Batch effect correction for CRISPR screens covering ComBat empirical-Bayes, RUV, SVA, control-sgRNA normalization, and the model-based alternative of including batch as a covariate in MAGeCK MLE or Chronos. Covers screen-specific batch sources (passage cohort, library lot, infection day, sequencing run, Cas9 lot, FBS lot), PCA + variance-decomposition diagnostic to decide if correction is needed, when correction harms biology by over-correcting condition into batch, limma removeBatchEffect for visualization-only correction, and relationship to multi-condition design matrices. Use when combining screens for joint analysis, when passage cohort confounds biology, when DepMap-style panels need Chronos with batch covariates, when picking ComBat vs RUV, or when correction harms biology and should be replaced with explicit covariate modeling.
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peacezha/TRACE☆ 32026年10月13日 更新
Build Sankey, alluvial, river, and CONSORT-style flow diagrams to visualize cohort transitions, cell-state changes, or pipeline filtering using ggalluvial, networkD3, plotly, and consort. Use when showing how entities move between categories across timepoints (cell states, drug response classes, patient flow through a trial) or filtering pipelines (variants filtered through QC stages).
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peacezha/TRACE☆ 32026年10月13日 更新
Build whole-genome alignments using Progressive Cactus (Armstrong 2020 reference-free clade-level WGA), Minigraph-Cactus (Hickey 2024 pangenome-aware), LASTZ chain/net (UCSC pipeline), MUMmer4 (Marçais 2018 pairwise), minimap2 -x asm5/10/20 (Li 2018 fast pairwise), AnchorWave (Song 2022 WGD-aware), and Mauve / progressiveMauve (bacterial). Operates the HAL toolkit (Hickey 2013) for downstream extraction including halSynteny, halLiftover, halBranchMutations, and hal2maf. Use when constructing multi-species alignments for comparative-annotation projection (TOGA), synteny detection, conservation analyses (phyloP / PhastCons), or pangenome graph construction; selecting between reference-free (Cactus) and reference-anchored (LASTZ chains/nets) approaches; tuning sensitivity for closely vs distantly related genomes; or producing HAL files for genome-wide downstream tools.
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peacezha/TRACE☆ 32026年10月13日 更新
Profiles RNA-binding protein targets without antibody or UV crosslinking using STAMP (APOBEC1-RBP fusion, C-to-U editing), scSTAMP (single-cell), TRIBE/HyperTRIBE (ADAR-RBP, A-to-I editing), DART-seq (APOBEC1-YTH for m6A), or Bullseye/SAILOR edit-site detection pipelines. Use when antibody is unavailable or specificity is doubtful, when single-cell RBP profiling is needed (scSTAMP), or when in vivo RBP profiling without UV is preferred.
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peacezha/TRACE☆ 32026年10月13日 更新
Provides expert knowledge for building Django 5+ projects with UV as the package manager, domain-driven app structure, ruff for linting, and pytest-django for testing.
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lgzarturo/springboot-course☆ 32026年10月12日 更新
Batch effect correction for CRISPR screens covering ComBat empirical-Bayes, RUV, SVA, control-sgRNA normalization, and the model-based alternative of including batch as a covariate in MAGeCK MLE or Chronos. Covers screen-specific batch sources (passage cohort, library lot, infection day, sequencing run, Cas9 lot, FBS lot), PCA + variance-decomposition diagnostic to decide if correction is needed, when correction harms biology by over-correcting condition into batch, limma removeBatchEffect for visualization-only correction, and relationship to multi-condition design matrices. Use when combining screens for joint analysis, when passage cohort confounds biology, when DepMap-style panels need Chronos with batch covariates, when picking ComBat vs RUV, or when correction harms biology and should be replaced with explicit covariate modeling.
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peacezha/HPClaw☆ 32026年10月11日 更新
Build Sankey, alluvial, river, and CONSORT-style flow diagrams to visualize cohort transitions, cell-state changes, or pipeline filtering using ggalluvial, networkD3, plotly, and consort. Use when showing how entities move between categories across timepoints (cell states, drug response classes, patient flow through a trial) or filtering pipelines (variants filtered through QC stages).
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peacezha/HPClaw☆ 32026年10月11日 更新
Profiles RNA-binding protein targets without antibody or UV crosslinking using STAMP (APOBEC1-RBP fusion, C-to-U editing), scSTAMP (single-cell), TRIBE/HyperTRIBE (ADAR-RBP, A-to-I editing), DART-seq (APOBEC1-YTH for m6A), or Bullseye/SAILOR edit-site detection pipelines. Use when antibody is unavailable or specificity is doubtful, when single-cell RBP profiling is needed (scSTAMP), or when in vivo RBP profiling without UV is preferred.
