Detects allele-specific transcription factor or histone modification binding from heterozygous-variant ChIP-seq using WASP (reference-bias filter; mandatory upstream), RASQUAL (joint QTL + bias-corrected testing), BaalChIP (Bayesian beta-binomial with copy-number-aware overdispersion), and AlleleSeq (personalized diploid genome). Handles imprinted-locus awareness, X-inactivation artifacts, cancer copy-number imbalance, and integration with downstream caQTL / bQTL mapping. Use when identifying variants with allelic effects on TF binding, fine-mapping causal regulatory variants, validating deep-learning variant predictions, or characterizing cis-acting regulatory effects.
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lilinji/GeneTind-Life-Skills☆ 142026年8月21日 更新
Autonomously improve a real artifact (code, training recipe, agent harness, data pipeline, prompt) against an objective and an evaluator, using Hypothesis Tree Refinement (HTR) from the Arbor paper. Use this whenever someone wants to iteratively optimize something over many experiments without overfitting — e.g. "get my model's eval score up", "improve this agent/harness", "tune this pipeline", "beat the baseline on this benchmark", "run a search over approaches and keep the best", "do an MLE-bench / Kaggle-style optimization", or any long-horizon "make this artifact better and don't just memorize the dev set" task. Trigger it even when the user doesn't say "Arbor" or "hypothesis tree" but describes repeated experiment-and-evaluate loops, branching exploration of competing ideas, or worries about a dev/test gap. Runs Claude itself as the coordinator with subagent executors in isolated git worktrees; for the standalone `arbor` CLI tool see references/arbor-upstream.md.
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lilinji/GeneTind-Life-Skills☆ 142026年8月21日 更新
Search an index of public repositories, GitHub issues, merged pull requests, repository READMEs, and curated documentation sites. Use when a programming question needs external documentation or upstream evidence.
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firecrawl/firecrawl-cursor-plugin☆ 142026年10月13日 更新
CacheForge operations — check balance, top up, manage upstream, API keys.
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luokai0/ai-agent-skills-by-luo-kai☆ 122026年5月6日 更新
Set up CacheForge — register, configure upstream, get your API key in 30 seconds.
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luokai0/ai-agent-skills-by-luo-kai☆ 122026年5月6日 更新
Stages and commits the current changes onto a safe working branch, enforcing branch discipline and optionally pushing upstream. TRIGGER when: the user wants to commit, save, or check in the current changes. DO NOT TRIGGER when: opening a pull request → pr.
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opsmill/nornir-infrahub☆ 122026年10月14日 更新
Rebases a feature branch onto its latest base, resolving conflicts while preserving the intent of local changes, optionally force-pushing and watching CI afterward. TRIGGER when: the user wants to rebase a feature branch, update a branch against its base, or replay local work on top of the latest upstream. DO NOT TRIGGER when: merging a release branch into dev → merging-branches; only watching CI on an already-open PR → monitoring-pull-requests.
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opsmill/nornir-infrahub☆ 122026年10月14日 更新
Verify that the current Git branch, upstream state, and dirty working tree match the user's intended task before staging, committing, pushing, or continuing work from another session. Use this to detect stale branch reuse, leftover dirty files from previous sessions, unrelated commits on the current branch, cases where work should be split into a new branch or worktree, and post-publish cleanup decisions after push, PR creation, or PR merge.
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comsky/remy-skill-recipes☆ 122026年7月15日 更新
Use when a learning, new skill, rule improvement, or bug fix from a consumer project should be contributed back to the shared agent-config package.
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event4u-app/agent-config☆ 112026年10月14日 更新
Use when running verbose CLI commands — wraps them with rtk (Rust Token Killer, third-party Apache-2.0; upstream reports 60-90% token savings). Covers installation, configuration, and usage patterns.
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event4u-app/agent-config☆ 112026年10月14日 更新
Install, discover, and wire registry blocks and components into HyperFrames compositions. Use when running hyperframes add or hyperframes catalog, installing one item or every block matching a tag, wiring an installed item into index.html, or working with hyperframes.json. Covers discovery, install locations, block sub-composition wiring, component snippet merging, and authoring a new block or component to contribute upstream (idea → scaffold → validate → PR).
