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概要と使いどころ
Analyze DNA/RNA/protein sequences. Use when the user provides a sequence and asks for analysis, translation, GC content, ORFs, motifs, restriction sites, or primer design. Triggers on "sequence", "translate", "GC content", "ORF", "primer", "restriction", "complement", "reverse complement".
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Protein design quality control, filtering thresholds, and ranking guidance. Use this skill when: (1) Evaluating design quality for binding, expression, or structure, (2) Setting filtering thresholds for pLDDT, ipTM, PAE, (3) Checking sequence liabilities (cysteines, deamidation, polybasic clusters), (4) Creating multi-stage filtering pipelines, (5) Computing PyRosetta interface metrics (dG, SC, dSASA), (6) Checking biophysical properties (instability, GRAVY, pI), (7) Ranking designs with composite scoring. This skill provides research-backed thresholds from binder design competitions and published benchmarks.
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Structure retrieval, confidence-aware AlphaFold DB usage, coordinate download, PAE and pLDDT interpretation, and structure-guided biological annotation.
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Remove sequencing adapters from FASTQ files using Cutadapt and Trimmomatic. Supports single-end and paired-end reads, Illumina TruSeq, Nextera, and custom adapter sequences. Use when FastQC shows adapter contamination or before alignment of short reads.
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Bulk transcriptomics differential expression with count-aware modeling, design validation, contrast handling, thresholded exports, and publication-ready DE figures.
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Workflow for outbreak-style pathogen genomics, surveillance, lineage assignment, and transmission-oriented comparative analysis.
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Workflow for paired or integrated single-cell RNA and ATAC analysis with multimodal latent spaces and regulatory interpretation.
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Species abundance estimation using Bracken with Kraken2 output. Redistributes reads from higher taxonomic levels to species for more accurate estimates. Use when accurate species-level abundances are needed from Kraken2 classification output.
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Mass spectrometry proteomics QC, quantification, comparative analysis, and export for DDA, DIA, and protein-level result tables.
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ChIP-seq peak calling and downstream interpretation with MACS3, signal track export, annotation, motif analysis, and differential binding review.
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Applies ACMG/AMP 2015 framework with ClinGen SVI specifications, Tavtigian 2018/2020 Bayesian point system, Abou Tayoun 2018 PVS1 decision tree, Pejaver 2022 calibrated PP3/BP4 thresholds for REVEL/BayesDel/AlphaMissense, Brnich 2020 PS3/BS3 OddsPath, Walker 2023 SpliceAI splicing framework, and AMP/ASCO/CAP 2017 tumor tiers. Use when classifying germline variants P / LP / VUS / LB / B, applying VCEP-specific CSpec rules, computing Whiffin BS1, or assigning cancer Tier I-IV per Li 2017.
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Browse and install community skills from the BioClaw Skills Hub. Use when a user's task is not covered by built-in skills, or when the user asks about available skills, advanced workflows, or specialized analysis pipelines. Triggers on "skills hub", "more skills", "install skill", "community skills", "find a skill for".
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Workflow for small RNA and miRNA preprocessing, quantification, differential analysis, and target-oriented interpretation.
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Workflow for small-variant and structural-variant discovery, filtering, annotation, and interpretation from sequencing data.
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Workflow for sequencing read QC, trimming, contamination screening, and pre-alignment cleanup.
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Predicts ADMET properties using ADMETlab 3.0 (119 endpoints with uncertainty), ADMET-AI, DeepChem MolNet, and chemprop D-MPNN with explicit handling of OECD QSAR principles, applicability domain assessment, calibration, hERG/CYP/AMES gold-standard endpoints, and PAINS / Lipinski / Ro5 / Veber / BBB druglikeness filters. Use when filtering compounds for drug-likeness, prioritizing leads by predicted safety, or building an in-house ADMET QSAR model.
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Workflow for packaging analysis outputs into reproducible reports, clean tables, and publication-ready figure exports.
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Workflow for ribosome profiling, P-site aware preprocessing, periodicity checks, ORF detection, and translation efficiency analysis.
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SEC (size-exclusion chromatography) analysis with peak detection, oligomer classification, and publication-quality PDF report generation via Typst templates. Triggers on "SEC", "size exclusion", "chromatography", "oligomer analysis", "protein assembly", "SEC report".
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Automated and marker-guided single-cell cell type annotation using CellTypist, marker review, reference transfer, and confidence-aware label curation.
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Publication-quality PDF report generation using Typst templates. Produces professional scientific reports with colored section bands, styled tables, figure captions, callout boxes, and page headers/footers.
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Query ClinVar for clinical variant significance. Use when user asks about variant pathogenicity, genetic variants, clinical significance, or disease-causing mutations. Triggers on "clinvar", "pathogenic", "variant significance", "clinical significance", "disease variant", "mutation pathogenicity".
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ATAC-seq processing with assay QC, MACS3 peak calling, consensus peak matrices, differential accessibility, and motif or footprint follow-up.
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Workflow for pseudotime, lineage branching, and state-transition analysis in single-cell data.
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