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大きな科学データの多次元配列を分割して保存し、必要な範囲だけ読み書きする処理を支援します。圧縮やクラウド保存、形式移行、付随情報の保持も扱います。

• 大きな科学配列の一部を読みたいとき
• 分割単位と圧縮設定を選びたいとき
• S3やGCS上の科学配列を扱いたいとき

単一細胞RNAの成熟前後のカウントから遺伝子発現の変化方向を推定します。モデルの適合確認、変化の流れの可視化、細胞の相対的な順序や関連遺伝子の探索を支援します。

• 細胞状態の変化方向の仮説を探りたいとき
• 遺伝子ごとのモデル適合の確認
• 動的モデルで細胞の相対順序を推定したいとき

数式を小数の近似値にせず、記号のまま整理・計算します。方程式、微積分、行列を扱い、変数の条件や解を確かめながら、計算用コードやLaTeXへの変換も支援。

• 方程式を解いて検算したいとき
• 微分・積分・極限を記号で求めたいとき
• 行列の固有値を厳密に求めたいとき

売上などの時系列CSVを整え、GoogleのTimesFMで個別の追加学習なしに将来値と予測区間を算出し、未使用データで精度を評価するスキル。

• CSVから月次売上や収益を予測したいとき
• 予測値と予測区間を書き出したいとき
• 補助変数を加えて予測したいとき

単一細胞の遺伝子発現などの測定データに確率モデルを当てはめ、実験間の差を調整した統合、細胞種の推定、複数種類のデータ解析を進めるスキルです。

• 単一細胞RNAのバッチ間統合
• 部分ラベルや参照による細胞種推定
• RNAとタンパク質・ATACの解析

分子の性質予測や分子生成、タンパク質の学習などをTorchDrug 0.2.1で実装し、学習・評価の構築から互換性やコードの不具合確認まで支援するスキル。

• 分子の性質予測モデルの学習と評価
• 分子生成の処理を組みたいとき
• タンパク質の配列や構造の特徴学習

機械学習モデルの予測に各入力項目がどう寄与したかを計算・可視化します。SHAPの手法や基準データを選び、個別の予測とモデル全体の傾向を検証しながら説明します。

• 一件の予測に寄与した項目の説明
• 評価データ全体の寄与傾向を可視化
• 多クラスモデルの説明対象を選びたいとき

実験動物の体重・体温・臨床スコアなどを基準集団に対する負担スコアへまとめ、個体ごとの推移、指定時点の探索的な予測、注意域の候補を分析するスキル。

• 動物の観測指標を日別スコアにまとめたいとき
• 共通の基準で群間の負担を比較したいとき
• 指定観測時点の負担を探索的に予測したいとき

科学論文や研究上の主張を読み解き、実験設計、統計、偏り、交絡要因を点検して、証拠が支える結論と不確かさを根拠付きで整理するスキル。

• 論文の結論と証拠を照合したいとき
• データ収集前の研究設計の点検
• 統計上の問題や偏りの確認

病理スライド画像をPathMLで読み込み、小領域への分割・前処理・品質確認から、多重染色の定量や細胞の位置関係の解析、ローカル推論まで支援するスキル。

• スライド画像の分割を計画したいとき
• 前処理と画像品質を確認したいとき
• 多重染色の定量や空間グラフの検証

ゲノム上の領域の重なり・近傍・被覆をPolarsで解析し、配列や変異、アラインメントのファイル入出力から座標をそろえたデータ結合まで支援するスキル。

• 変異とゲノム領域の重なりを調べたいとき
• 領域を統合し被覆塩基数を求めたいとき
• シーケンスのリード深度の集計

科学的な模式図やフローチャートの下書きを文章からPNGで生成し、AIの品質レビューで改善が求められた場合は再生成して、画像と評価ログを保存するスキル。

• ニューラルネットワーク構造図の下書き
• 生物学的経路を図解したいとき
