes WhatsApp voice notes so the agent can read and respond to them.

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Use when the user wants local voice transcription instead of OpenAI Whisper API. Switches to whisper.cpp running on Apple Silicon. WhatsApp only for now. Requires voice-transcription skill to be applied first.

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OpenClawのQAシナリオを模擬環境や実サービスで実行し、失敗原因の修正、結果レポートの確認、複数モデルの応答スタイル比較まで支援するスキル。

• 模擬環境や実サービスでQAを実行
• 失敗シナリオの原因調査と再検証
• 複数モデルのキャラクター比較

OpenClawのモデル通信やツール実行の不具合を、ログと再現操作で切り分けるスキル。保存済みの会話や添付資料も調べ、原因の修正と再検証につなげます。

• ローカルと実サービスの動作差を調べたいとき
• モデルに見えるツールの確認
• 応答ストリーミングの遅延・停止調査

遺伝子情報や塩基・アミノ酸配列をggetで検索し、配列の類似性や遺伝子群の特徴を調べながら、結果と検索条件を再確認できる記録にまとめるスキル。

• 遺伝子IDや転写産物を調べたいとき
• 塩基・アミノ酸配列の取得
• BLASTやBLATでの簡易配列検索

記事やガイド、ニュースレターを、提供された文例やブランドの文体に合わせて執筆します。メモや調査資料の文章化から、既存原稿の構成・根拠の見直しまで扱います。

• メモや文字起こしを記事にしたいとき
• ブランドの文体でガイドを書きたいとき
• 既存原稿の構成と根拠を見直したいとき

記事やメモ、動画などをもとに、書き手の語り口を保ちながら、XやLinkedInの投稿、動画台本、ニュースレターを媒体に合う形で作るスキル。

• 一つの記事を複数媒体に展開したいとき
• 製品公開に向けた投稿の準備
• 短編動画やYouTubeの台本作成

動画・音声をVideoDBに取り込み、発話や映像から場面を検索して切り抜きを作成。字幕や音声の追加、画面比率の変換、ライブ映像の通知設定も支援します。

• 発話や映像から場面を探して切り抜きたいとき
• 字幕・BGM・吹き替えの追加
• 動画の解像度や画面比率の変更

Hybrid local search over notes, docs, and transcripts.

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YouTube transcripts to summaries, threads, blogs.

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会議メモや文字起こしから、根拠付きの決定事項と担当・期限を整理します。既存タスクとの重複を確認し、議事録、チケット、フォローアップ文面の下書きを作成します。

• 会議メモから作業を抽出したいとき
• 決定事項と担当・期限の確認
• 会議の約束と既存タスクの照合

Beta readers for any draft, run by simulating how a real reader experiences it, moment by moment. A skim gate, a no-lookahead timed read producing an attention transcript with quit points, a recall test of what a reader remembers the next day, and a trust ledger of the implied author. Use when the user asks for a beta read, beta readers, test readers, human review, reader review, to read something like a human, to be a first reader, whether a piece holds attention or will actually get read, for a quick read of whether a busy skimmer would even open a post, what readers will remember or take away tomorrow, where readers stop reading or bounce, or why a draft still feels off or hollow after anti-slop or humanizer edits. Final gate before publishing; reports where the reading broke; never rewrites.

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Video generation and transcription workflows via the Venice.ai API.

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