「python」の検索結果

Neuropixelsの神経記録を読み込み、ノイズ処理や電極との位置ずれの補正、神経細胞ごとの信号分離、品質評価、確認用の図やデータの出力まで支援します。

• SpikeGLX・Open Ephys・NWBの確認と前処理
• 信号分離前の位置ずれを確認・補正したいとき
• 品質指標に基づいて解析対象を選びたいとき

薬剤・遺伝子・疾患の関係を、種類や探索範囲を指定してARAXで調べます。直接の関係や中間要素を一つ挟む経路を取得し、出典や関連文献も確認するスキル。

• 薬剤と遺伝子の関係を調べたいとき
• 薬剤と疾患を結ぶ経路の探索
• 関連文献と元データの出典確認

公開されているがんのCT・MR・PET画像や病理画像を、条件に合わせて検索・取得します。データの絞り込み、ブラウザでの閲覧、利用条件や引用の確認も支援します。

• がん種・撮影方式・部位で画像を探したいとき
• 選んだDICOM画像の一括取得
• 放射線画像や病理画像のブラウザ閲覧

統計、年表、比較、手順などを説明する図解画像を文章から生成し、用途別の品質レビューと再生成を支援します。提供データや任意の調査結果を材料にできます。

• 報告書の統計を図解したいとき
• プロジェクトの節目を年表にする
• 商品の特徴を視覚的に比較する

二光子撮像のTIFF画像と時刻付き行動位置CSVを、神経科学の共通形式NWBへ変換し、メタデータ・時刻同期・変換前後の一致を検証するスキル。

• 二光子撮像TIFFをNWBに変換したいとき
• 撮像と行動位置をまとめたいとき
• 同期パルスで時計のずれを確認したいとき

1000 Genomes Projectの3,202人を対象に、条件に合う遺伝的変異や保有者を検索し、変異の頻度、参加者間の血縁関係まで調べるスキル。

• 条件に合う変異の保有者を探したいとき
• 指定した参加者の変異を調べたいとき
• 参照配列と両コピーが一致する人の抽出

複数の学術データベースを使う文献検索から選別、研究結果の統合、引用確認までを支援します。検索条件や除外理由を記録し、MarkdownやPDFのレビューにまとめます。

• 論文や学位論文の先行研究の整理
• 再現できる文献検索を記録したいとき
• 文献の選別判断や除外理由の管理

プール型CRISPRスクリーニングの配列データやカウント表を解析します。ガイドライブラリと反復実験の品質を確認し、増加・減少した遺伝子を効果量と統計指標付きで順位付けします。

• FASTQからガイド別リードを集計したいとき
• ライブラリと反復実験の品質確認
• 処理群と対照群のスクリーニング比較

PubMedやarXivなど18の学術APIを目的に応じて選び、論文・プレプリント・引用関係・公開全文を探して、検索条件や取得元を再確認できる形で結果をまとめます。

• 研究テーマの論文・プレプリント検索
• DOI・PMID・arXiv IDで論文を照会
• 公開されている全文やPDFを探したいとき

病理の全スライド画像から組織領域を見つけ、学習用の小画像を切り出します。抽出位置の確認や染色の色調統一、患者単位でのデータ分割まで支援するスキル。

• 病理画像から学習用画像を抽出したいとき
• 組織マスクと抽出位置を確認したいとき
• H&E染色の色調を統一したいとき

PDFやウェブ、音声などの研究資料をノートにまとめ、出典付きの対話や検索、要約などの変換、複数話者のポッドキャスト生成を支援するスキルです。

• PDFやウェブ資料をまとめたいとき
• 資料に出典付きで質問したいとき
• 独自の要約や文章変換

PacBio HiFiの腫瘍・正常ペアの未整列BAMから、nf-core/pacsomaticの実行ファイルを作り、ローカル起動や計算クラスタへの投入を支援するスキル。

