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合金の組成・圧力・温度と熱力学データベースを指定し、平衡状態で存在する相の割合や組成を計算して、物質収支と計算条件への安定性を確認するスキル。

• 合金組成から平衡相の割合を求めたいとき
• 指定温度ごとの安定相の比較
• 物質収支とサンプリング安定性の確認

Zoteroの文献をPythonから検索・登録・更新し、コレクションやタグの整理、PDF添付、引用データの書き出しなど研究資料の管理を支援するスキル。

• Zotero内の文献を検索したいとき
• 文献をコレクションやタグで整理したいとき
• 文献にPDFを添付したいとき

科学的な模式図やフローチャートの下書きを文章からPNGで生成し、AIの品質レビューで改善が求められた場合は再生成して、画像と評価ログを保存するスキル。

• ニューラルネットワーク構造図の下書き
• 生物学的経路を図解したいとき
• 研究手順のフローチャート作成

学会発表や学位審査に向け、研究内容を図と短い文章で伝えるスライドを作ります。構成・デザイン・時間配分を整え、PowerPointやBeamerでの制作と見た目の確認を支援します。

• 学会発表のスライドを準備したいとき
• 学位審査の発表資料を作りたいとき
• 論文をセミナー向けにまとめたいとき

論文や研究案の改善に向けて、根拠をたどれる定性的なレビューをまとめ、評価基準の構造や証拠との対応、評価者間の一致、不確実性を点検するスキル。

• 論文草稿への根拠付きフィードバック
• 研究案の強みと限界の検討
• 評価基準と証拠の対応確認

共通の由来を持つ塩基・タンパク質配列を整列し、系統樹の推定から枝の支持値の確認、図示まで進め、遺伝子やタンパク質群の進化的な関係を調べるスキル。

• 塩基配列から遺伝子系統樹を作りたいとき
• タンパク質群の進化的関係の比較
• 枝の支持値と解析ログの確認

バルクRNA-seqの遺伝子発現差をPythonで解析します。入力カウントや比較条件を確認し、PyDESeq2で統計検定・多重検定補正・結果の図示を進めます。

• 処置群と対照群の発現を比較したいとき
• バッチ差を考慮した発現差解析
• カウント表とサンプル情報の整合性確認

費用と性能など相反する目標を扱う最適化をPythonで進め、制約を満たす候補の探索、目標間のトレードオフの可視化、候補の比較・選択を支援します。

• 費用と性能が競合する設計案の比較
• 制約を満たす解を探索したいとき
• 最適化アルゴリズムの性能比較

単一細胞RNA-seqデータの品質管理から正規化、細胞の分類、特徴的な遺伝子の探索、図の作成までを、Scanpyの付属スクリプトで進めるスキル。

• 単一細胞データの品質確認と正規化
• UMAPやt-SNEで細胞群を可視化
• マーカー遺伝子の探索と細胞種の確認

量子回路を作成し、パラメータの調整と検証を進めます。量子機械学習、分子エネルギー推定、組合せ最適化を扱い、シミュレーターでの確認から実機への移行を支援します。

• 量子回路の出力と勾配の検証
• 量子回路とPyTorch・JAXの混合モデル学習
• VQEによる分子エネルギー推定

生物学のデータセットやモデルをLaminDBで管理し、表の構造・型の検証、標準用語による注釈、解析の入出力や変更履歴の記録を通じて、再現可能なデータ整理を支援します。

