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「lotl」の検索結果

132 件 ・ 関連度順

概要と使いどころ

Renders Hi-C contact matrices honestly and reproducibly with matplotlib, cooltools, HiCExplorer, pyGenomeTracks, FAN-C, CoolBox, and plotgardener. Covers the raw/ICE-balanced/observed-over-expected transform choice, LogNorm vs symmetric-diverging colormaps with vmax/percentile clipping, resolution-to-feature matching (compartments 100-500kb, TADs 10-40kb, loops 5-10kb), square vs rotated-triangle track-stacking, NaN/white-stripe handling, virtual 4C, APA/saddle/on-diagonal pileups, two-condition side-by-side and log2-ratio maps, and interactive (HiGlass) vs scripted-static publication figures. Use when plotting a contact matrix, choosing a normalization or color scale, building a multi-track Hi-C figure, making a virtual 4C profile, piling up loops/boundaries, or comparing two conditions.

日本語の概要は準備中です。原文の説明を表示しています。

peacezha/TRACE32026年10月11日 更新

Build Sankey, alluvial, river, and CONSORT-style flow diagrams to visualize cohort transitions, cell-state changes, or pipeline filtering using ggalluvial, networkD3, plotly, and consort. Use when showing how entities move between categories across timepoints (cell states, drug response classes, patient flow through a trial) or filtering pipelines (variants filtered through QC stages).

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peacezha/TRACE32026年10月11日 更新

Build volcano and MA plots from differential-expression / association results with LFC shrinkage, FDR-adjusted thresholds, sensible label placement, and axis-truncation conventions. Covers EnhancedVolcano, ggplot2, matplotlib, and the apeglm/ashr/normal shrinkage decision. Use when visualizing differential-expression results (RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, proteomics) or any per-feature effect-size + p-value table.

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peacezha/TRACE32026年10月11日 更新

Compose multi-panel publication figures with patchwork, cowplot, gridExtra (R), or matplotlib GridSpec/subfigures (Python) including shared axes/legends/guides collection, panel labels in Nature/Cell convention, and journal-spec sizing. Covers patchwork ≥1.2.0 axes='collect' feature, Type-42 font embedding, and the cairo_pdf save path. Use when composing 2+ subpanels into a single figure for journal submission.

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peacezha/TRACE32026年10月11日 更新

Renders Hi-C contact matrices honestly and reproducibly with matplotlib, cooltools, HiCExplorer, pyGenomeTracks, FAN-C, CoolBox, and plotgardener. Covers the raw/ICE-balanced/observed-over-expected transform choice, LogNorm vs symmetric-diverging colormaps with vmax/percentile clipping, resolution-to-feature matching (compartments 100-500kb, TADs 10-40kb, loops 5-10kb), square vs rotated-triangle track-stacking, NaN/white-stripe handling, virtual 4C, APA/saddle/on-diagonal pileups, two-condition side-by-side and log2-ratio maps, and interactive (HiGlass) vs scripted-static publication figures. Use when plotting a contact matrix, choosing a normalization or color scale, building a multi-track Hi-C figure, making a virtual 4C profile, piling up loops/boundaries, or comparing two conditions.

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peacezha/HPClaw32026年10月11日 更新

Build Sankey, alluvial, river, and CONSORT-style flow diagrams to visualize cohort transitions, cell-state changes, or pipeline filtering using ggalluvial, networkD3, plotly, and consort. Use when showing how entities move between categories across timepoints (cell states, drug response classes, patient flow through a trial) or filtering pipelines (variants filtered through QC stages).

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peacezha/HPClaw32026年10月11日 更新

Compose multi-panel publication figures with patchwork, cowplot, gridExtra (R), or matplotlib GridSpec/subfigures (Python) including shared axes/legends/guides collection, panel labels in Nature/Cell convention, and journal-spec sizing. Covers patchwork ≥1.2.0 axes='collect' feature, Type-42 font embedding, and the cairo_pdf save path. Use when composing 2+ subpanels into a single figure for journal submission.

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peacezha/HPClaw32026年10月11日 更新

Build volcano and MA plots from differential-expression / association results with LFC shrinkage, FDR-adjusted thresholds, sensible label placement, and axis-truncation conventions. Covers EnhancedVolcano, ggplot2, matplotlib, and the apeglm/ashr/normal shrinkage decision. Use when visualizing differential-expression results (RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, proteomics) or any per-feature effect-size + p-value table.

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peacezha/HPClaw32026年10月11日 更新

根据用户需求生成Python代码,用于读取CSV或Excel文件中的名称和数量列,绘制柱状图并保存为JPG格式。

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David-Li0406/meta-skill-evloving22026年7月14日 更新

读取Excel指定列的非空字符串数据,统计各元素数量,绘制饼状图,并在图中显示数量及括号内的占比,代码中不包含中文字符。

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David-Li0406/meta-skill-evloving22026年7月14日 更新

Creates interactive educational MicroSims using the best-matched JavaScript library (p5.js, Chart.js, Plotly, Mermaid, vis-network, vis-timeline, Leaflet, Venn.js). Analyzes user requirements to route to the appropriate visualization type and generates complete MicroSim packages with HTML, JavaScript, CSS, documentation, and metadata.

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David-Li0406/meta-skill-evloving22026年7月14日 更新

Detect abuse of legitimate Windows binaries (LOLBins) used for living off the land attacks. Monitors process creation, command-line arguments, and parent-child relationships to identify suspicious LOLBin execution patterns.

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aniket2348823/Vul-Agent22026年6月9日 更新