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cccskills

「ngs」の検索結果

7,124 件 ・ 関連度順

概要と使いどころ

Look up NYC DOB permits and new-building, alteration, or demolition job filings. Use for filed or permitted work and renovation history; use nyc-dob-violations for violations.

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AlpacaLabsLLC/skills-for-architects3812026年10月16日 更新

norma

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Use Norma to coordinate architecture, buildings, projects, clients, proposals, schedules, specifications, sites, zoning, FF&E and firm work through the relevant Arch Studio owners. Direct skill requests stay with their owner.

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AlpacaLabsLLC/skills-for-architects3812026年10月16日 更新

Neighborhood context and history — adjacent uses, architectural character, landmarks, commercial activity, and planned development from an address. Use when the user asks about a site's history or surroundings, "what's around this site", neighborhood character, or nearby planned development.

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AlpacaLabsLLC/skills-for-architects3812026年10月16日 更新

Create an HTML color palette from a mood, description, or image, with swatches, color codes, pairings, and contrast checks. Use for color schemes or brand colors.

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AlpacaLabsLLC/skills-for-architects3812026年10月16日 更新

nyc-hpd

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Look up HPD violations, complaints, and building registration for NYC residential buildings. Use when the user asks about housing-code violations, tenant complaints, or HPD registration at an address. NYC only; for DOB and ECB violations use /as:nyc-dob-violations.

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AlpacaLabsLLC/skills-for-architects3812026年10月16日 更新

Compile NYC landmarks, DOB, ACRIS, HPD, and BSA findings into one property due-diligence report. Use for a full report; use individual NYC skills for one dataset.

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AlpacaLabsLLC/skills-for-architects3812026年10月16日 更新

geniml

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Python library for genomic interval ML. Train/apply region2vec embeddings turning BED regions into vectors, index interval datasets for ML, search embedding space with BEDSpace, and evaluate embedding quality. Use for chromatin accessibility clustering, regulatory element classification, and cross-sample region comparison.

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jaechang-hits/SciAgent-Skills3792026年10月16日 更新

Annotated matrices for single-cell genomics. Stores X with obs/var metadata, layers, embeddings (obsm/varm), graphs (obsp/varp), uns. Use for .h5ad/.zarr I/O, concatenation, scverse integration. For analysis use scanpy; for probabilistic models use scvi-tools.

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jaechang-hits/SciAgent-Skills3792026年10月16日 更新

Aggregates QC from 150+ bioinformatics tools into one interactive HTML report. Scans FastQC, samtools, STAR, HISAT2, Trim Galore, featureCounts, Kallisto, Salmon, Picard, GATK logs; merges per-sample stats with plots. For NGS pipeline-wide QC. Use FastQC directly for single-sample; MultiQC for multi-sample reporting.

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jaechang-hits/SciAgent-Skills3792026年10月16日 更新

Harmony batch correction for scRNA-seq and other omics. Removes batch effects from PCA embeddings while preserving biology. Run after PCA, before UMAP. Scales to millions of cells. Python (harmonypy, scanpy) and R (Seurat).

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jaechang-hits/SciAgent-Skills3792026年10月16日 更新

Molecular featurization hub (100+ featurizers) for ML. SMILES to fingerprints (ECFP, MACCS, MAP4), descriptors (RDKit 2D, Mordred), pretrained embeddings (ChemBERTa, GIN, Graphormer), pharmacophores. Scikit-learn compatible with parallelization/caching. For QSAR, virtual screening, similarity, and molecular DL.

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jaechang-hits/SciAgent-Skills3792026年10月16日 更新

Query FDA drug labels (DailyMed) via REST API. Search structured product labels (SPLs) by name, NDC, set ID, or RxCUI; get indications, dosage, warnings, adverse reactions, packaging. No auth. For adverse events use fda-database; for DDIs use ddinter-database.

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jaechang-hits/SciAgent-Skills3792026年10月16日 更新

Multi-Omics Factor Analysis v2 (MOFA+) with mofapy2. Jointly decompose omics layers (scRNA, ATAC, proteomics, methylation) into latent factors capturing major variation. Multi-group designs. AnnData views → MOFA object → train → variance explained → correlate factors with metadata → visualize/cluster → enrich top loadings.

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jaechang-hits/SciAgent-Skills3792026年10月16日 更新

smina molecular docking CLI. AutoDock Vina fork with customizable scoring functions, native SDF/MOL2/PDB ligand input, autoboxing, local energy minimization, and per-atom score breakdowns. Pipeline: receptor PDBQT prep -> ligand prep (RDKit/OpenBabel) -> dock via autobox or explicit grid -> rescore/minimize with custom scoring -> rank poses by affinity. Choose smina over Vina when you need custom scoring terms (--custom_scoring), local optimization of an existing pose (--local_only), per-atom contributions (--atom_term_data), or SDF/MOL2 ligands without manual PDBQT conversion. For unknown binding sites use diffdock; for the Python-bindings/Vinardo workflow use autodock-vina-docking.