• 研究手順のフローチャート作成

保存済みのPrimeKGデータから、遺伝子・薬剤・疾患・症状の関係を調べます。直接の関連や中間要素を一つ挟む経路を、関係の種類とデータの出所を保って取得します。

• 遺伝子・薬剤・疾患の関連を調べたいとき
• 疾患に関連する遺伝子・薬剤・症状の整理
• 二つの要素を結ぶ短い経路の探索

量子回路を作成し、パラメータの調整と検証を進めます。量子機械学習、分子エネルギー推定、組合せ最適化を扱い、シミュレーターでの確認から実機への移行を支援します。

• 量子回路の出力と勾配の検証
• 量子回路とPyTorch・JAXの混合モデル学習
• VQEによる分子エネルギー推定

結晶や分子の構造データを検証し、形式変換や対称性の比較、相図の作成を進めます。計算条件や出典を残しながら、材料の構造と計算結果を分析するスキルです。

• CIFの結晶構造を検証したいとき
• 許容誤差による対称性の変化を比較
• 構造ファイルの変換と情報欠落の確認

研究初期のアイデアを出し、前提や根拠、不確実性を分けて整理します。反対意見や評価理由も残しながら、次に検討する研究方向の優先順位づけを支援します。

• 新しい研究テーマの方向性を探る
• 研究会議の前に候補案を整理する
• 明示した評価基準で研究案を比較する

protocols.ioの実験手順を版や出典情報を保って取得・検証し、PDFで保存する作業や、更新・公開の実行前計画を作る作業を支援します。

• 実験手順の特定版を取得したいとき
• 保存済みJSONのオフライン検証
• 実験手順のPDF保存

タンパク質に糖鎖が付く候補位置を配列から調べ、変異案や予測・構造解析の準備を支援します。抗体の糖鎖比較や、実験で得た部位情報の解釈にも使えます。

• 配列から糖鎖修飾候補を探したいとき
• 変異案を作り配列を再確認したいとき
• 抗体Fcの糖鎖を比較したいとき

LabArchivesの電子実験ノートと研究室の在庫管理をAPIで連携するために、接続先の選択、認証用の署名作成、送信前の計画やローカルファイル検査を支援します。

• 電子実験ノートのAPI連携を設計したいとき
• 研究室の在庫管理APIの認証確認
• LA containerのローカル検査

医療機器や試験・医療検査室のISO関連資料を整理し、証拠記録の構造を確認します。文書・リスク管理・是正処置の不足を、人によるレビュー用にまとめます。

• 管理文書と実施記録を整理したいとき
• 医療機器のリスク・設計記録の照合
• 是正処置と供給者管理の証拠確認

20以上の生命科学データベースを横断し、遺伝子情報や配列、タンパク質構造、発現・疾患との関連をCLIやPythonから手早く調べるスキル。

• 遺伝子の詳細と配列を調べたいとき
• タンパク質の構造や残基注釈の確認
• 組織での発現や疾患との関連の比較

一次元NMRの生信号をスペクトルに変換し、位相・ベースライン補正からピーク候補の抽出、符号付き積分までを、処理条件の記録とともに進めるスキル。

• 一次元NMRの生信号を処理したいとき
• 基準信号とピーク位置を照合したいとき
• 位相とベースライン補正の点検

実験器具に合わせたホルダーや治具、流路チップなどを寸法変更できるCADモデルで設計します。規格寸法と形状を確認し、製作用のSTEP・STL・DXFを出力します。

• プレート・キュベット・チューブの保持具設計
• 光学定盤用のマウントやアダプター製作
• 流路チップや型のモデリング

Opentrons Flex・OT-2の分注手順をPythonで作成・見直し、旧版からの移行やシミュレーションを支援します。器具配置や液量、チップ交換も扱います。

• 分注・段階希釈の手順を作成
• 器具配置・液量・チップ交換を点検
• 古いプロトコルを更新したいとき