「ppo」の検索結果

組織名・細胞種・疾患名などの自由記述を標準用語のID候補に対応づけ、既存IDの名称や廃止状況を検証します。研究データの提出準備やメタデータ表の点検に使えます。

• 組織・細胞種・疾患に標準IDを付けたいとき
• メタデータ表のIDと名称を点検したいとき
• 廃止された用語と置換先を確認したいとき

統計、年表、比較、手順などを説明する図解画像を文章から生成し、用途別の品質レビューと再生成を支援します。提供データや任意の調査結果を材料にできます。

• 報告書の統計を図解したいとき
• プロジェクトの節目を年表にする
• 商品の特徴を視覚的に比較する

複数の学術データベースを使う文献検索から選別、研究結果の統合、引用確認までを支援します。検索条件や除外理由を記録し、MarkdownやPDFのレビューにまとめます。

• 論文や学位論文の先行研究の整理
• 再現できる文献検索を記録したいとき
• 文献の選別判断や除外理由の管理

二光子撮像のTIFF画像と時刻付き行動位置CSVを、神経科学の共通形式NWBへ変換し、メタデータ・時刻同期・変換前後の一致を検証するスキル。

• 二光子撮像TIFFをNWBに変換したいとき
• 撮像と行動位置をまとめたいとき
• 同期パルスで時計のずれを確認したいとき

PubMedやarXivなど18の学術APIを目的に応じて選び、論文・プレプリント・引用関係・公開全文を探して、検索条件や取得元を再確認できる形で結果をまとめます。

• 研究テーマの論文・プレプリント検索
• DOI・PMID・arXiv IDで論文を照会
• 公開されている全文やPDFを探したいとき

科学分野のデータセットやAIモデル、手法解説、デモをカタログから探し、研究目的に合う候補を比較します。ライセンスや入力形式、実際に使うための実行環境も確認します。

• タンパク質やゲノム解析モデルの探索
• 科学系機械学習のデータを選びたいとき
• ライセンスや実行環境を比較したいとき

一次元NMRの生信号をスペクトルに変換し、位相・ベースライン補正からピーク候補の抽出、符号付き積分までを、処理条件の記録とともに進めるスキル。

• 一次元NMRの生信号を処理したいとき
• 基準信号とピーク位置を照合したいとき
• 位相とベースライン補正の点検

20以上の生命科学データベースを横断し、遺伝子情報や配列、タンパク質構造、発現・疾患との関連をCLIやPythonから手早く調べるスキル。

• 遺伝子の詳細と配列を調べたいとき
• タンパク質の構造や残基注釈の確認
• 組織での発現や疾患との関連の比較

PacBio HiFiの腫瘍・正常ペアの未整列BAMから、nf-core/pacsomaticの実行ファイルを作り、ローカル起動や計算クラスタへの投入を支援するスキル。

• 腫瘍・正常ペアの試料一覧を作りたいとき
• ドライランで実行ファイルを確認したいとき
• 計算クラスタに起動ジョブを投入したいとき

衛星画像や地図データを使い、座標系と画像の位置をそろえる前処理から、植生・地形・地域別集計・道路経路の分析まで、地理空間データの研究作業を支援します。

• 座標系と画像の格子をそろえたいとき
• 衛星画像から植生指標を計算したいとき
• 標高データから傾斜と斜面方向を調べたいとき

タンパク質に糖鎖が付く候補位置を配列から調べ、変異案や予測・構造解析の準備を支援します。抗体の糖鎖比較や、実験で得た部位情報の解釈にも使えます。

• 配列から糖鎖修飾候補を探したいとき
• 変異案を作り配列を再確認したいとき
• 抗体Fcの糖鎖を比較したいとき

LabArchivesの電子実験ノートと研究室の在庫管理をAPIで連携するために、接続先の選択、認証用の署名作成、送信前の計画やローカルファイル検査を支援します。