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jaechang-hits/SciAgent-Skills3792026年10月16日 更新

pyhealth

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Python library for healthcare ML on EHR data: process MIMIC-III/IV, eICU, OMOP-CDM; encode medical codes (ICD, ATC, NDC); build patient-level datasets; train Transformer, RETAIN, GRASP, MedBERT for mortality, drug recommendation, readmission, diagnosis prediction. Alternatives: FIDDLE (preprocessing), clinical-longformer (clinical NLP), ehr-ml (embeddings).

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jaechang-hits/SciAgent-Skills3792026年10月16日 更新

Python-based workflow manager for reproducible, scalable pipelines. Define rules with file-based dependencies; Snakemake resolves execution order and parallelism. Runs local, SLURM, LSF, AWS, GCP via profiles; per-rule conda/Singularity envs. For NGS pipelines, ML training, and multi-step file processing. Use Nextflow for Groovy dataflow or nf-core integration.

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jaechang-hits/SciAgent-Skills3792026年10月16日 更新

Protein language models (ESM3, ESM C) for sequence generation, structure prediction, inverse folding, and embeddings. Design novel proteins, extract ML features, or fold sequences. Local GPU or EvolutionaryScale Forge API. Use AlphaFold for traditional folding; RDKit for small molecules.

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jaechang-hits/SciAgent-Skills3792026年10月16日 更新

Predict RNA secondary structure, MFE folding, base-pair probabilities, RNA-RNA interactions via ViennaRNA Python bindings. Pipeline: sequence → MFE → partition function and pair-probability matrix → dot-bracket → duplex. Use for siRNA/sgRNA targeting, ribozyme design, RNA accessibility. Use RNAfold CLI for batch use without Python.

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jaechang-hits/SciAgent-Skills3792026年10月16日 更新

3Dmol.js WebGL molecular visualization emitted as self-contained HTML. Render structures (PDB/SDF/XYZ/MOL2/cube) with stick, sphere, cartoon, line, and surface styles; animate trajectories with a frame-delay (interval, ms) control; and animate vibrational normal modes via vibrate() from per-atom dx/dy/dz displacements or from precomputed frames. Output standalone HTML that loads 3Dmol from a CDN, with optional play/pause and speed controls. Use for transition-state imaginary-mode animations, MD or reaction-path playback, docking poses, and orbital/density isosurfaces. For static 2D chemical structure drawings use rdkit-chemdraw-cdxml; for 2D statistical plots use matplotlib or plotly.

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jaechang-hits/SciAgent-Skills3792026年10月16日 更新

ib-collar

無料

Generate tactical collar strategy reports for protecting PMCC positions through earnings or high-risk events. Requires TWS or IB Gateway running locally.

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staskh/trading_skills3782026年10月16日 更新

Get insider trading activity (SEC Form 4 filings) for one or more stocks. Use when user asks about insider buying/selling, executive transactions, insider sentiment, or Form 4 activity.

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staskh/trading_skills3782026年10月16日 更新

Get portfolio positions from Interactive Brokers. Use when user asks about their portfolio, positions, holdings, or what stocks they own. Requires TWS or IB Gateway running locally.

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staskh/trading_skills3782026年10月16日 更新

Scan stocks for Poor Man's Covered Call (PMCC) suitability. Analyzes LEAPS and short call options for delta, liquidity, spread, IV, yield, trend direction, and earnings proximity. Use when user asks about PMCC candidates, diagonal spreads, or LEAPS strategies.

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staskh/trading_skills3782026年10月16日 更新

Patterns and best practices for integrating ROS2 systems with web technologies including REST APIs, WebSocket bridges, and browser-based robot interfaces. Use this skill when building web dashboards for robots, streaming camera feeds to browsers, exposing ROS2 services as REST endpoints, or implementing bidirectional WebSocket communication between web UIs and ROS2 nodes. Trigger whenever the user mentions rosbridge, rosbridge_suite, roslibjs, FastAPI with ROS2, Flask with rclpy, WebSocket for robot telemetry, MJPEG streaming, WebRTC for robots, REST API wrapping ROS2 services, web-based robot control, browser robot interface, robot dashboard, CORS configuration for robots, or any web-to-ROS2 bridge pattern. Also trigger for authentication on robot web interfaces, rate limiting sensor streams, video streaming from robot cameras to browsers, or running async web frameworks alongside the ROS2 executor. Covers rosbridge_suite, FastAPI, Flask, WebSocket, and WebRTC approaches.

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arpitg1304/robotics-agent-skills3742026年8月12日 更新