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Normalizes ChIP-seq data using exogenous spike-in (ChIP-Rx with Drosophila chromatin per Orlando 2014 / Egan 2016; E. coli carryover for CUT&RUN/CUT&Tag). Distinguishes RRPM from Rx-Input scaling, integrates with DiffBind / DESeq2 / edgeR / csaw via sizeFactors and DiffBind library-size vectors, and applies the Patel et al 2024 *Nat Biotechnol* review's failure-mode framework to validate that normalization is correctly applied at the read level (not peak counts). Use when global signal shifts are expected (HDACi, BETi, EZH2i, dosage, target knockdown), when ChIPseqSpikeInFree detects post-hoc shifts, or when validating internal-control regions before publication.

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Designs covalent inhibitors and warheads targeting cysteine (most common, 98% of covalent drugs), lysine, serine, threonine, tyrosine, and aspartate residues, with explicit handling of warhead reactivity (acrylamide, chloroacetamide, vinyl sulfone, sulfonyl fluoride, fluorosulfate, aldehyde, boronate, nitrile), reversibility (kinact/Ki, t_residence), glutathione (GSH) stability, intrinsic reactivity assays, and covalent docking (DOCKovalent, GOLD, HCovDock). Use when designing covalent inhibitors for targeted covalent inhibition (TCI), KRAS G12C-style approaches, or rationalizing covalent SAR.

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Run OpenSpec backlog delivery — validate BACKLOG.md, plan TaskCards, orchestrate agents by phase, review gate, and update backlog state.

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Run the API contract workflow for public interface changes, compatibility constraints, contract tests, documentation, and review.

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Run the authorized defensive security workflow — domain security-* skills, authorization gate, risk-based routing, hardening, and review.

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Run the advanced iterative workflow — Wayfinding AST discovery, Relentless Grilling, contract and spec design, TDD, council review, and docs.

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Design, implement, and review web interface layout, component states, feedback, and motion within the current CodeConductor workflow. Use for concrete web UI work or requested UI audits, not backend-only tasks or native mobile apps.

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Provides REST API design standards and best practices for Spring Boot projects. Use when creating or reviewing REST endpoints, DTOs, error handling, pagination, security headers, HATEOAS and architecture patterns.

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Verification loop for Spring Boot projects: build, static analysis, tests with coverage, security scans, and diff review before release or PR.

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Choose and review cryptographic usage in your codebase: TLS, hashing, KMS, secret storage. Prefer standard libraries and vetted constructions.

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Map owned assets, attack surface, and inventory for systems the requester is authorized to assess. Use for asset discovery, service catalogs, and exposure reviews — never unauthorized scanning.

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Review and harden web apps (authz, XSS, CSRF, SSRF, injection) on code you maintain. Complements the OWASP `security` skill. No exploit kits.

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Audit web pages for performance optimization following PageSpeed Insights guidelines. Use when analyzing page performance, optimizing web applications, reviewing performance metrics, implementing Core Web Vitals improvements, or when the user mentions page speed, performance optimization, Lighthouse scores, or Core Web Vitals.

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Harden network architecture, segmentation, TLS, and allowlists for systems you operate. Defensive design and review only.

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Analyze binaries or protocols you own (or have license to inspect) to improve security, compatibility, or incident response. Not for cracking, DRM bypass, or malware creation.

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Audits Hibernate database interactions to prevent N+1 query problems in JVM apps.

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Audits token storage mechanisms to prevent XSS-based JWT theft.

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Run the API contract workflow for request/response shape changes, compatibility constraints, contract tests, documentation, and review.

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Run the full feature workflow — task validation, technical design, implementation, testing, review, and documentation.

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Run the bug fix workflow — risk-based routing through task validation, implementation, testing, and optional review.

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Use when the project follows hexagonal (ports & adapters) architecture. Prevents domain code from depending on Spring or JPA. Use when you see packages like domain/, application/, infrastructure/, or adapters/ in the project structure.

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Use when generating or modifying any Spring Boot class — controllers, services, repositories, DTOs, mappers, or configuration. Enforces strict layer separation and prevents business logic from leaking across boundaries.

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Use when generating JPA entities, repositories, queries, or anything touching the persistence layer. Covers entity conventions, N+1 prevention, projections, and query patterns.

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Multi-agent council for code review and architecture decisions

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