Analyzes alternative splicing from PacBio Iso-Seq (HiFi, Kinnex/MAS-Iso-seq) and Oxford Nanopore (direct cDNA, direct RNA, R10.4.1+) long-read RNA-seq with full-isoform resolution. Tools include FLAIR (correct/collapse/quantify/diffSplice for PacBio + ONT), IsoQuant (de-novo or annotation-guided isoform discovery 2024 SOTA), Bambu (annotation-aware Bayesian discovery + quantification with Novel Discovery Rate), SQANTI3/SQANTI-LR (isoform classification: FSM/ISM/NIC/NNC + artifact flags), rMATS-long (event calling on long-read isoforms), and minimap2 (-ax splice:hq for HiFi; -ax splice -k14 for ONT cDNA; add -uf only for direct RNA or stranded cDNA preps). Solves microexon detection, recursive splicing, complex multi-exon isoforms, and DTU without transcript-quantification uncertainty. Use when short-read AS limitations (anchor length, complex isoforms, microexons, recursive splicing, transcript ambiguity) demand full-isoform resolution.
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peacezha/TRACE☆ 32026年10月13日 更新
Build a differential-ready consensus peakset from per-replicate ATAC-seq peaks using iterative overlap removal, fixed-width re-centering, and majority-rule overlap. Use when generating a stable peak coordinate system for downstream differential accessibility, ML feature engineering, cross-sample comparison, or fixed-width peak counts; covers Corces 2018 iterative overlap (501 bp), DiffBind summit re-centering, and ENCODE consistency rules.
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peacezha/TRACE☆ 32026年10月13日 更新
Provides REST API design standards and best practices for Spring Boot projects. Use when creating or reviewing REST endpoints, DTOs, error handling, pagination, security headers, HATEOAS and architecture patterns.
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lgzarturo/springboot-course☆ 32026年10月15日 更新
Classify a request into type, risk, and the destination CodeConductor command.
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lgzarturo/springboot-course☆ 32026年10月15日 更新
Design, implement, and review web interface layout, component states, feedback, and motion within the current CodeConductor workflow. Use for concrete web UI work or requested UI audits, not backend-only tasks or native mobile apps.
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lgzarturo/springboot-course☆ 32026年10月15日 更新
FastAPI conventions for REST APIs: routers, Pydantic v2 schemas, dependency injection, error handling, pagination, and project structure. Trigger: When writing any router, endpoint, schema, or dependency in a FastAPI project.
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lgzarturo/springboot-course☆ 32026年10月15日 更新
Audits Hibernate database interactions to prevent N+1 query problems in JVM apps.
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lgzarturo/springboot-course☆ 32026年10月15日 更新
Coordinate containment, eradication, and recovery for an authorized incident. Preserve evidence, communicate facts, and avoid destructive actions without approval.
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lgzarturo/springboot-course☆ 32026年10月15日 更新
Use when generating REST controllers, response wrappers, DTOs, error handlers, or any HTTP-facing code. Defines response envelope, HTTP status mapping, pagination, and versioning.
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lgzarturo/springboot-course☆ 32026年10月15日 更新
Debug Spring Boot issues systematically. Use when encountering bean errors like NoSuchBeanDefinitionException, circular dependency issues, application startup failures, JPA/Hibernate problems including LazyInitializationException and N+1 queries, security misconfigurations causing 403 Forbidden errors, property binding failures, CSRF token issues, or any Spring Boot application requiring diagnosis with Actuator endpoints and JVM debugging.
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lgzarturo/springboot-course☆ 32026年10月15日 更新
Provides expert knowledge for building modern native Android apps using Kotlin, Jetpack Compose, Material Design 3, MVI architecture, Hilt dependency injection, and Media3/ExoPlayer.
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lgzarturo/springboot-course☆ 32026年10月15日 更新
Iteratively detects and auto-fixes technical debt in a codebase using three quality criteria from debt-analysis references: conditional branch simplification, encapsulation, and separation of concerns. Applies fixes directly to code, runs existing tests to verify no regressions, re-analyzes, and loops until all high-severity issues are resolved or max iterations (5) reached. Use this skill when you want to automatically improve code quality with real code changes, reduce technical debt systematically, or clean up code to meet quality standards. Trigger on phrases like "fix technical debt", "clean up code quality", "refactor and fix issues", "improve code quality automatically", "apply debt fixes", "fix code problems", "eliminate debt".
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ac2393921/long-running-harness☆ 32026年5月13日 更新
SNS・UGC・日常スナップ風の自然な実写画像を生成する。参照人物の再現や、現在の場面を保った顔・体型補正にも使う。
ryryo/dot-claude-dev☆ 32026年10月15日 更新
Orchestrate end-to-end backend feature development from requirements to deployment. Use when coordinating multi-phase feature delivery across teams and services.
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phoroth/AGENTIC☆ 32026年8月8日 更新
X-ray any AI model's behavioral patterns — refusal boundaries, hallucination tendencies, reasoning style, formatting defaults. No API key needed.
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phoroth/AGENTIC☆ 32026年8月8日 更新
Azure AI Text Analytics SDK for sentiment analysis, entity recognition, key phrases, language detection, PII, and healthcare NLP. Use for natural language processing on text.
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phoroth/AGENTIC☆ 32026年8月8日 更新
Optimize end-to-end application performance with profiling, observability, and backend/frontend tuning. Use when coordinating performance optimization across the stack.
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phoroth/AGENTIC☆ 32026年8月8日 更新
A meta-skill that understands task requirements, dynamically selects appropriate skills, tracks successful skill combinations using agent-memory-mcp, and prevents skill overuse for simple tasks.
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phoroth/AGENTIC☆ 32026年8月8日 更新
Build natural-language crypto/DeFi agents and EVM MCP plugins (Claude Code, Cursor, Codex, Gemini). Aomi turns prompts into wallet-signed txs on Ethereum, Base, Arbitrum, Optimism, Polygon, Linea — non-custodial, fork-simulated. 40+ apps: Uniswap, Aave, Lido, Morpho, GMX, Hyperliquid, Polymarket.
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phoroth/AGENTIC☆ 32026年8月8日 更新
Geracao de imagens humanizadas via Google AI Studio (Gemini). Fotos realistas estilo influencer ou educacional com iluminacao natural e imperfeicoes sutis.
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phoroth/AGENTIC☆ 32026年8月8日 更新
API design principles and decision-making. REST vs GraphQL vs tRPC selection, response formats, versioning, pagination.
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phoroth/AGENTIC☆ 32026年8月8日 更新
Production-grade Android app development guide covering native (Kotlin/Java), cross-platform (Flutter, RN, KMM), and hybrid architectures.
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phoroth/AGENTIC☆ 32026年8月8日 更新
Eliminate sycophantic agreement patterns in AI responses. Load via /skill anti-sycophancy.
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phoroth/AGENTIC☆ 32026年8月8日 更新
Design spec with 98 rules for building CLI tools that AI agents can safely use. Covers structured JSON output, error handling, input contracts, safety guardrails, exit codes, and agent self-description.
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phoroth/AGENTIC☆ 32026年8月8日 更新