Quantifies alternative splicing as PSI (percent spliced in) from RNA-seq using rMATS-turbo (BAM-based event), SUPPA2 (TPM-based event), MAJIQ V3 (LSV-based Bayesian), leafcutter (annotation-free intron clusters), VAST-TOOLS (cross-species with microexon support), Shiba (junction-imbalance-corrected, 2025 SOTA at low coverage), or IRFinder-S (intron retention coverage-aware). Distinguishes the five canonical event classes (SE, A5SS, A3SS, MXE, RI), special classes (microexons, exitrons, AFE/ALE), intron retention subtypes (canonical RI vs detained introns), and applies effective-length normalization. Use when measuring splice-site usage or isoform inclusion ratios from short-read RNA-seq.
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GPTomics/bioSkills☆ 1,2192026年8月15日 更新
Read, write, and query Apple Health data using HealthKit. Covers HKHealthStore authorization, sample queries, statistics queries, statistics collection queries for charts, saving HKQuantitySample data, background delivery, workout sessions with HKWorkoutSession and HKLiveWorkoutBuilder, HKUnit, and HKQuantityTypeIdentifier values. Use when integrating with Apple Health, displaying health metrics, recording workouts, or enabling background health data delivery.
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dpearson2699/swift-ios-skills☆ 1,1922026年8月1日 更新
Use this skill when fitting accelerated life models, computing mean time to failure (MTTF), B10 life and similar quantities, fitting life distributions like Weibull for reliability analysis, comparing distribution fits, computing confidence intervals on reliability quantities with bootstrapping, performing lifetime prediction, computing failure rates, plotting Kaplan-Meier curves, computing survival functions, or doing reliability analysis.
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matlab/matlab-agentic-toolkit☆ 1,1572026年10月9日 更新
Quantum machine learning and differentiable quantum computing
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paperclipai/companies☆ 9202026年3月24日 更新
Quantum-resistant, self-learning version control for AI agents with ReasoningBank intelligence and multi-agent coordination
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ruvnet/agentic-flow☆ 8192026年10月12日 更新
The analysis and visualization of alternative splicing (AS) events from RNA sequencing data remains challenging. SpliceWiz is a user-friendly and performance-optimized R package for AS analysis, by processing alignment BAM files to quantify read counts across splice junctions, IRFinder-based intron retention quantitation, and supports novel splicing event identification. We introduce a novel visualization for AS using normalized coverage, thereby allowing visualization of differential AS across
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bioMate-AI/biomate-bioconductor-kb☆ 8042026年6月21日 更新
The QFeatures infrastructure enables the management and processing of quantitative features for high-throughput mass spectrometry assays. It provides a familiar Bioconductor user experience to manages quantitative data across different assa
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bioMate-AI/biomate-bioconductor-kb☆ 8042026年6月21日 更新
Provides multi-school trading Q&A, chart/OHLCV analysis, annotation, and fresh-market workflows covering ICT/SMC, ChanLun, Wyckoff, Price Action, Order Flow, VSA, and Elliott Wave. Use for trading concepts; capability-discovery questions about available analysis lenses, Schools, models, modes, or data sources; attached charts; pasted OHLCV; chart annotation; or asset-plus-timeframe requests across crypto, stocks, or forex. Defaults unselected market analysis to strict ICT/SMC, honors explicit School/source selectors, and fails closed when no native analyzer exists. Phase 1 comparison is Q&A-only; fetch fresh Mobius Quant API data only after the capability gate.
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MobiusQuant/OpenMobius-skill☆ 7012026年9月4日 更新
Protocols and best practices for western blot quantification and analysis including band detection, normalization, and statistical methods.
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jaechang-hits/SciAgent-Skills☆ 3782026年9月29日 更新
Compare scoped quantity snapshots and explain matches, missing rows and conflicts. Use to reconcile drawing, report or schedule counts; not to extract source documents or update adopted records.
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AlpacaLabsLLC/skills-for-architects☆ 3772026年10月6日 更新
Extract countable FF&E or luminaire instances from supplied drawings with position-level evidence. Use for plan quantities or symbol counts; not area takeoffs, product specs or cross-source reconciliation.
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AlpacaLabsLLC/skills-for-architects☆ 3772026年10月6日 更新
Assist with quantity takeoff using CWICR data. Calculate quantities from dimensions, apply waste factors, and suggest related work items.
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datadrivenconstruction/DDC_Skills_for_AI_Agents_in_Construction☆ 3492026年8月22日 更新
Extract quantities from IFC/Revit models for quantity takeoff. Uses DDC converters to get element counts, areas, volumes, lengths with grouping and reporting.
