「psm」の検索結果

Identify underspecified areas in the current feature spec by asking up to 5 highly targeted clarification questions and encoding answers back into the spec.

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Comprehensive guide for writing modern Neo4j Cypher queries. Essential for text2cypher MCP tools and LLMs generating Cypher queries. Covers removed/deprecated syntax, modern replacements, CALL subqueries for reads, COLLECT patterns, sorting best practices, set-based writes, and Quantified Path Patterns (QPP) for efficient graph traversal.

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Watches an open pull request's CI until green and fixes failing checks. TRIGGER when: the user wants to watch a pull request's CI, babysit a PR until it goes green, or fix failing CI checks on an open PR. DO NOT TRIGGER when: opening the PR in the first place → pr; rebasing the branch onto its base → rebase.

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Type design analysis — encapsulation, invariant expression, usefulness, and enforcement.

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Convert existing tasks into actionable, dependency-ordered GitHub issues for the feature based on available design artifacts.

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Execute the implementation plan by processing and executing all tasks defined in tasks.md

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Validate Jira/JPD ticket reference and create a feature branch

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Detect Git remote URL for GitHub integration

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Initialize a Git repository with an initial commit

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Auto-commit changes after a Spec Kit command completes

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Perform a dual-lens critical review of the specification and plan from both product strategy and engineering risk perspectives before implementation.

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Create or update the project constitution from interactive or provided principle inputs, ensuring all dependent templates stay in sync.

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Comprehensive code review using specialized agents — orchestrates code, comments, tests, errors, types, and simplify agents sequentially.

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General code quality review — project guideline compliance, bug detection, code quality analysis.

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Assess the current codebase against the feature's spec, plan, and tasks, then append any remaining unbuilt work as new tasks to tasks.md so implement can complete it.

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Use when you've fixed a bug, added a feature, or made any user-facing change in a project that uses Towncrier and need to record it for the changelog — before committing or opening a PR, or whenever asked to add a changelog entry, towncrier fragment, or news fragment.

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Generate a custom checklist for the current feature based on user requirements.

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Perform a non-destructive cross-artifact consistency and quality analysis across spec.md, plan.md, and tasks.md after task generation.

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Analyzes recent CI failures on pull requests to identify flaky tests, using retry outcomes (failed attempt → green re-run) and cross-PR recurrence as evidence, and maintains a local longitudinal ledger so flakiness can be tracked over time. TRIGGER when: the user wants to find flaky tests, correlate recent CI failures, check which tests fail across PRs or recover on retry, or refresh the flakiness trend report. DO NOT TRIGGER when: babysitting a single PR's CI until green → monitoring-pull-requests; diagnosing or fixing one specific failing test → the bug-analysis skills.

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Generate an actionable, dependency-ordered tasks.md for the feature based on available design artifacts.

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Create or update the feature specification from a natural language feature description.

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Rebases a feature branch onto its latest base, resolving conflicts while preserving the intent of local changes, optionally force-pushing and watching CI afterward. TRIGGER when: the user wants to rebase a feature branch, update a branch against its base, or replay local work on top of the latest upstream. DO NOT TRIGGER when: merging a release branch into dev → merging-branches; only watching CI on an already-open PR → monitoring-pull-requests.

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Search the PRIDE Archive v3 REST API for proteomics datasets: discover projects by keyword + faceted filters (organism, instrument, disease, software), fetch project metadata, list and download RAW/PEAK/RESULT/FASTA files (with FTP/Aspera URLs), look up which projects mention a UniProt accession, and find similar projects. PRIDE v3 no longer exposes peptide/PSM-level identification endpoints — for spectrum-level data download the project's RESULT files. Use uniprot-protein-database for protein sequences; interpro-database for domain architecture.

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Think and work like an expert Health Economist. Use when a task calls for Health Economist judgment. Reasons from QALY/ICER and NMB opportunity-cost framing, NICE reference case and WTP bands, cohort Markov/PSM models with PSA (CEAC/CEAF), ISPOR transferability and DCE conjoint checklists, CHEERS 2022 and trial-based RCT-CEA reporting.

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