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EthanYoQ/Skill-hub☆ 112026年10月5日 更新
Pull the latest GEO-SEO skill updates from the upstream repository. Compares installed files against the latest release, shows what changed, and updates all skills, agents, scripts, and schema templates in place.
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bytefer/geo-seo-codex☆ 112026年7月1日 更新
Use for DESIGN.md visual identity contracts; author, scaffold, lint, diff, and export design contracts with the upstream spec and CLI.
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Bang-isme/CodexAI---Skills☆ 102026年10月5日 更新
Check for and apply updates to installed skill branches from upstream.
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nanocoai/nanoclaw-whatsapp☆ 102026年4月15日 更新
Efficiently bring upstream NanoClaw updates into a customized install, with preview, selective cherry-pick, and low token usage.
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nanocoai/nanoclaw-whatsapp☆ 102026年4月15日 更新
Efficiently bring upstream NanoClaw updates into a customized install, with preview, selective cherry-pick, and low token usage.
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nanocoai/nanoclaw-telegram☆ 102026年4月3日 更新
Check for and apply updates to installed skill branches from upstream.
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nanocoai/nanoclaw-telegram☆ 102026年4月3日 更新
Integrate Convex static self hosting into existing apps using the latest upstream instructions from get-convex/self-hosting every time. Use when setting up upload APIs, HTTP routes, deployment scripts, migration from external hosting, or troubleshooting static deploy issues across React, Vite, Next.js, and other frontends.
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waynesutton/agent-ready-component☆ 92026年8月28日 更新
Integrate Convex static self hosting into existing apps using the latest upstream instructions from get-convex/self-hosting every time. Use when setting up upload APIs, HTTP routes, deployment scripts, migration from external hosting, or troubleshooting static deploy issues across React, Vite, Next.js, and other frontends.
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get-convex/components-submissions-directory☆ 92026年10月13日 更新
Rebase onto latest upstream, checking for soft conflicts
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beyondessential/tamanu☆ 92026年10月14日 更新
Create a language-agnostic ghost package (spec + portable tests) from an existing repo by extracting SPEC.md, exhaustive tests.yaml (operations and/or scenarios), INSTALL.md, README.md, VERIFY.md, and upstream LICENSE files with provenance and regeneration instructions. Use when prompts say "/tw-ghost", "ghostify this repo", "spec-ify/spec-package this library", "ghost library", or ask to extract portable spec/tests for libraries or tool-using agent loops (scenario testing); do not use for implementation work or editing skills.
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SDiamante13/dotfiles☆ 82026年10月2日 更新
Knowledge base from the DoD Test & Evaluation Enterprise Guidebook (OUSD R&E, August 2022). Use for DoD test and evaluation (T&E) across the Adaptive Acquisition Framework — the four test communities (contractor testing, developmental DT&E, operational OT&E, live-fire LFT&E); the five operational events (Operational Demonstration, EOA, OA, IOT&E, FOT&E) and the OTRR gate; the T&E Strategy / TEMP and its IDSK, with the upstream documents that feed it and the test plans that decompose it; the T&E organizations and oversight roles (USD(R&E), DOT&E, TRMC, the Service Executives and OTAs, the T&E WIPT, CDT); and pathway-specific T&E for all six acquisition pathways (Urgent Capability, Middle Tier, Major Capability, Software, Defense Business Systems). Statutory anchors include 10 U.S.C. §4171 (IOT&E) and §4172 (LFT&E/FUSL). This is guidance, not policy: it points outward to DoDI 5000.89 and the DoDI 5000-series for binding detail, and is thin on detailed test statistics/design-of-experiments methodology, cost estimating, the Acquisition of Services pathway, and any CUI/CAC-gated companion guides.
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jgsystemsconsulting/jgs-se-knowledge-packs☆ 82026年10月9日 更新
Curated upstream guidance for Apify Integration Development; use when the workflow matches the user goal.
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ranbot-ai/awesome-skills☆ 72026年10月13日 更新
Compatibility skill for signup flow cro. Use when a user or upstream workflow invokes this name; route the task to `signup` while preserving the requested scope and source-specific intent.
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unempyd/revenueos☆ 72026年9月14日 更新