「research」の検索結果

Internal Harness instruction source for data-prep. Route through visible Harness aliases instead of invoking directly.

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Convert run artifacts into calibrated interpretation and next decisions.

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Internal Harness instruction source for auto-paper-patch. Route through visible Harness aliases instead of invoking directly.

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Internal Harness instruction source for auto-paper-data. Route through visible Harness aliases instead of invoking directly.

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Internal Harness instruction source for auto-paper-harden. Route through visible Harness aliases instead of invoking directly.

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Produce evidence-grounded core docs and optionally route manuscript work.

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Execute bounded, reproducible experiment rounds.

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Internal Harness instruction source for change-intake. Route through visible Harness aliases instead of invoking directly.

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Internal Harness instruction source for auto-paper-figure. Route through visible Harness aliases instead of invoking directly.

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Internal Harness instruction source for auto-paper-argument. Route through visible Harness aliases instead of invoking directly.

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Internal Harness instruction source for iterate. Route through visible Harness aliases instead of invoking directly.

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Internal Harness instruction source for init-project. Route through visible Harness aliases instead of invoking directly.

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Internal Harness instruction source for auto-paper-citation. Route through visible Harness aliases instead of invoking directly.

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Internal Harness instruction source for auto-paper. Route through visible Harness aliases instead of invoking directly.

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Internal Harness instruction source for evaluate. Route through visible Harness aliases instead of invoking directly.

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Acquire and verify finite environment, data, weight, and baseline inputs.

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Internal Harness instruction source for auto-paper-response. Route through visible Harness aliases instead of invoking directly.

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Create marketing assets and execute launch strategy. Use when crafting landing copy, social banners, SEO meta, blog posts, or video scripts — coordinates with launch (deploy + announce) and the @rune-pro/growth pack (research / content / CRO).

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Web search and external knowledge lookup. Gathers data on technologies, libraries, best practices, and competitor solutions.

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Prioritize drug targets from a ranked gene list (e.g., scRNA-seq DE output) by orchestrating parallel API queries against UniProt, OpenTargets (with integrated DepMap CRISPR essentiality + gnomAD constraint), PubMed, the Human Protein Atlas (HPA), and ChEMBL tool compounds, then re-ranking by a composite score combining protein localization, druggability, disease genetics, tissue specificity (safety), focus-cell-type expression, CRISPR essentiality, LoF safety constraint, and research maturity. Use whenever the user wants to filter, triage, prioritize, or "do due diligence" on a list of candidate genes for drug discovery, especially after a DE / DEG analysis when they say things like "which of these should I follow up on", "filter for druggable targets", "make a target dossier", "rank these for tractability", "annotate these genes for druggability", or "build a target report". Trigger even when the user says just "filter these candidate genes" or hands over a CSV from a DE pipeline.

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Use when interpreting biological research findings, evaluating life science evidence, analyzing molecular or cellular mechanisms, comparing competing biological hypotheses, designing or critiquing experiments in biology, genetics, genomics, cell biology, immunology, neuroscience, ecology, or any life science domain. Triggers on questions about gene function, pathways, phenotypes, GWAS hits, single-cell data, animal models, clinical translation, evolutionary arguments, or any biology/life science reasoning task.

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Internal guidance for composing prompts that Pi runs (DeepSeek by default) handle reliably for coding, review, diagnosis, and research tasks

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Use when searching academic papers, looking up citations, finding authors, or getting paper recommendations using the Semantic Scholar API. Triggers on queries about research papers, academic search, citation analysis, or literature discovery.

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Use whenever the user mentions Zenodo, depositing or publishing research artifacts (datasets, software, papers, posters) to Zenodo, minting a DOI for a dataset/code release, uploading files to a Zenodo record, creating a new version of a Zenodo deposit, or searching Zenodo records. Covers the full Zenodo REST API workflow — create deposition, upload files via the bucket API, set metadata, publish, version, and search — for both production (zenodo.org) and sandbox (sandbox.zenodo.org).

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