Designs PROTACs, molecular glues, and bivalent degraders with explicit handling of E3 ligase choice (VHL, CRBN, IAP, MDM2, KEAP1), linker design (length, composition, rigidity), ternary complex prediction (PRosettaC, DeepTernary, AlphaFold3 with constraints), cooperativity (alpha), DC50 / Dmax characterization, hook effect, and prediction-experiment reconciliation. Use when designing targeted protein degraders, planning linker SAR, predicting ternary complex stability, or building generative degrader workflows.
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huang-sh/DeepScience☆ 42026年7月15日 更新
Performs ML-based protein-ligand pose prediction and scoring using DiffDock-L (diffusion-based), Boltz-1 / Boltz-2 (foundation model with affinity), Chai-1, AlphaFold3 ligand, EquiBind, TANKBind, NeuralPLexer, and hybrid workflows (DiffDock pose + GNINA rescore + PoseBusters QC). Explicit handling of when ML beats classical docking, when classical beats ML, the PB-invalid pose problem, and rescoring as the standard production hybrid. Use when modern docking is needed: foundation-model ligand-pose prediction, AI rescoring of classical poses, or scaffold-hopping in cross-docking scenarios.
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huang-sh/DeepScience☆ 42026年7月15日 更新
Complete mass spectrometry analysis platform. Use for proteomics workflows feature detection, peptide identification, protein quantification, and complex LC-MS/MS pipelines. Supports extensive file formats and algorithms. Best for proteomics, comprehensive MS data processing. For simple spectral comparison and metabolite ID use matchms.
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huang-sh/DeepScience☆ 42026年7月15日 更新
Performs structure-based virtual screening using AutoDock Vina, SMINA, GNINA (CNN scoring), and DiffDock-L hybrid workflows with explicit choice rules across rigid vs flexible docking, cross-docking vs self-docking, binding-site detection (P2Rank, fpocket), receptor preparation (PDB2PQR, PROPKA), ligand preparation (meeko, OpenBabel), and ultralarge-library screening (ZINC22, Enamine REAL). Use when screening chemical libraries against a protein target to find candidate binders, ranking docking poses, or selecting a docking workflow for a specific scenario.
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huang-sh/DeepScience☆ 42026年7月15日 更新
Cheminformatics toolkit for fine-grained molecular control. SMILES/SDF parsing, descriptors (MW, LogP, TPSA), fingerprints, substructure search, 2D/3D generation, similarity, reactions. For standard workflows with simpler interface, use datamol (wrapper around RDKit). Use rdkit for advanced control, custom sanitization, specialized algorithms.
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huang-sh/DeepScience☆ 42026年7月15日 更新
Molecular ML with diverse featurizers and pre-built datasets. Use for property prediction (ADMET, toxicity) with traditional ML or GNNs when you want extensive featurization options and MoleculeNet benchmarks. Best for quick experiments with pre-trained models, diverse molecular representations. For graph-first PyTorch workflows use torchdrug; for benchmark datasets use pytdc.
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huang-sh/DeepScience☆ 42026年7月15日 更新
Author and diagnose YAML, prototype schemas, workflows, manifests, and structured configuration with exact validation.
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ArcaneSS14/arcane-new☆ 42026年10月13日 更新
Design AI-assisted content creation workflows. TRIGGERS - Use when user needs help with ai-content-workflow related tasks.
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Winbda/claude-skills-collection☆ 42026年4月6日 更新
Build AI prompt chains and multi-step workflows for complex tasks. TRIGGERS - Use when user needs help with ai-chain-builder related tasks.
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Winbda/claude-skills-collection☆ 42026年4月6日 更新
Build autonomous AI workflows.
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Winbda/claude-skills-collection☆ 42026年4月6日 更新
Design multi-step AI agent architectures with tools, memory, and orchestration. TRIGGERS - Use when user wants to design AI agents, multi-agent systems, or autonomous AI workflows.
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Winbda/claude-skills-collection☆ 42026年4月6日 更新
Design data annotation workflows for AI. TRIGGERS - Use when user needs help with ai-annotation-workflow related tasks.
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Winbda/claude-skills-collection☆ 42026年4月6日 更新
Design automation for accounting workflows. TRIGGERS - Use when user needs help with accounting-workflow-automation related tasks.
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Winbda/claude-skills-collection☆ 42026年4月6日 更新
Design ad operations workflows. TRIGGERS - Use when user needs help with ad-ops-workflow related tasks.
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Winbda/claude-skills-collection☆ 42026年4月6日 更新
Integrate Iteration Layer APIs for document, website, image, and sheet processing. Composable APIs — Document Extraction, Website Extraction, Document to Markdown, Image Transformation, Image Generation, Document Generation, and Sheet Generation — share one credit pool and chain together into workflows.
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iterationlayer/skills☆ 42026年6月9日 更新
Extract product name, SKU, price, and specifications from a catalog document into structured JSON for e-commerce workflows.
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iterationlayer/skills☆ 42026年6月9日 更新
Extract parties, dates, and clauses from a contract into structured JSON for legal review workflows.
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iterationlayer/skills☆ 42026年6月9日 更新
Repository-specific AGENTS.md authoring and maintenance workflow. Use when creating, refreshing, or expanding AGENTS.md coverage for a codebase, including deciding whether nested AGENTS.md files are needed for subsystems with distinct rules, workflows, or AI-sensitive constraints.
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aibot88/sec_skill_store☆ 42026年5月27日 更新
Use when you need to run security checks for MCP and agent workflows before merging changes in shared repositories.
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aibot88/sec_skill_store☆ 42026年5月27日 更新
MCP Agent Mail - Mail-like coordination layer for multi-agent workflows. Identities, inbox/outbox, file reservations, contact policies, threaded messaging, pre-commit guard, Human Overseer, static exports, disaster recovery. Git+SQLite backed. Python/FastMCP.
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aibot88/sec_skill_store☆ 42026年5月27日 更新
SQLite-based ticket tracking for structured development workflows. Use this skill when the user asks to initialize a ticket database, import requirements, list tickets, get the next ticket to work on, mark tickets as done, or check ticket status. Essential for managing epics, user stories, and acceptance criteria.
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aibot88/sec_skill_store☆ 42026年5月27日 更新
Specialized reverse engineering analysis workflows for binary analysis, pattern recognition, and vulnerability assessment
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aibot88/sec_skill_store☆ 42026年5月27日 更新
RBAC/ABAC implementation patterns, least privilege access, row-level security, column masking, and access review workflows.
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aibot88/sec_skill_store☆ 42026年5月27日 更新
Production-grade accessibility skill for WCAG 2.2 AA compliance. Covers auditing, remediation, component authoring, and validation workflows. Auto-invoked for UI implementation, a11y fixes, and accessibility testing.
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aibot88/sec_skill_store☆ 42026年5月27日 更新