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Build, scaffold, refactor, and troubleshoot ChatGPT Apps SDK applications that combine an MCP server and widget UI. Use when Codex needs to design tools, register UI resources, wire the MCP Apps bridge or ChatGPT compatibility APIs, apply Apps SDK metadata or CSP or domain settings, or produce a docs-aligned project scaffold. Prefer a docs-first workflow by invoking the openai-docs skill or OpenAI developer docs MCP tools before generating code.

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Submit compact PubChem PUG REST requests for compound properties, descriptions, assay summaries, and substance metadata. Use when a user wants concise PubChem summaries

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Submit compact RCSB PDB requests for core metadata, Search API queries, and FASTA downloads. Use when a user wants concise RCSB summaries; save raw JSON or FASTA only on request.

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Submit compact NCBI PMC Open Access requests for article/file availability metadata. Use when a user wants concise PMC Open Access summaries; save raw XML only on request.

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Validate FASTQ inputs, run local FastQC/MultiQC QC, interpret QC signals, and optionally execute fastp or Cutadapt trimming branches without overwriting raw reads.

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Submit compact PRIDE Archive API requests for proteomics project discovery and project-level metadata. Use when a user wants concise PRIDE summaries

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Submit compact NCBI Datasets v2 requests for assembly, genome, taxonomy, and related metadata endpoints. Use when a user wants concise NCBI Datasets summaries; save raw JSON or text only on request.

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Process, quality-control, annotate, and visualize single-cell or single-nucleus RNA-seq datasets across tissues and species. Use when Codex needs to build, adapt, or review a general scRNA-seq QC pipeline; choose dataset-appropriate cell-level filters from QC distributions; run required scDblFinder-based doublet and ambient-RNA filtering; annotate cells with matched references or marker-based fallbacks; or generate global and per-group UMAP visualizations for large scRNA-seq datasets.

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Submit compact IPD REST requests for HLA allele and cell-level metadata using the public IPD query API. Use when a user wants concise IPD summaries; save raw JSON or text only on request.

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Submit compact MetaboLights requests for study discovery and study-level metabolomics metadata. Use when a user wants concise MetaboLights summaries

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Submit compact ClinicalTrials.gov API v2 requests for study search, metadata, enums, search areas, and field statistics. Use when a user wants concise ClinicalTrials.gov summaries

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Submit compact bioRxiv and medRxiv API requests for details, publication-linkage, and DOI lookups. Use when a user wants concise preprint metadata summaries

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Submit compact ENCODE REST API requests for object lookups, portal-style search, and metadata retrieval. Use when a user wants concise ENCODE summaries

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Submit compact GWAS Catalog REST API v2 requests for studies, associations, SNPs, EFO traits, genes, publications, loci, and metadata. Use when a user wants concise GWAS Catalog summaries

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Submit compact Bgee SPARQL requests for healthy wild-type expression metadata and ontology-aware lookup patterns. Use when a user wants concise Bgee summaries; save raw results only on request.

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Submit compact MGnify API requests for microbiome studies, samples, and biome metadata. Use when a user wants concise MGnify summaries

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Submit compact eQTL Catalogue API requests for association retrieval and documented metadata endpoints. Use when a user wants concise public eQTL Catalogue summaries

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Submit compact CELLxGENE Discover API requests for public collection and dataset metadata. Use when a user wants concise single-cell collection summaries

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Submit compact EVA REST requests for species metadata and archived variant lookups. Use when a user wants concise European Variation Archive summaries

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Submit compact ChEBI 2.0 API requests for chemical search, compound lookup, ontology traversal, and structure metadata. Use when a user wants concise ChEBI summaries

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Submit compact AlphaFold Protein Structure Database API requests for prediction, UniProt summary, sequence summary, and annotation lookups. Use when a user wants AlphaFold metadata or concise structure summaries

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Use when the user wants to create, explore, adapt, refine, polish, or review visual creative such as campaigns, ads, social posts, product imagery, scenes, offers, logos, brand systems, styles, charts, decks, or related marketing and design assets.

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Inspect a Dropbox file or folder by checking metadata, shared links, and file content when needed. Use when the user asks what a file is, whether it is shared, when it changed, what access links exist, or asks to read/analyze a Dropbox file.

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Read a Canva design and return structured, actionable design feedback — visual hierarchy, copy/messaging, layout & spacing, consistency, readability, and accessibility. Read-only; makes no changes to the design. Use when the user asks to "review my design", "give me feedback on this", "critique my deck/poster/flyer", "how can I improve this design", or "what's wrong with this slide".

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