「python」の検索結果

LabArchivesの電子実験ノートと研究室の在庫管理をAPIで連携するために、接続先の選択、認証用の署名作成、送信前の計画やローカルファイル検査を支援します。

• 電子実験ノートのAPI連携を設計したいとき
• 研究室の在庫管理APIの認証確認
• LA containerのローカル検査

PacBio HiFiの腫瘍・正常ペアの未整列BAMから、nf-core/pacsomaticの実行ファイルを作り、ローカル起動や計算クラスタへの投入を支援するスキル。

• 腫瘍・正常ペアの試料一覧を作りたいとき
• ドライランで実行ファイルを確認したいとき
• 計算クラスタに起動ジョブを投入したいとき

生物医学論文や規制当局の文書、臨床試験情報を検索し、複数資料から必要な情報を抽出して、根拠の行にリンクした引用付きで整理するスキル。

• テーマに合う生物医学論文の検索
• 複数論文の方法と結果の比較
• 規制文書や臨床試験を調べたいとき

海水の独立した２種類の測定値から、pHや炭酸イオン、鉱物の飽和度を計算します。実験室から現場条件への換算や、測定誤差が結果に及ぼす影響も扱います。

• 海水の測定値から炭酸系を計算したいとき
• アラゴナイトやカルサイトの飽和度評価
• 実験室の値を海中条件へ換算したいとき

創薬候補の化合物を、医薬品らしさの経験則、注意が必要な分子構造、複雑さの指標で評価し、複数条件による候補の絞り込みと判定理由の記録を支援するスキル。

• 医薬品らしさの基準で化合物を選別
• PAINSなどの注意構造を確認したいとき
• 物性・構造・複雑さの条件を組み合わせる

実行中の処理が使えるCPU・メモリ・ディスクなどの資源と制限を調べ、識別情報を除いたJSONと、並列数やメモリ配分を検討するための目安を作るスキル。

• 大きなローカル処理の並列数を決めたいとき
• コンテナ内のCPU・メモリ制限を確認したいとき
• 変更前後の計算資源を比較したいとき

二光子撮像のTIFF画像と時刻付き行動位置CSVを、神経科学の共通形式NWBへ変換し、メタデータ・時刻同期・変換前後の一致を検証するスキル。

• 二光子撮像TIFFをNWBに変換したいとき
• 撮像と行動位置をまとめたいとき
• 同期パルスで時計のずれを確認したいとき

PDFやOffice文書などを、見出しや表の構造を保ったMarkdownに変換します。一括処理や論文整理にも対応し、検索・テキスト分析・AIへの資料取り込みを支援します。

