「ssm」の検索結果

Transfers gene annotations between genome assemblies via coordinate liftover (UCSC liftOver, CrossMap for same-species version updates) or feature/sequence projection (Liftoff for same/close species, miniprot for protein-level cross-species, TOGA/GeMoMa/CAT for distant clades). Covers the coordinate-vs-projection decision by divergence, why a successful lift is not biological confirmation, reference bias, the silent-dropping of unmapped features, build/PAR/MHC/inversion hazards, and transfer-vs-de-novo validation. Use when annotating a new assembly of a species with an existing reference, harmonizing coordinates across builds, or mapping annotations across related species.

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Detects and removes contamination in genome assemblies via two disjoint workflows - foreign-sequence screening of a single-organism (eukaryote/isolate) assembly with NCBI FCS-GX (GenBank-submission-mandatory), FCS-adaptor, and BlobToolKit blob plots; and MAG/bin quality assessment with CheckM2 plus GUNC (chimerism) plus GTDB-Tk taxonomy, judged against MIMAG. Covers why CheckM2 alone is blind to disjoint-marker chimeras, the FCS-GX RAM wall, organelle/NUMT triage, strain heterogeneity, and the HGT-vs-contamination (tardigrade) trap. Use when screening an assembly for foreign contamination before GenBank submission, assessing MAG completeness/contamination/chimerism, deciding which contigs to remove, or distinguishing real HGT from contaminant contigs.

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Detect distant homologs using profile and structure-aware methods that go beyond standard BLAST. Use when sequence identity falls into the twilight zone (<35% pairwise), when BLAST fails to find homologs that should exist, when working at metagenomic scale (DIAMOND, MMseqs2), or when structure beats sequence (Foldseek). Covers PSI-BLAST (iterative PSSM), jackhmmer (iterative HMM), HHblits/HHsearch (profile-profile), DIAMOND, MMseqs2, and Foldseek (3Di structural alphabet, van Kempen 2024).

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Predicts ADMET properties using ADMETlab 3.0 (119 platform features, including 77 prediction models with modeled-endpoint uncertainty), ADMET-AI, DeepChem MolNet, and chemprop D-MPNN with explicit handling of OECD QSAR principles, applicability domain assessment, calibration, hERG/CYP/AMES endpoints, and PAINS / Lipinski / Ro5 / Veber / BBB druglikeness filters. Use when filtering compounds for drug-likeness, prioritizing leads by predicted safety, or building an in-house ADMET QSAR model.

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Computes multi-constellation Global Positioning System (GPS) or Global Navigation Satellite System (GNSS) positions from RINEX v3 data using rinexread, gnssmeasurements, receiverposition, and gnssoptions. Filters by constellation, elevation mask, C/N0, and observation code. Reports DOP, scatter RMS, and satellite count. Use when processing GNSS data, computing positions from RINEX files, analyzing accuracy, comparing constellations, or evaluating satellite geometry. Do NOT use for carrier-phase RTK/PPP, IMU fusion, orbit propagation, NMEA streaming, or RINEX v4.

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Load this first for any task involving images, pictures, photos, scans, frames, volumes, or visual data — including reading, writing, filtering, enhancing, denoising, sharpening, deblurring, thresholding, segmenting, masking, detecting, finding or counting objects, removing backgrounds, measuring, comparing, registering, stitching, aligning, cropping, resizing, transforming, or analyzing. Use for image I/O (TIFF, PNG, JPEG, RAW, HDR), histograms, edge detection, color processing, morphology, geometric transforms, deep learning for images, quality assessment, and 3-D volume processing. Also triggers when users describe image problems (dark, noisy, blurry, low contrast, uneven lighting, hazy, color cast) or data exploration tasks (folder of images, characterize data, understand format). Handles microscopy (cells, particles) and general scientific imaging. Routes to sibling skills for medical imaging (DICOM, NIfTI), hyperspectral data, and visual inspection.

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Scan systems and dependencies for CVEs and security vulnerabilities. Use tools like Nessus, OpenVAS, and Qualys to identify and prioritize vulnerabilities. Use when performing security assessments, compliance scanning, or vulnerability management.

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Perform basic penetration testing and security assessments. Use reconnaissance, vulnerability discovery, and exploitation techniques. Use when validating security controls or assessing system security.

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E-commerce growth strategy advisor. Diagnoses current business health using unit economics (CAC, LTV, AOV, contribution margin), identifies the highest-impact growth opportunities across 5 levers (traffic, conversion, AOV, retention, expansion), and builds a prioritized 90-day growth roadmap. Uses the Ansoff Matrix adapted for e-commerce to evaluate market penetration, channel expansion, product expansion, and new market entry. Includes multichannel readiness assessment (Amazon, Walmart, TikTok Shop, Etsy, DTC/Shopify/Shopify) and product line expansion analysis. No API key required. Use when: (1) planning next phase of e-commerce growth, (2) deciding whether to expand to new channels or products, (3) diagnosing why growth has stalled, (4) prioritizing what to fix or build next.

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Cross-platform ecommerce competitor analysis and strategic intelligence. Multi-channel presence evaluation, strategy assessment, positioning analysis, and competitive benchmarking. Use when the user asks about competitor analysis, competitive research, market analysis, or competitive intelligence across platforms.