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peacezha/HPClaw☆ 32026年10月11日 更新
Build whole-genome alignments using Progressive Cactus (Armstrong 2020 reference-free clade-level WGA), Minigraph-Cactus (Hickey 2024 pangenome-aware), LASTZ chain/net (UCSC pipeline), MUMmer4 (Marçais 2018 pairwise), minimap2 -x asm5/10/20 (Li 2018 fast pairwise), AnchorWave (Song 2022 WGD-aware), and Mauve / progressiveMauve (bacterial). Operates the HAL toolkit (Hickey 2013) for downstream extraction including halSynteny, halLiftover, halBranchMutations, and hal2maf. Use when constructing multi-species alignments for comparative-annotation projection (TOGA), synteny detection, conservation analyses (phyloP / PhastCons), or pangenome graph construction; selecting between reference-free (Cactus) and reference-anchored (LASTZ chains/nets) approaches; tuning sensitivity for closely vs distantly related genomes; or producing HAL files for genome-wide downstream tools.
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peacezha/HPClaw☆ 32026年10月11日 更新
Three.js textures - texture types, UV mapping, environment maps, texture settings. Use when working with images, UV coordinates, cubemaps, HDR environments, or texture optimization.
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thedaviddias/agent-forge☆ 32026年5月18日 更新
模拟 CentOS Linux 7 终端行为(含 Synopsys VCS/UVM 环境),仅输出代码块结果,不进行解释。
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David-Li0406/meta-skill-evloving☆ 22026年7月14日 更新
Telegramのテスト環境で実ユーザーとしてOpenClawを操作し、応答や編集・削除・リアクションなどを記録して、利用者に見える動作を検証するスキル。
- DMの応答やコマンドを検証したいとき
- グループのメンションやトピックの検証
- 編集・削除・入力中表示の動作確認
openclaw/openclaw☆ 39.2万2026年10月13日 更新
PDFの指定ページに対し、タイトルの変更や誤字の修正を自然な言葉で指示するスキル。nano-pdfを使い、編集後は対象ページと出力内容を確認します。
- PDFのページタイトルを変更したいとき
- PDFのサブタイトルの誤字修正
- タイトル変更と誤字修正をまとめて依頼
openclaw/openclaw☆ 39.2万2026年10月13日 更新
AIエージェントがスキルやルールを実際に守るか、指示の強さが異なる3段階のシナリオで検証し、遵守率とツール呼び出しの時系列をレポートにまとめます。
- 追加したルールの遵守確認
- 念押しなしで手順が守られるか確認
- ツール実行順序と抜けの確認
affaan-m/ECC☆ 27.9万2026年10月12日 更新
Claude Codeのファイル編集時に、Planktonで自動整形とコード検査を行う設定を支援するスキル。残った違反の自動修正や再検査、検査ルールの保護も扱います。
- 編集のたびに整形・コード検査したいとき
- 残った検査違反の自動修正を設定
- 検査設定のルール緩和を防ぎたいとき
affaan-m/ECC☆ 27.9万2026年10月12日 更新
Jiraの課題を取得し、要件やテスト条件を整理するスキルです。進捗コメントの追加、ステータス変更、課題検索を開発作業の流れで扱えます。
- 実装前に課題の要件を確認したいとき
- 受け入れ条件とテスト項目の整理
- 進捗やPRのリンクを記録したいとき
affaan-m/ECC☆ 27.9万2026年10月12日 更新
プロンプト、正規表現、SQL、小さなコードを、採点基準に沿って繰り返し改良します。AIが候補を作り、失敗例を手がかりによりよい案を探すスキルです。
- 正解例に沿ってプロンプトを改善したいとき
- 合格率で正規表現を調整したいとき
- テストでSQLやコードを改善したいとき
NousResearch/hermes-agent☆ 25.3万2026年10月13日 更新
Generate a data-only animated theme preset for Ruflo Console Theme Studio. Use when the user requests a new console color palette, cyberpunk theme, or variation of Orbital globe, stars, and swarm animation in Claude or Codex.
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ruvnet/ruflo☆ 7.5万2026年10月13日 更新
Agent skill for raft-manager - invoke with $agent-raft-manager
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ruvnet/ruflo☆ 7.5万2026年10月13日 更新
Agent skill for queen-coordinator - invoke with $agent-queen-coordinator
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ruvnet/ruflo☆ 7.5万2026年10月13日 更新
Agent skill for refinement - invoke with $agent-refinement
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ruvnet/ruflo☆ 7.5万2026年10月12日 更新
Agent skill for pseudocode - invoke with $agent-pseudocode
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ruvnet/ruflo☆ 7.5万2026年10月13日 更新
Agent skill for project-board-sync - invoke with $agent-project-board-sync
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ruvnet/ruflo☆ 7.5万2026年10月13日 更新
Agent skill for planner - invoke with $agent-planner
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ruvnet/ruflo☆ 7.5万2026年10月13日 更新