「task」の検索結果

Triage a single GitHub PR by PR number. Check out the PR's branch, detect conflicts with the target branch via `gh pr status` (and label the PR with `cc-resolve-conflict` if any are found), collect unresolved review comments and CI status and judge only whether each item must be fixed, then take action (add cc-fix-onetime label if fixes are needed; if release-ready, add cc-release-ready label for an Epic PR marked `cc-epic-issue` instead of merging, otherwise merge the PR).

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与えられた企画・機能アイデアに対して不明点をユーザーへ質問し、合意した内容を PRD（プロダクト要求仕様）として確定させ、GitHub Issue として作成するスキル。「PRDを作って」「要求仕様をまとめて」「この企画をPRD化して」といったリクエストで使用する。作成した PRD Issue は `/breakdown-issues <番号>` へ渡してタスク分解できる。

GitHub PRの未解決Review threadsを一括Resolveします。

Write the merged Pencil design reference back into a UI implementation Issue's description. Takes the Issue number as argument, resolves the merged design PR on the `cc-ui-design-<Issue number>` branch, collects the `.pen` and snapshot paths it added, and appends (or replaces) the `## UIデザイン` section at the end of the Issue body using a lost-update-safe edit.

Create or update the Pencil (`.pen`) design for a UI implementation Issue before any code is written, then open a design-only PR. Takes the Issue number as argument, delegates `.pen` edits to the pencil-design-updater agent, pushes `.pen` and snapshot PNGs on the fixed `cc-ui-design-<Issue number>` branch, and opens a PR referencing the Issue with `Refs #<N>` (never a closing keyword).

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Sentry の Issue 一覧 URL（例 `https://<org>.sentry.io/issues/?project=<id>&environment=<env>`）を受け取り、未解決（unresolved）の Issue を列挙して1件ずつサブエージェントで並列調査する。コード上で既に解消済みと確認できたものは Sentry 側を resolved にし、未解消のものは `create-issue` スキルで GitHub Issue を作成する。「Sentryのissueをトリアージして」「Sentryの未解決エラーをチケット化して」といった依頼で使用する。

直近N日（デフォルト1日）にマージされた `cc-ui-design` ラベル付きPR（UIデザインPR）から確定したビジュアルアイデンティティ（カラー・タイポグラフィ・スペーシング・コンポーネント）をリポジトリルートの `DESIGN.md`（google-labs-code/design.md フォーマット）へ集約・更新し、`design.md` CLI の lint を通してから commit-push + create-pr でPRを作成する（`cc-triage-scope` ラベル + 自分自身をAssignee）。`DESIGN.md` は pencil-design-updater がデザイン時の前提として読み込む。

Create an aggregated Epic PR from a `cc-epic-<Issue number>` branch to the default branch. Takes the Epic Issue number as argument, assumes sub-PRs have already been merged into the epic branch, and automatically generates the PR title and description from the commit log against the base branch (including sub-PR / sub-Issue references). The PR is posted via `gh pr create` with no label and `Closes #<Epic Issue>`.

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GitHub Issueの確認事項（最後のコメント・descriptionの両方）を、コードベース・ドキュメント・そこから参照されている外部リンク（仕様書・ライブラリ公式ドキュメント等）まで調査し、根拠に基づいた回答をコメントに追記するスキル。調査しても事実で決まらず人間の意思決定が必要な項目は、固定セクションで明示して後続のトリアージへ引き渡す。

Update an existing GitHub Issue's description based on the issue number. Reads all issue comments and reflects any items not yet captured in the description. After refreshing the description, reviews it for remaining ambiguities or unclear requirements and posts any open questions as a follow-up 確認事項 comment.

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GitHubでPull Request（PR）を作成します。PRのdescriptionには指定されたテンプレートを使用し、必要な情報を記載します。PR作成後、PRのURLを報告します。

Routes memory and retrieval tasks between MemPalace and QMD. Use this skill whenever the user asks WHERE something is in the codebase (route to QMD), WHY something was built a certain way or what was decided (route to MemPalace), or needs BOTH code and historical context (combined). Trigger on phrases like: 'where is X', 'find X in the code', 'search the codebase for X', 'what did we decide about X', 'why does X work this way', 'show me X and why we built it', 'look up X', 'what's in the handoffs about X', 'pull the relevant files for X'. Use proactively whenever a question could benefit from codebase search OR project memory — don't wait for the user to explicitly ask for a search.