• 腫瘍・正常ペアの試料一覧を作りたいとき
• ドライランで実行ファイルを確認したいとき
• 計算クラスタに起動ジョブを投入したいとき

次世代シーケンスの解析データを整え、試料間の比較や品質確認、ヒートマップ作成を進めます。BAMからbigWigへの変換と、実験に応じた正規化も扱います。

• BAMを正規化してbigWigに変換
• シーケンス品質や反復試料の一致確認
• 転写開始点周辺のヒートマップ作成

学術論文を複数のデータベースで探し、著者・掲載誌などの書誌情報を確認してBibTeX形式に整理します。参考文献の重複や記載漏れ、原稿との対応も点検できます。

• 複数の学術データベースで論文を探したいとき
• DOIをBibTeXに変換したいとき
• 参考文献の重複を整理したいとき

MRIや脳波などの研究データを共通規格BIDSに沿って整理し、ファイル検索、規格への適合確認、DICOM変換、付随情報の作成を支援します。

• MRIや脳波データを規格に沿って整理
• 参加者・セッション・課題別の検索
• DICOM変換と付随情報の作成

分析法が目的に適しているかを確かめるため、適用する規格や指針の選択から試験計画、真度・精度などの統計評価、移管時の比較、報告書作成まで支援するスキル。

• 分析法の試験計画と判定基準を作りたいとき
• 検量線・真度・精度を評価したいとき
• 検出限界と定量限界を推定・確認したいとき

臨床意思決定支援の研究に使う評価資料や分析計画を作成・点検します。集計・合成データを対象に、根拠や確認状況を整理し、診療には使わない文書作成を支えます。

• 研究用モデルの評価資料を整えたいとき
• エビデンス資料と出典の対応確認
• 生存時間解析の計画を点検したいとき

H&E染色の病理画像から、組織内の遺伝子発現分布を予測します。約1万9千の遺伝子を指定し、画像の小区画からスライド全体の予測マップを作る研究用スキルです。

• 腫瘍切片のマーカー遺伝子分布の予測
• 実測データがないスライド群の発現予測
• 病理画像解析への予測発現の追加

2D蛍光顕微鏡画像から核を検出し、核数や核ごとの蛍光強度・面積を測定します。解析条件を保存した一括処理と、輪郭画像や測定表による品質確認を支援します。

• 顕微鏡画像を一括で核数計測したいとき
• 核ごとの蛍光強度と面積の測定
• 核の検出ミスを輪郭画像で確認したいとき

がんモデルの遺伝子依存性や薬剤感受性をDepMapデータで調べ、バイオマーカー別の比較や遺伝子間の関連解析から、研究候補を絞り込むスキル。

• がんモデルの依存遺伝子を順位付けしたいとき
• バイオマーカー別に依存性を比較したいとき
• 依存性パターンが似た遺伝子の探索

Screenpipeに記録された指定期間の作業履歴から、繰り返す研究作業を見つけ、既存スキルの活用案や組み合わせ、新しいスキルの下書きを提案します。

• 最近の作業から反復手順を探したいとき
• 既存スキルで補えない作業の確認
• 繰り返す作業をスキル化したいとき

代謝ネットワークのモデルを使い、反応を流れる物質量や遺伝子欠損の影響、培地条件、生産量の範囲をCOBRApyで計算し、実験に向けた仮説を検討するスキル。

• 代謝反応の流れと変動範囲の計算
• 遺伝子欠損の影響を比較したいとき
• 最小培地や生産量の範囲の検討

単一細胞解析の測定値と細胞・遺伝子の情報をまとめ、h5adやZarr形式で読み書きします。データの抽出・結合や、大規模データの省メモリ処理も支援します。

• h5ad・Zarrの読み書き
• 実験データをラベル付きで結合
• 細胞や遺伝子を条件で抽出したいとき

炭素13の標識測定から細胞内の代謝反応速度を推定し、原子の対応関係や入力条件を点検して、測定データでどの経路の流量まで絞り込めるかを調べるスキル。

• 炭素13の測定から代謝流量を推定したいとき
• 原子対応表と測定入力の整合性確認
• 仮定した反応速度から標識分布を予測