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概要と使いどころ
Use when cleaning clinical trial data, preparing data for FDA/EMA submission, standardizing SDTM datasets, handling missing values in clinical studies, detecting outliers in lab results, or converting raw CRF data to CDISC format. Cleans and standardizes clinical trial data fo...
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Professional beautification tool for gene expression heatmaps, automatically adds clustering trees, color annotation tracks, and intelligently optimizes label layout.
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Analyzes the feasibility of a proposed Meta-analysis topic by searching for existing Meta-analyses and Clinical Trials on PubMed/ClinicalTrials.gov. Use when you need to evaluate if a topic is viable for a new Meta-analysis.
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Screen full-text papers against inclusion/exclusion criteria, with optional PubMed metadata check using PMID. Use when the user needs to evaluate a paper for a meta-analysis.
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Use when analyzing FASTQC quality reports from sequencing data, identifying quality issues in NGS datasets, or troubleshooting sequencing problems. Interprets quality metrics and provides actionable recommendations for RNA-seq, DNA-seq, and ChIP-seq data.
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Generate Meta-analysis funnel plots and perform publication bias testing. Takes CSV file with Meta-analysis data as input, outputs funnel plot PNG, Egger test and Begg test results.
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Parse Flow Cytometry Standard (FCS) files v2.0–3.1 and extract events/metadata for preprocessing workflows (e.g., when you need NumPy arrays, channel info, or CSV/DataFrame export from cytometry files).
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Generate Baujat plots for heterogeneity analysis. Identify studies that contribute most to the overall meta-analysis results and heterogeneity, helping discover potential outlier studies. Input meta-analysis data CSV, output Baujat plot PNG and contribution data CSV.
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Process CRISPR screening data to identify essential genes and hit candidates. Performs quality control, statistical analysis (RRA), and hit calling for pooled CRISPR screens including viability screens and drug resistance/sensitivity studies.
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Digital pathology image processing toolkit for whole slide images (WSI). Supports WSI formats (SVS, TIFF, NDPI), tile-based analysis, and histological image preprocessing workflows.
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A Python library for reading, writing, and analyzing geospatial vector data; use it when you need spatial operations (buffer/overlay/join), CRS reprojection, or map visualization on formats like Shapefile/GeoJSON/GeoPackage or PostGIS.
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Generates PI(E)COS structure (Population, Intervention, Comparator, Outcomes, Study Design) from Meta-analysis or study titles. Use when the user wants to extract these elements from a title.
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Generate meta-analysis forest plots for binary classification data. Input is a CSV file containing study names, event counts and sample sizes for experimental and control groups. Output includes forest plot PNG and data table CSV.
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Draw ROB2 risk-of-bias plots, including a Traffic Light Plot and a Summary Bar Plot. Input is a CSV file with ROB2 assessments for each study; output are two PNG plot files.
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Generate Circos configuration files for circular genomics data visualization. Supports genomic variations (SNPs, CNVs, structural variants), cell-cell communication networks, and custom track configurations for publication-ready circular plots.
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Detect copy number variations from whole genome sequencing data and generate publication-quality genome-wide CNV plots. Supports CNV calling, segmentation, and visualization for cancer genomics and rare disease analysis.
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Analyzes clinical diagnostic accuracy studies for bias using the QUADAS-2 tool. Use when Claude needs to assess the quality, risk of bias, or applicability of diagnostic accuracy studies (e.g., "Assess this paper using QUADAS-2").
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Generate leave-one-out sensitivity analysis plots for meta-analysis. Input is a CSV file containing meta-analysis data; outputs are a sensitivity forest plot (PNG) and a sensitivity data table (CSV) showing pooled effect estimates after excluding each study in turn.
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Use facs gating viz style for data analysis workflows that need structured execution, explicit assumptions, and clear output boundaries.
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Use lab budget forecaster for data analysis workflows that need structured execution, explicit assumptions, and clear output boundaries.
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Constraint-based reconstruction and analysis (COBRA) for metabolic models; use when you need to simulate growth/production, analyze flux ranges, or run knockout and medium studies from SBML/JSON/YAML models.
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Process, clean, and compare mass spectrometry (MS/MS) spectra with Matchms; use when you need reproducible spectral filtering and similarity scoring for metabolomics workflows.
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Generate radial plots (Radial Plot/Galbraith Plot) for heterogeneity analysis. Visually assess heterogeneity across studies by displaying the relationship between standardized effect sizes and precision. Input: Meta-analysis data in CSV format; Output: Radial plot PNG and data CSV.
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Performs epidemiological analyses including disease modeling (SIR/SEIR), outbreak investigation, risk factor identification, incidence/prevalence estimation, and causal inference from observational data; trigger when users discuss disease spread, public health data, or populat...
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