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概要と使いどころ
Remove sequencing adapters from FASTQ files using Cutadapt and Trimmomatic. Supports single-end and paired-end reads, Illumina TruSeq, Nextera, and custom adapter sequences. Use when FastQC shows adapter contamination or before alignment of short reads.
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Designs adaptive clinical trials including group-sequential (O'Brien-Fleming, Pocock, Lan-DeMets spending), sample-size re-estimation (blinded Friede-Kieser, unblinded Cui-Hung-Wang, Mehta-Pocock promising zone), seamless Phase 2/3 with treatment-arm selection, population enrichment, and response-adaptive randomisation. Covers FDA 2019 Final Adaptive Designs Guidance, FDA 2022 Master Protocols, and ICH E20 Step 2b/3 draft (June 2025, NOT final). Use when planning interim analyses, sample-size re-estimation, or master/platform-trial designs.
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Workflow for haplotype phasing, genotype imputation, reference-panel matching, and imputation QC.
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Bulk transcriptomics differential expression with count-aware modeling, design validation, contrast handling, thresholded exports, and publication-ready DE figures.
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Biology research tools reference. Always available inside agent containers.
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ChIP-seq peak calling and downstream interpretation with MACS3, signal track export, annotation, motif analysis, and differential binding review.
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Automated and marker-guided single-cell cell type annotation using CellTypist, marker review, reference transfer, and confidence-aware label curation.
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Query Ensembl for genomic data. Use when user asks about gene coordinates, genomic sequences, variants, gene structure, exons, transcripts, or species comparison. Triggers on "ensembl", "gene coordinates", "genomic location", "exon", "transcript", "variant location", "rsid", "rs number".
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Workflow for outbreak-style pathogen genomics, surveillance, lineage assignment, and transmission-oriented comparative analysis.
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Workflow for enrichment testing, ranked-gene analysis, pathway scoring, and pathway-focused visualization across omics outputs.
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Query NCBI GEO for gene expression datasets. Use when user asks about RNA-seq datasets, microarray data, expression data, GEO accessions, or finding public datasets. Triggers on "geo", "gene expression omnibus", "expression dataset", "RNA-seq dataset", "microarray dataset", "GSE", "GDS".
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Shotgun metagenomics workflow with host-depletion-aware QC, taxonomic profiling, functional profiling, AMR follow-up, and reproducible community output tables.
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Run BLAST sequence similarity searches. Use when the user asks to BLAST a sequence, find similar sequences, identify a gene/protein, or do homology search. Triggers on "blast", "sequence similarity", "homology", "identify sequence".
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Query RCSB PDB for experimental protein structures. Use when user asks about crystal structures, X-ray, cryo-EM, NMR structures, or PDB IDs. Triggers on "pdb", "crystal structure", "cryo-em", "x-ray structure", "protein crystal", "experimental structure".
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Query STRING for protein-protein interactions. Use when user asks about protein interactions, interaction networks, binding partners, or interactome. Triggers on "string", "protein interaction", "interaction network", "binding partners", "interactome", "PPI".
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Query UniProt protein database. Use when user asks about protein sequences, functions, annotations, domains, or protein identifiers. Triggers on "uniprot", "protein function", "protein sequence", "gene product", "protein info".
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Publication-quality PDF report generation using Typst templates. Produces professional scientific reports with colored section bands, styled tables, figure captions, callout boxes, and page headers/footers.
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ATAC-seq processing with assay QC, MACS3 peak calling, consensus peak matrices, differential accessibility, and motif or footprint follow-up.
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Mass spectrometry proteomics QC, quantification, comparative analysis, and export for DDA, DIA, and protein-level result tables.
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Query AlphaFold protein structure predictions. Use when user asks about protein structure, 3D structure, protein folding, or structure prediction. Triggers on "alphafold", "protein structure", "3D structure", "folding", "pLDDT", "structure prediction".
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Analyze DNA/RNA/protein sequences. Use when the user provides a sequence and asks for analysis, translation, GC content, ORFs, motifs, restriction sites, or primer design. Triggers on "sequence", "translate", "GC content", "ORF", "primer", "restriction", "complement", "reverse complement".
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Workflow for small-variant and structural-variant discovery, filtering, annotation, and interpretation from sequencing data.
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Browse and install community skills from the BioClaw Skills Hub. Use when a user's task is not covered by built-in skills, or when the user asks about available skills, advanced workflows, or specialized analysis pipelines. Triggers on "skills hub", "more skills", "install skill", "community skills", "find a skill for".
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Workflow for sequencing read QC, trimming, contamination screening, and pre-alignment cleanup.
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