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datadrivenconstruction/DDC_Skills_for_AI_Agents_in_Construction☆ 3492026年8月22日 更新
CAD/BIM takeoff in OpenConstructionERP: upload Revit/IFC/DWG/DGN models, browse elements, bulk-link them to BOQ lines, measure DWG drawings and PDF plans, and push quantities into the estimate. Use for any model-based quantification workflow.
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datadrivenconstruction/DDC_Skills_for_AI_Agents_in_Construction☆ 3492026年8月22日 更新
Quantitative stock screening, forward-looking valuation outlier detection, backward-looking financial statement validation, PEG ratio analysis, earnings growth profile assessment, turnaround vs value trap discrimination, data mining bias prevention
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agentii-ai/agentii-investment-intelligence☆ 2072026年9月29日 更新
Load and parse mass spectrometry data formats including mzML, mzXML, and quantification tool outputs like MaxQuant proteinGroups.txt. Use when starting a proteomics analysis with raw or processed MS data. Handles contaminant filtering and missing value assessment.
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BioTender-max/awesome-bio-agent-skills☆ 2012026年7月2日 更新
Workflow for gene and transcript quantification from RNA-seq reads using alignment-based or alignment-free tools.
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BioTender-max/awesome-bio-agent-skills☆ 2012026年7月2日 更新
Design and implement Monte Carlo methods for uncertainty quantification, risk analysis, and probabilistic simulations across scientific and financial domains. Use when "monte carlo, random sampling, uncertainty quantification, risk analysis, stochastic simulation, MCMC, variance reduction, probabilistic, " mentioned.
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omer-metin/skills-for-antigravity☆ 1652026年1月22日 更新
加密链上交易 (加密 / 链上交易 (Crypto & On-chain Trading) — 以加密资产为标的、强调链上活动的主动交易认知操作系统：从「看叙事/选赛道 → 找标的 → 链上尽调与风控 → 选场所(DEX/CEX/链上合约) → 建仓与仓位管理 → 监控链上流向与情绪 → 退出与复盘」的完整决策链。覆盖 (a) 第一性张力 — **链上 on-chain (DEX 现货/AMM、钱包追踪 wallet tracking、资金流向 flow、MEV、memecoin、链上衍生品 Hyperliquid/GMX、自托管 self-custody, 'not your keys not your coins') ⇄ 链下 CEX (中心化交易所现货/合约 Binance/OKX/Bybit、订单簿、托管、出入金法币)**; **合约/杠杆/衍生品 (perps 永续、资金费率 funding、清算 liquidation、爆仓、做多做空、高频/择时) ⇄ 现货/价值/长持 (spot、HODL、定投 DCA、基本面/估值、'time in market > timing the market')**; **价值/基本面派 (协议收入、TVL、代币经济学 tokenomics、真实使用、估值模型) ⇄ meme/叙事/情绪派 (memecoin、narrative rotation 叙事轮动、attention is the asset、纯博弈/PvP、Ponzinomics)**; **链上数据/量化/客观 (on-chain analytics, Nansen/Arkham/Dune、聪明钱 smart money、链上指标、系统化/机械化) ⇄ 直觉/盘感/叙事阅读 (narrative、KOL alpha、社群情绪、tape reading)**; **自托管/去中心化/抗审查 (DeFi、自托管钱包、抗审查、'be your own bank') ⇄ 便利/合规/中心化 (CEX、合规出入金、KYC、托管、ETF)**; **主动交易/择时/高换手 (trading、波段、合约、撸毛/空投 airdrop farming、套利 arbitrage) ⇄ 被动配置/低换手 (配置 BTC/ETH、ETF、长期叙事 beta)**; (b) 核心工作流 / pipeline (最标准、最易蒸高质量 + CLI 化) — 通用链: 叙事/赛道判断 (宏观周期/减半/流动性/板块轮动) → 标的发现 (链上扫链/聪明钱跟单/新币/叙事映射) → 尽调 due diligence (代币经济学/解锁 unlock/团队/合约审计/honeypot 检测/流动性与持仓分布) → 风控前置 (仓位 sizing/最大回撤/止损/相关性) → 场所与执行 (CEX vs DEX、滑点/MEV/gas、限价 vs 市价、TWAP) → 持仓监控 (链上流向/巨鲸/资金费率/解锁日历/情绪指标) → 退出与复盘 (止盈分批/再平衡/记录交易日志); 子流派 SOP: 链上 degen 打新与 memecoin 流程、合约交易者的资金费率与清算地图、空投/撸毛 farming、套利与 