• PDFやOffice文書のMarkdown化
• 資料フォルダを一括変換したいとき
• 論文を出典情報付きで整理したいとき

病理の全スライド画像から組織領域を見つけ、学習用の小画像を切り出します。抽出位置の確認や染色の色調統一、患者単位でのデータ分割まで支援するスキル。

• 病理画像から学習用画像を抽出したいとき
• 組織マスクと抽出位置を確認したいとき
• H&E染色の色調を統一したいとき

医療機器や試験・医療検査室のISO関連資料を整理し、証拠記録の構造を確認します。文書・リスク管理・是正処置の不足を、人によるレビュー用にまとめます。

• 管理文書と実施記録を整理したいとき
• 医療機器のリスク・設計記録の照合
• 是正処置と供給者管理の証拠確認

組織名・細胞種・疾患名などの自由記述を標準用語のID候補に対応づけ、既存IDの名称や廃止状況を検証します。研究データの提出準備やメタデータ表の点検に使えます。

• 組織・細胞種・疾患に標準IDを付けたいとき
• メタデータ表のIDと名称を点検したいとき
• 廃止された用語と置換先を確認したいとき

Neuropixelsの神経記録を読み込み、ノイズ処理や電極との位置ずれの補正、神経細胞ごとの信号分離、品質評価、確認用の図やデータの出力まで支援します。

• SpikeGLX・Open Ephys・NWBの確認と前処理
• 信号分離前の位置ずれを確認・補正したいとき
• 品質指標に基づいて解析対象を選びたいとき

気体の化学反応を定容・定圧の条件で計算し、温度上昇から着火遅れを求めます。温度や成分の時間変化を出力し、保存則の確認と計算条件を細かくした比較まで進めます。

• 定容・定圧条件の着火遅れ計算
• 温度や成分の時間変化を調べたいとき
• 反応モデルごとの着火遅れ比較

Screenpipeに記録された指定期間の作業履歴から、繰り返す研究作業を見つけ、既存スキルの活用案や組み合わせ、新しいスキルの下書きを提案します。

• 最近の作業から反復手順を探したいとき
• 既存スキルで補えない作業の確認
• 繰り返す作業をスキル化したいとき

分析法が目的に適しているかを確かめるため、適用する規格や指針の選択から試験計画、真度・精度などの統計評価、移管時の比較、報告書作成まで支援するスキル。

• 分析法の試験計画と判定基準を作りたいとき
• 検量線・真度・精度を評価したいとき
• 検出限界と定量限界を推定・確認したいとき

データ収集前に、研究の目的に合う実験方法や対象の割り付け、実施順序を設計し、条件の混同や反復の数え違いを避けるための配置表作成を支援するスキル。

• 被験者や試料の無作為割り付け
• 複数の実験要因を絞り込みたいとき
• バッチ・日・プレート位置を考慮した配置

単一細胞解析の測定値と細胞・遺伝子の情報をまとめ、h5adやZarr形式で読み書きします。データの抽出・結合や、大規模データの省メモリ処理も支援します。

• h5ad・Zarrの読み書き
• 実験データをラベル付きで結合
• 細胞や遺伝子を条件で抽出したいとき

バルク・単一細胞の遺伝子発現データから、発現を調節する遺伝子と標的遺伝子の関係候補を順位付けし、解析手法の比較や結果の安定性確認を支援します。

• 遺伝子の調節関係候補を絞りたいとき
• GRNBoost2とGENIE3の比較
• 推定ネットワークの安定性確認

ゲノム上の位置をファイル形式ごとの座標規則に合わせて変換し、変異表現の統一や参照ゲノム・染色体名の不一致を点検するスキルです。

• BEDとGFF/GTF間の座標変換
• 挿入・欠失の表現統一と比較
• 参照ゲノムや染色体名の不一致確認

臨床意思決定支援の研究に使う評価資料や分析計画を作成・点検します。集計・合成データを対象に、根拠や確認状況を整理し、診療には使わない文書作成を支えます。

• 研究用モデルの評価資料を整えたいとき
• エビデンス資料と出典の対応確認
• 生存時間解析の計画を点検したいとき

H&E染色の病理画像から、組織内の遺伝子発現分布を予測します。約1万9千の遺伝子を指定し、画像の小区画からスライド全体の予測マップを作る研究用スキルです。

• 腫瘍切片のマーカー遺伝子分布の予測
• 実測データがないスライド群の発現予測
• 病理画像解析への予測発現の追加

学術論文を複数のデータベースで探し、著者・掲載誌などの書誌情報を確認してBibTeX形式に整理します。参考文献の重複や記載漏れ、原稿との対応も点検できます。

• 複数の学術データベースで論文を探したいとき
• DOIをBibTeXに変換したいとき
• 参考文献の重複を整理したいとき

モデルやプロンプトの改善を複数の実験で進め、仮説と結果をツリーに記録します。実験から得た知見を次の試行に引き継ぎ、探索用とは別の評価で改善候補を比較します。

• モデル学習の改善案を実験で比較したいとき
• エージェントの成功率を改善したいとき
• プロンプトの変更を定量評価したいとき

DNA変異が遺伝子の働きに及ぼす影響を、計算済みデータとモデル予測で調べます。候補の順位付けから組織別の影響、スコアの根拠の確認まで支援します。

• VCFの候補変異を順位付けしたいとき
• 組織別の遺伝子発現への影響調査
• 変異前後のDNA予測を比較したいとき