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Infer or annotate TCR antigen specificity by unsupervised clustering (TCRdist/tcrdist3, GLIPH2, clusTCR, GIANA) and database lookup (VDJdb, IEDB, McPAS-TCR), and rank candidates with supervised predictors (ERGO-II, NetTCR-2.x, pMTnet) under explicit caveats. Encodes the central truth that general TCR-epitope prediction for UNSEEN epitopes essentially does not work (collapses to near-random; IMMREP22, Grazioli 2022) because labeled data is dominated by a few immunodominant epitopes and there is no true negative set — so clustering for discovery is the honest task and de-novo binding needs wet-lab validation. Use when annotating TCR specificity or grouping a repertoire. Epitope/MHC context lives in mhc-binding-prediction.

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Build local BLAST databases and run searches using NCBI BLAST+ command-line tools. Use when running >50 queries, building custom databases with -parse_seqids and -taxid, downloading prebuilt NCBI databases via update_blastdb.pl, choosing -task variants (megablast/dc-megablast/blastn/blastn-short), tuning soft/hard masking, scaling threads, or extracting hits with blastdbcmd. Encodes BLAST v5 vs v4 database format, taxonomy filtering, makeblastdb pitfalls.

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Calculates molecular fingerprints (ECFP/Morgan, FCFP, MACCS, RDKit, AtomPair, TopologicalTorsion, Avalon, MAP4, MHFP6) and physicochemical descriptors (Lipinski, QED, TPSA, Crippen LogP, 3D shape) with explicit choice tables, bit vs count semantics, and partial-charge model selection. Use when featurizing molecules for similarity, QSAR, virtual screening, or ML, or selecting the correct fingerprint for a chemotype-aware task.

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Trains and applies base-resolution deep learning models on ChIP-seq / ChIP-nexus / CUT&RUN data. Uses BPNet (Avsec 2021 Nat Genet 53:354; soft motif syntax from ChIP-nexus), chromBPNet (Pampari A et al 2025 Nat Genet; bias-factorized base-resolution profiles), EnFormer (Avsec 2021 Nat Methods 18:1196; 196 kb input, ~100 kb effective receptive field), DeepSEA (Zhou 2015; multi-task CNN), and JASPAR 2026 deep-learning collection (1259 BPNet ChIP models). Performs in silico mutagenesis for variant-effect prediction, DeepLIFT/Grad attribution, and TF-MoDISco motif discovery from attribution scores. Use when predicting variant effects on TF binding, discovering soft motif syntax / cooperativity, integrating ChIP-seq with sequence-only predictions, or applying precomputed JASPAR Deep Learning models to new variants.

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集群数据管理 Skill —— 涵盖数据使用规范、压缩优化、数据共享（ACL）、文件扫描与清理、文件完整性校验、genozip 基因组压缩等全流程。Use when the user asks about: managing data on the HPC cluster, compressing genomic files (fq/bam/vcf), sharing data between users/groups, scanning for large files or cleaning up disk space, checking file integrity (md5/gzip/bam), using genozip, checking disk quota, or any data lifecycle management task on the NCPGR HPC cluster.

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Installs 425 bioinformatics skills covering sequence analysis, RNA-seq, single-cell, variant calling, metagenomics, structural biology, and 56 more categories. Use when setting up bioinformatics capabilities or when a bioinformatics task requires specialized skills not yet installed.

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Design, implement, and review web interface layout, component states, feedback, and motion within the current CodeConductor workflow. Use for concrete web UI work or requested UI audits, not backend-only tasks or native mobile apps.

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Run OpenSpec backlog delivery — validate BACKLOG.md, plan TaskCards, orchestrate agents by phase, review gate, and update backlog state.

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Re-explain the last deliverable in Task Card vocabulary when it did not land.

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Design and coordinate multi-agent systems where specialized agents work together to solve complex problems. Covers agent communication, task delegation, workflow orchestration, and result aggregation. Use when building coordinated agent teams, complex workflows, or systems requiring specialized expertise across domains.

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Run the bug fix workflow — risk-based routing through task validation, implementation, testing, and optional review.

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Run the full feature workflow — task validation, technical design, implementation, testing, review, and documentation.

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