「paper」の検索結果

Search and retrieve preprints from the bioRxiv repository

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Systematic root-cause debugging. Iron Law: no fixes without root cause investigation first. Four phases: Root Cause Investigation, Pattern Analysis (6 known patterns), Hypothesis Testing (3-strike rule), Implementation. Structured debug report output.

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Multi-AI second opinion via OpenAI Codex CLI. Three modes: Review (pass/fail gate), Challenge (adversarial edge-case finder), Consult (freeform with session continuity). Read-only with streaming output and thinking traces. Cross-model analysis when review has already run.

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Gene regulatory network inference using tree-based ensemble methods

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Restricts file edits to a specified directory. Pre-tool hooks intercept Edit and Write operations. Trailing-slash matching prevents partial path collisions.

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Fully automated ship workflow: pre-flight, merge base, run tests, coverage audit, pre-landing review, design review, adversarial review, version bump, CHANGELOG generation, TODOS.md update, bisectable commits, push and PR creation, auto-sync docs via document-release.

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Develops custom WordPress themes and plugins, creates Gutenberg blocks, configures WooCommerce stores, implements REST API endpoints, and applies security hardening.

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Protein engineering and directed evolution analysis using Adaptyv Bio platform

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Self-update mechanism. Detects git vs vendored install. Auto-upgrade option with escalating snooze backoff. Syncs global and local copies. Extracts CHANGELOG bullets post-upgrade.

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Weekly engineering retrospective. Analyzes commit history, work patterns, and code quality metrics. Per-person breakdowns with praise and growth areas. Modes: default 7d, 24h, 14d, 30d, compare, global cross-project. Shipping streaks and tweetable summary.

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Builds real-time communication systems with WebSockets or Socket.IO including bidirectional messaging, horizontal scaling with Redis, presence tracking, and room management.

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Query AlphaFold protein structure predictions database

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Pre-landing PR review with two-pass checklist. Pass 1 critical: SQL safety, race conditions, LLM trust boundaries, enum completeness. Pass 2 informational: side effects, magic numbers, dead code, test gaps. Adversarial review auto-scaled by diff size. Scope drift detection.

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Fully automated review pipeline: CEO, Design, and Eng reviews with auto-decisions using 6 principles (completeness, boil lakes, pragmatic, DRY, explicit over clever, bias toward action). Only pauses for premise confirmation. Classifies decisions as Mechanical (silent) or Taste (surfaced at final gate).

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Financial market data retrieval and analysis via Alpha Vantage API

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CEO/founder-mode plan review. Four modes: scope expansion, selective expansion, hold scope, scope reduction. 10 review sections from architecture through long-term trajectory. Nuclear scope challenge, dream state mapping, error and rescue registry. Optional cross-model outside voice.

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Biological sequence analysis, alignment, and molecular biology computations

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Import cookies from your real browser (Comet, Chrome, Arc, Brave, Edge) into the headless browse session for testing authenticated pages. Interactive picker UI or direct domain import. macOS Keychain integration.

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Time series analysis and temporal pattern detection for scientific data

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Infrastructure-first security audit across 14 phases: attack surface mapping, secrets archaeology (git history), supply chain analysis, CI/CD pipeline security, LLM/AI threat detection, OWASP Top 10, STRIDE threat modeling. Confidence gates, exploit scenarios, parallel verification, trend tracking. Read-only.

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Query ChEMBL bioactivity database for drug-like molecules

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Performance regression detection. Captures TTFB, FCP, LCP, bundle sizes, request counts. Regression thresholds: timing >50% or >500ms. Baseline comparison, trend tracking, budget compliance scorecard.

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Query BindingDB for protein-ligand binding affinity data

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Manage, format, and organize scientific citations and bibliographies

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