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Code and product quality gates for shipping with confidence. Runs code review, QA testing, performance checks, and security audits. Use when the user says 'review my code', 'is this ready to ship', 'check quality', 'run QA', 'test this', 'security check', 'pre-launch review', or wants a quality assessment before deploying.

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Modern web design trends, principles, and implementation patterns for 2024-2025. Use this skill when designing websites, creating interactive experiences, implementing design systems, ensuring accessibility, or building performance-first interfaces. Triggers on tasks involving modern design trends, micro-interactions, scrollytelling, bold minimalism, cursor UX, glassmorphism, accessibility compliance, performance optimization, or design system architecture. References animation skills (GSAP, Framer Motion, React Spring), 3D skills (Three.js, R3F, Babylon.js), and component libraries for implementation guidance.

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This skill should be used when the user asks to "dev-webtest-plan", "Webテスト計画を生成", "テスト計画を作成", "webtest plan", "E2Eテスト計画", "画面テスト計画", "generate webtest plan", "create test plan from requirements", "webtest計画を更新", "テスト計画の差分更新", "update webtest plan", "画面仕様からテスト更新". dev-planの出力からPlaywright用のWebテスト計画ファイルを自動生成する。画面仕様の変更差分からテスト計画を更新する差分更新モードも対応。

This skill should be used when the user asks to "dev-init", "技術スタックを選定", "新規プロジェクト初期化", "initialize tech stack", "プロジェクトをセットアップ", "setup project", "scaffold project", "プロジェクト作成", "tech stackを決める". インタラクティブなヒアリングでプロジェクトの技術スタックを決定し、dev-context互換のコンテキストファイルを生成する。承認制でプロジェクトスキャフォールディングも実行可能。

This skill should be used when the user asks to "dev-run", "自動実装", "タスクを一括実装", "auto implement", "run all tasks", "タスクを自動実行", "バッチ実装", "dev-run auth 001 005". Plan内の指定範囲のタスクをdev-impl/dev-verify/dev-debugのワークフローで自動実行するオーケストレーションスキル。

This skill should be used when the user asks to "dev-debug", "テストが失敗する", "ビルドエラーを直して", "デバッグ", "debug failing tests", "fix build error", "エラーを修正", "コンパイルエラー", "環境の問題を解決". テスト失敗、ビルドエラー、環境問題など様々なエラーパターンをカテゴリ別に診断し、最小コンテキストで修正する。

This skill should be used when the user asks to "dev-plan", "実装計画を作成", "要件からタスク分解", "create implementation plan", "plan tasks", "タスクを分割", "設計してタスクにする", "詳細要件定義", "full-spec plan", "EARS要件". ユーザーの要件をインターフェースファースト設計とテスト可能なタスクに分解し、Plan単位でdocs/dev/plans/に保存する。Lightweight（素早い計画）とFull-spec（EARS要件定義付き）の2モードに対応。

This skill should be used when the user asks to "task-breakdown", "タスク分割", "タスク分解", "タスクを分割", "タスクを分解", "WBSを作成", "作業分解", "break down task", "decompose task", "create WBS". 依頼をゴール/制約/前提に正規化し、トップダウンで構造分解（1階層1軸）、粒度の停止条件を適用し、MECE・依存関係・DoD を検証して、ツリー＋表のタスク分割結果を生成する。分野を問わない汎用スキルで、単独利用と他スキル/コマンドからの呼び出しの両方に対応。

ipa-security-check をはじめとするセキュリティ診断ツールが出力したレポートを読み込み、各検出項目を優先順位付きの dev-debug 依頼リストに変換する。対象プロジェクトの言語・FWを問わず汎用的に使える。コードベースを直接読んでアーキテクチャ判断を行う。

This skill should be used when the user asks to "dev-context", "プロジェクトコンテキストを生成", "プロジェクトを分析", "generate project context", "analyze project", "コンテキストを更新". プロジェクトの技術スタック・テストフレームワーク・コーディング規約・アーキテクチャを自動分析し、コンパクトなコンテキストファイルを生成する。

IPA「安全なウェブサイトの作り方 改訂第7版」「安全なSQLの呼び出し方」「ウェブ健康診断仕様」「セキュリティ実装チェックリスト」「安全なウェブサイトの運用管理に向けての20ヶ条」に基づき、ソースコードを静的に検査して脆弱性候補を検出する。発見した問題には IPA 原典の出典 (文書名・章・ページ・URL) を必ず付与する。

This skill should be used when the user asks to "dev-verify", "実装の検証", "完了チェック", "verify implementation", "全テスト実行", "run all tests", "dev-verify auth". Plan単位で全タスクの完了状態とテスト・ビルド・Lintの整合性を検証し、レポートを出力する。

This skill should be used when the user asks to "dev-webtest", "Webテスト", "画面の動作確認", "E2Eテスト", "web test", "visual check", "モンキーテスト", "アクセシビリティチェック", "レスポンシブテスト", "フォームテスト". Playwright CLIを使ってWebアプリの動作確認・視覚テスト・アクセシビリティ・レスポンシブ・フォームバリデーションを実行し、問題を検出・記録する。

This skill should be used when the user asks to "dev-screen-spec", "画面仕様を生成", "画面仕様を更新", "screen spec", "generate screen spec", "update screen spec", "画面仕様ドキュメント". ソースコードから画面仕様ドキュメントを自動生成・差分更新する。受け入れ条件から画面仕様を事前生成する from-plan モードも対応。