• 電子実験ノートのAPI連携を設計したいとき
• 研究室の在庫管理APIの認証確認
• LA containerのローカル検査

公開されているがんのCT・MR・PET画像や病理画像を、条件に合わせて検索・取得します。データの絞り込み、ブラウザでの閲覧、利用条件や引用の確認も支援します。

• がん種・撮影方式・部位で画像を探したいとき
• 選んだDICOM画像の一括取得
• 放射線画像や病理画像のブラウザ閲覧

ゲノム上の領域データを検証し、重なりの件数や共通部分、被覆率を調べます。Gtarsを使う解析に向けて、座標や参照配列の整合性、実行条件も整理します。

• BED座標と参照ゲノムを検証したいとき
• ゲノム領域の重なりと集合比較
• ゲノム領域をトークン化したいとき

科学・技術分野の情報をExaで検索し、学術資料を優先した候補探しや、複数URLのページ・PDF本文の一括抽出を進めるリサーチ用スキル。

• 研究テーマの論文や一次資料探し
• 学術・研究機関サイトに絞った検索
• 複数URLの記事やPDF本文の抽出

DNAnexus上のゲノム解析を構築・実行し、運用するためのスキルです。データ転送、解析アプリの設定検証、ワークフローの取り込み、実行監視や費用管理を支援します。

• ゲノム解析データの転送と整理
• アプリ設定の検証とapplet作成
• WDL・CWL・Nextflowの取り込み

時間に沿って変化するデータをaeonで分析し、分類・回帰・クラスタリングから将来予測、異常検知、似た波形の検索まで、手法の選択と実装を支援するスキル。

• 時系列の分類や連続値の推定
• 似た時系列をまとめたいとき
• 将来の値を予測したいとき

指定した文章の論理展開や表現を12の観点から読み解き、引用付きで特徴を整理します。文章同士の比較や書き方の振り返りに使え、人物の性格診断とは区別します。

• 自分の文章の思考パターンを振り返りたいとき
• 指定した文章同士の論理展開の比較
• 前提や不確実性の示し方の確認

Pythonで量子回路を組み立て、シミュレーションやノイズの影響比較、実機向けの回路変換を進めます。Google Quantum AIなどでの実行準備も扱います。

• 量子回路の作成とシミュレーション
• ノイズの強さによる測定結果の比較
• パラメータを変えた回路実験

タンパク質の機能情報、生体内の反応経路、化合物の識別子を複数の生物学データベースから取得し、Pythonで照合・整理する作業を支援します。

• タンパク質の配列・機能情報を収集
• 遺伝子に関連する反応経路を取得
• 化合物の識別子を照合したいとき

作成済みの系統樹や階層ツリーを読み込み、枝の編集、注釈、構造の比較を行います。ETE 4を使い、大きな木の対話的な探索や論文用の図の出力にも対応します。

• 指定した種の抽出や根の変更をしたいとき
• 2つの系統樹の構造を比較したいとき
• NCBIやGTDBの分類情報を付けたいとき

がんモデルの遺伝子依存性や薬剤感受性をDepMapデータで調べ、バイオマーカー別の比較や遺伝子間の関連解析から、研究候補を絞り込むスキル。

• がんモデルの依存遺伝子を順位付けしたいとき
• バイオマーカー別に依存性を比較したいとき
• 依存性パターンが似た遺伝子の探索

2D蛍光顕微鏡画像から核を検出し、核数や核ごとの蛍光強度・面積を測定します。解析条件を保存した一括処理と、輪郭画像や測定表による品質確認を支援します。

• 顕微鏡画像を一括で核数計測したいとき
• 核ごとの蛍光強度と面積の測定
• 核の検出ミスを輪郭画像で確認したいとき

タンパク質配列をクラウド実験室へ送り、結合や熱安定性などの測定を進めます。実験条件の設計から費用見積もり、依頼、進捗確認、結果取得までを支援します。

• 候補配列の結合実験を設計したいとき
• 実験依頼前の費用見積もり
• 実験の進捗確認と結果取得