MEV、被动配置与定投; (c) 工具栈 — 链上分析 (Nansen 聪明钱/Arkham 实体标注/Dune 自建仪表盘/Dexscreener & DEX Screener 新币/GMGN & Photon & BullX memecoin 终端/Etherscan & Solscan 区块浏览器/DeBank 钱包总览/Token Terminal 协议基本面/DefiLlama TVL/Glassnode & CryptoQuant 链上指标)、交易场所 (CEX: Binance/OKX/Bybit/Coinbase; 链上现货 DEX: Uniswap/Jupiter/Raydium/Aerodrome; 链上衍生品: Hyperliquid/GMX/dYdX)、钱包与安全 (MetaMask/Rabby/Phantom 热钱包、Ledger/Trezor 硬件冷钱包、Revoke.cash 授权管理、honeypot/合约扫描)、行情与图表 (TradingView、CoinGecko/CoinMarketCap)、信息与聚合 (Twitter/X、Telegram、DeFiLlama、RootData/ICO 日历、解锁日历 Token Unlocks)、自动化 (交易机器人、链上 bot/sniper、Telegram trading bot); (d) 知识正典 — 注意加密交易 canon 偏少且新: 通用交易/风控经典 (Edwin Lefèvre 'Reminiscences of a Stock Operator'、Van Tharp 'Trade Your Way to Financial Freedom' 仓位管理、Mark Douglas 'Trading in the Zone' 交易心理、Michael Mauboussin、Nassim Taleb 'Fooled by Randomness/Antifragile')、加密原生 (Bitcoin whitepaper 中本聪、'The Bitcoin Standard' Saifedean、Vitalik 博客与 Ethereum whitepaper、'DeFi and the Future of Finance'、Lyn Alden 宏观、a16z crypto 文章、Messari/Delphi/Bankless 研报)、链上分析方法 (Glassnode/CryptoQuant 教程、Nansen/Arkham/Dune 文档、Dune Analytics SQL)、交易方法论散见于 podcast/Substack/Twitter thread 而非书; (e) figures/流派 — 价值/基本面派 (Vitalik Buterin 以太坊、Hasu/Su Zhu(争议)、Arthur Hayes BitMEX 创始人/宏观+衍生品、Raoul Pal、Lyn Alden 宏观、Cobie/Jordan Fish UpOnly podcast、DeFi 研究 Bankless Ryan Adams/David Hoffman); 链上分析派 (Nansen Alex Svanevik、Arkham、Adam Cochran、Ansem(blknoiz06) 链上交易、Murad memecoin supercycle、链上侦探 ZachXBT 反诈); 合约/衍生品派 (Arthur Hayes、GCR(GiganticRebirth) 传奇合约、Pentoshi、CryptoCred 技术分析、Tyler Durden); meme/叙事派 (Ansem、Murad、Cobie、各 Solana memecoin KOL); 宏观/周期派 (Raoul Pal、Lyn Alden、PlanB stock-to-flow(争议)、Benjamin Cowen 数据/周期); 量化/系统化 (各匿名量化、Hyperliquid 生态); 中文圈 (链上分析/合约 KOL、币圈大 V、播客如 '无人之境'/'Web3 佛学院'、研究机构如 Foresight/PANews/律动 BlockBeats); 反诈/安全 (ZachXBT、SlowMist 慢雾、go+ 安全); (f) 行业话术/黑话 — 现货 spot / 合约 perps 永续 / 杠杆 leverage / 多空 long-short / 爆仓 liquidation 清算 / 资金费率 funding rate / 开多开空 / 止损 SL 止盈 TP / 仓位 position sizing / 满仓梭哈 ape in / 梭 / FOMO / FUD / 钻石手 diamond hands / 纸手 paper hands / 韭菜 / 镰刀 / 庄 / 出货 / 拉盘砸盘 / 插针 wick / 针 / 上车下车 / 埋伏 / 潜伏 / 链上 on-chain / 钱包 wallet / 地址 / 聪明钱 smart money / 巨鲸 whale / 跟单 copy-trade / 老鼠仓 / 貔貅盘 honeypot / 貔貅 / rug 跑路 rug-pull / 归零 / 土狗 (memecoin/小币) / 金狗 (暴涨百倍) / meme 币 / 叙事 narrative / 赛道 / 板块轮动 / 撸毛 撸空投 airdrop / 女巫 sybil / 交互 / 解锁 unlock / 砸盘解锁 / 代币经济学 tomomics / TVL / APY APR / 无常损失 IL / 滑点 slippage / MEV / 三明治 sandwich / gas / 抢跑 frontrun / 貔貅检测 / 授权 approve / 撤销授权 revoke / 私钥 助记词 seed phrase / 冷钱包 热钱包 / 自托管 / 减半 halving / 牛熊 / 山寨季 altseason / 比特币市占率 BTC.D / 山寨 alt / 主流币 / DeFi 暑期 / GM / WAGMI / NGMI / 归零归零 / PvP / Ponzi 庞氏; (g) 争议/批
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swaylq/master-skill☆ 1552026年9月6日 更新
The methods a financial-ML result has to survive before it is evidence — purged cross-validation with an embargo, triple-barrier labelling, sample uniqueness under overlapping labels, fractional differentiation, meta-labelling, and multiple-testing correction. Written because the invariants were required of quant-researcher and nothing in the project explained how to satisfy them: a rule without a method produces either an invention or a block. Applied whenever a backtest, a feature or a label is being designed or judged.