• 生物学のデータセットを登録・整理
• DataFrameやAnnDataのメタデータ検証
• 生物学の標準用語で注釈を整理

OMERO.serverの顕微鏡画像データを対象範囲を指定して一覧化し、注釈や関心領域の情報出力、画像の入出力計画、変更内容の事前確認を支援します。

• 対象を絞ったOMEROデータの一覧化
• 注釈・関心領域をJSONに出力したいとき
• 顕微鏡画像の入出力計画

実行中の処理が使えるCPU・メモリ・ディスクなどの資源と制限を調べ、識別情報を除いたJSONと、並列数やメモリ配分を検討するための目安を作るスキル。

• 大きなローカル処理の並列数を決めたいとき
• コンテナ内のCPU・メモリ制限を確認したいとき
• 変更前後の計算資源を比較したいとき

Neuropixelsの神経記録を読み込み、ノイズ処理や電極との位置ずれの補正、神経細胞ごとの信号分離、品質評価、確認用の図やデータの出力まで支援します。

• SpikeGLX・Open Ephys・NWBの確認と前処理
• 信号分離前の位置ずれを確認・補正したいとき
• 品質指標に基づいて解析対象を選びたいとき

タンパク質や低分子の分子動力学シミュレーションを、構造の準備から計算、解析まで支援し、構造の変化や揺らぎ、分子間の接触を調べるスキル。

• 変異後のタンパク質の安定性を調べたいとき
• 構造の変化や揺らぎを数値化したいとき
• タンパク質と低分子の接触を追いたいとき

タンデム質量分析（MS/MS）の測定データを整え、ピークの選別や類似度計算、参照ライブラリとの照合を通じて化合物候補を調べるPython向けスキル。

• MS/MSデータの前処理と測定情報の統一
• 参照ライブラリから化合物候補を探したいとき
• 類似度と一致ピーク数による比較

人や物のつながりをPythonで分析・可視化し、重要な点や集団、最短経路を調べます。表データの読み込みから、検証用ネットワークの生成、結果の保存まで扱います。

• SNSの重要人物や集団を調べたいとき
• 交通網の最短経路を求めたいとき
• 論文の引用関係を可視化したいとき

科学データのグラフをPythonで作成し、色・軸・凡例・注釈や複数図の配置を細かく調整して、論文や発表に使うPNG・PDF・SVGへ書き出します。

• 実験データをグラフ化したいとき
• 複数の図を一枚にまとめたいとき
• 配色やラベルを調整したいとき

Nextflowのデータ処理パイプラインを作成・実行し、nf-coreの利用、失敗した処理の調査と再開、テスト、計算環境に応じた設定を支援します。

• samplesheetでnf-coreを実行したいとき
• DSL2の部品を作成・テストしたいとき
• 失敗原因の調査とキャッシュを使った再開

天文データを扱うPythonコードの実装・修正を支援します。Astropyを使い、単位や天体座標の変換、観測ファイルの読み書き、宇宙論計算を進めます。

• 天体座標や物理単位を変換したいとき
• FITS観測ファイルの読み書き
• 天体カタログ同士を照合したいとき

科学・規制・経済などのデータベースから、条件を指定して情報を取得します。取得件数や検索条件、参照日を記録し、同じ調査を再現できる形で結果をまとめます。

• 識別子から遺伝子や化合物を調べたいとき
• 条件に合う臨床試験を集めたいとき
• 出典付きで経済統計を取得したいとき

H&E染色の病理画像から、組織内の遺伝子発現分布を予測します。約1万9千の遺伝子を指定し、画像の小区画からスライド全体の予測マップを作る研究用スキルです。

• 腫瘍切片のマーカー遺伝子分布の予測
• 実測データがないスライド群の発現予測
• 病理画像解析への予測発現の追加

タンパク質配列の空欄補完や特徴量の抽出、全原子構造の予測をBiohubのPython SDKで進めます。ローカル実行とホスト型APIの使い分け、出力の確認を支援します。

• タンパク質配列の伏せた位置を補完したいとき
• タンパク質配列から数値特徴量を抽出
• タンパク質の全原子構造を予測したいとき

タンパク質に小分子が結合する位置と向きの候補を予測します。単一ペアや複数条件のドッキングを進め、信頼度による候補整理と構造の検証を支援するスキルです。

• タンパク質と小分子の結合姿勢予測
• 一括ドッキングの入力準備と検証
• 受容体の構造別に姿勢を比較したいとき