190 件 ・ 関連度順
概要と使いどころ
Use this skill for MolMIM, NVIDIA's BioNeMo NIM microservice for small-molecule latent-space generation and optimization. Invoke for MolMIM, molecular embeddings, hidden states, latent decoding, sampling around a seed SMILES, CMA-ES guided molecule generation, QED or plogP optimization, hosted NVIDIA API calls, or local Docker deployment.
日本語の概要は準備中です。原文の説明を表示しています。
Extract per-molecule embeddings from any encoder-bearing KERMT checkpoint. Use a local checkpoint or optionally download a pinned Hugging Face model bundle using HF_TOKEN if configured. Run containerized embedding extraction and write model bundles, per-readout .npy embeddings, canonical SMILES, and validity arrays to user-selected host directories.
日本語の概要は準備中です。原文の説明を表示しています。
Query PubChem, search by name/CID/SMILES, retrieve properties, similarity/substructure searches, bioactivity, for cheminformatics. Use when a user asks about a specific chemical, drug, or molecule.
日本語の概要は準備中です。原文の説明を表示しています。
Reads, writes, and converts molecular file formats (SMILES, SDF, MOL2, PDB) using RDKit and Open Babel. Handles structure parsing, canonicalization, and full standardization pipeline including sanitization, normalization, and tautomer canonicalization. Use when loading chemical libraries, converting formats, or preparing molecules for analysis.
日本語の概要は準備中です。原文の説明を表示しています。
Query BindingDB for measured drug-target binding affinities (Ki, Kd, IC50, EC50). Search by target (UniProt ID), compound (SMILES/name), or pathogen. Essential for drug discovery, lead optimization, polypharmacology analysis, and structure-activity relationship (SAR) studies.
日本語の概要は準備中です。原文の説明を表示しています。
离线批量解析、标准化、去盐、提取 parent、检查异常并按原始/标准化/parent 结构分组。用于清洗 SMILES、CSV、SDF、MolBlock，检查价态/立体化学/混合物，或为描述符、相似性检索和建模准备结构数据。
日本語の概要は準備中です。原文の説明を表示しています。
保守解析化学名称、SMILES、InChI、InChIKey、PubChem CID、ChEMBL ID 或 CAS RN，保留多源证据、相关形式、歧义和冲突。用于确认化学记录是谁、对齐开放数据库，或在结构标准化前选择候选。
日本語の概要は準備中です。原文の説明を表示しています。
整理和审查结构化化学反应，保留原始记录并检查参与物、角色、产率、重复、守恒和 ORD 合同。用于清洗 reaction SMILES、ORD 或反应表格。
日本語の概要は準備中です。原文の説明を表示しています。
Query PubChem via PUG-REST API/PubChemPy (110M+ compounds). Search by name/CID/SMILES, retrieve properties, similarity/substructure searches, bioactivity, for cheminformatics.
日本語の概要は準備中です。原文の説明を表示しています。
Cheminformatics toolkit for fine-grained molecular control. SMILES/SDF parsing, descriptors (MW, LogP, TPSA), fingerprints, substructure search, 2D/3D generation, similarity, reactions. For standard workflows with simpler interface, use datamol (wrapper around RDKit). Use rdkit for advanced control, custom sanitization, specialized algorithms.
日本語の概要は準備中です。原文の説明を表示しています。
Use ONLY when the user asks to check, validate, review or audit analysis code for scientific correctness, or when you are the reviewer agent running its checks. Never run it unprompted as part of ordinary analysis work. Covers physics, earth/geo, biology, chemistry, social science and bioprocess/fermentation. Runs a deterministic domain-correctness gate that catches code which runs but is scientifically wrong (unit/dimension mismatch, Euclidean distance on lat/lon without a CRS, 0-based/1-based coordinate and strand errors, impossible SMILES valence, uncorrected multiple comparisons, averaging a categorical code, unconstrained kinetic-parameter fits, kLa computed from raw DO instead of the driving force, arithmetic mean of raw CFU counts, ANOVA/Tukey with no assumption check, a curvature DOE design fit with a first-order model, an ML model fit across process scales with no correction). Surfaces structured findings; never claims the code is correct.
日本語の概要は準備中です。原文の説明を表示しています。
Reads, writes, and converts molecular file formats (SMILES, InChI, SDF V2000/V3000, MOL2, PDB, and BinaryCIF) using RDKit and Open Babel with rigorous handling of aromaticity perception, stereochemistry, implicit/explicit hydrogens, kekulization, and salt/fragment separation. Use when loading chemical libraries, debugging parse failures, or preparing molecules for downstream standardization, descriptor calculation, or docking.
日本語の概要は準備中です。原文の説明を表示しています。
分子格式转换工具。支持在 .smi、.mol、.xyz、.gjf、.sdf 等格式之间转换，并可从 SMILES 或 2D 结构生成带坐标的 3D 结构。 当用户提到分子格式转换、3D构象生成、openbabel等需求时使用此skill。
日本語の概要は準備中です。原文の説明を表示しています。
Stages and commits the current changes onto a safe working branch, enforcing branch discipline and optionally pushing upstream. TRIGGER when: the user wants to commit, save, or check in the current changes. DO NOT TRIGGER when: opening a pull request → pr.
日本語の概要は準備中です。原文の説明を表示しています。
Create or update the project constitution from interactive or provided principle inputs, ensuring all dependent templates stay in sync.
日本語の概要は準備中です。原文の説明を表示しています。
Identify underspecified areas in the current feature spec by asking up to 5 highly targeted clarification questions and encoding answers back into the spec.
日本語の概要は準備中です。原文の説明を表示しています。
Auto-commit changes after a Spec Kit command completes
日本語の概要は準備中です。原文の説明を表示しています。
Comprehensive guide for writing modern Neo4j Cypher queries. Essential for text2cypher MCP tools and LLMs generating Cypher queries. Covers removed/deprecated syntax, modern replacements, CALL subqueries for reads, COLLECT patterns, sorting best practices, set-based writes, and Quantified Path Patterns (QPP) for efficient graph traversal.
日本語の概要は準備中です。原文の説明を表示しています。
Execute the implementation plan by processing and executing all tasks defined in tasks.md
日本語の概要は準備中です。原文の説明を表示しています。
Opens a pull request, publishing the current branch as a PR. TRIGGER when: the user wants to open a pull request, publish the current branch as a PR, or take the current work through to an open PR. DO NOT TRIGGER when: only committing changes → commit; babysitting CI after the PR is already open → monitoring-pull-requests.
日本語の概要は準備中です。原文の説明を表示しています。
Rebases a feature branch onto its latest base, resolving conflicts while preserving the intent of local changes, optionally force-pushing and watching CI afterward. TRIGGER when: the user wants to rebase a feature branch, update a branch against its base, or replay local work on top of the latest upstream. DO NOT TRIGGER when: merging a release branch into dev → merging-branches; only watching CI on an already-open PR → monitoring-pull-requests.
日本語の概要は準備中です。原文の説明を表示しています。
Validate Jira/JPD ticket reference and create a feature branch
日本語の概要は準備中です。原文の説明を表示しています。
Detect Git remote URL for GitHub integration
日本語の概要は準備中です。原文の説明を表示しています。
Perform a dual-lens critical review of the specification and plan from both product strategy and engineering risk perspectives before implementation.
日本語の概要は準備中です。原文の説明を表示しています。