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avelikiy/great_cto☆ 1032026年10月13日 更新
統計的推論（線形回帰 / 重回帰 / OLS / Lasso / Ridge / 分位点回帰、ロジスティック回帰 / ポアソン / GLM / オッズ比、 混合効果 / マルチレベル / パネル固定効果、仮説検定 / t 検定 / χ² / ANOVA / 有意差、生存時間分析 / Kaplan-Meier / Cox、 ベイズ推定 / MCMC / Stan）を実行したら必ずセットで出す図と値のルーター。sm.OLS, smf.ols, LinearRegression, LassoCV, QuantReg, sm.Logit, sm.GLM, LogisticRegression, mixedlm, PanelOLS, ttest_ind, mannwhitneyu, chi2_contingency, pingouin, lifelines, CoxPHFitter, cmdstanpy, arviz がコードに現れたとき、またはユーザーが「回帰して」「検定して」 「有意差はあるか」「生存曲線を描いて」「ベイズで推定して」と言ったときに使う。診断・残差・図に言及がなくても適用する。 SKILL.md のルーティング表で手法を特定し、対応する references/<手法>.md を読んでから実行する。A/B テスト・因果推論は causal-inference-diagnostics、予測 ML・時系列は predictive-modeling-diagnostics を使う。
atsushi-green/ds-ai-coding-skills☆ 902026年10月4日 更新
Your team has high autonomy — and standups are vague, weekly meetings drift into status reports, and 1:1s produce nothing but "I'm fine." This playbook fixes all three layers at once. What's inside: • Daily Standup system — 3-field format, good sample, 4 COO principles to keep it honest • Weekly Meeting — strict 25-min agenda, Scrum Master rotation, 0–10 pulse check • 1:1 Framework — 9-dimension quantified pulse, 5-group deep question bank, bilateral feedback structure • Diagnostic layer — "stuck-at" detection: info / authority / collaboration / capability / direction • FAQ for 4 common failure modes (dead standups, status-report meetings, "I'm fine" 1:1s, scaling beyond 10 people) 🇨🇳 你的团队自由度很高——但 standup 越来越糊，例会变成汇报，1:1 问不出真话。这套三层 Motivation 操作手册解决的正是这件事：standup 是信息层，例会是对齐层，1:1 是个人层。三件事做好了，motivation 不是管出来的，是长出来的。 🇯🇵 チームの自律性は高いのに、スタンドアップは曖昧で、週次ミーティングは進捗報告になり、1on1では「大丈夫です」しか返ってこない——このプレイブックは、その3層すべてを同時に解決します。 🇰🇷 팀의 자율성은 높은데 스탠드업은 두루뭉술하고, 주간 회의는 진척 보고가 되어버리고, 1:1에서는 진심을 들을 수 없다면 — 이 플레이북이 세 레이어 모두를 동시에 해결합니다. Triggers: "团队 motivation" | "standup 没人写" | "例会变成汇报" | "1:1 问不出真话" | "高自由度团队管理" | "COO 如何管人" | "team motivation" | "standup best practices" | "1on1 framework" | "weekly meeting template" | "チームモチベーション" | "팀 동기부여" | "AI startup team ops" | "remote team alignment" | "engagement下降"
Gingiris-1031/gingiris-skills☆ 842026年10月8日 更新
Quantify cyber risk using FAIR methodology with Monte Carlo simulation, assess control effectiveness against NIST CSF/CIS/ISO 27001 frameworks, evaluate risk appetite alignment, and analyze cyber insurance coverage adequacy. Covers threat landscape mapping, asset valuation, loss event frequency and magnitude estimation, annualized loss expectancy calculation, control gap analysis with ROI ranking, residual risk assessment, and insurance policy gap modeling at 90th/95th/99th percentile loss scenarios. Use when building risk registers, preparing board-level risk dashboards, evaluating security investment priorities, assessing cyber insurance coverage, or auditing any organization's risk quantification maturity per NIST RMF, ISO 27005, or FAIR standards.
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FDU-INS/Insurance-Skills☆ 762026年7月12日 更新
FinTech future-proofing. Scans and migrates classical encryption to NIST-approved Post-Quantum Cryptography (PQC) / Migrasi ke Kriptografi Pasca-Kuantum (PQC) yang disetujui NIST untuk sistem FinTech.
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roedyrustam/vibes-plug☆ 752026年10月9日 更新