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概要と使いどころ
Statistical testing for differentially abundant proteins between conditions. Covers preprocessing (log2 transformation, normalization), limma and DEqMS workflows with empirical Bayes moderation, fold change shrinkage for accurate effect size estimation, and Python alternatives. Use when identifying proteins with significant abundance changes between experimental groups.
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Workflow for gene and transcript quantification from RNA-seq reads using alignment-based or alignment-free tools.
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Workflow for constraint-based metabolic modeling, context-specific models, gene essentiality, and systems-level interpretation.
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Workflow for haplotype phasing, genotype imputation, reference-panel matching, and imputation QC.
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Workflow for spatial transcriptomics preprocessing, domain detection, deconvolution, neighborhood analysis, and publication-ready maps.
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Browse and install community skills from the BioClaw Skills Hub. Use when a user's task is not covered by built-in skills, or when the user asks about available skills, advanced workflows, or specialized analysis pipelines. Triggers on "skills hub", "more skills", "install skill", "community skills", "find a skill for".
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Workflow for small-variant and structural-variant discovery, filtering, annotation, and interpretation from sequencing data.
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Shotgun metagenomics workflow with host-depletion-aware QC, taxonomic profiling, functional profiling, AMR follow-up, and reproducible community output tables.
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Workflow for small RNA and miRNA preprocessing, quantification, differential analysis, and target-oriented interpretation.
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Workflow for paired or integrated single-cell RNA and ATAC analysis with multimodal latent spaces and regulatory interpretation.
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Workflow for pseudotime, lineage branching, and state-transition analysis in single-cell data.
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Workflow for outbreak-style pathogen genomics, surveillance, lineage assignment, and transmission-oriented comparative analysis.
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Workflow for ribosome profiling, P-site aware preprocessing, periodicity checks, ORF detection, and translation efficiency analysis.
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Workflow for enrichment testing, ranked-gene analysis, pathway scoring, and pathway-focused visualization across omics outputs.
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Workflow for packaging analysis outputs into reproducible reports, clean tables, and publication-ready figure exports.
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Workflow for sequencing read QC, trimming, contamination screening, and pre-alignment cleanup.
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Proteina-Complexa flow-based protein backbone generation with fold-conditioned sampling guidance. Use this skill when: (1) Generating de novo protein backbones with hierarchical fold conditioning, (2) Exploring long-chain backbone generation beyond standard diffusion baselines, (3) Using NVIDIA Proteina-style flow matching workflows for controllable backbone design, (4) Comparing flow-based backbone generation against RFdiffusion or BoltzGen, (5) Prototyping fold-guided backbone campaigns before sequence design. This skill is based on the public NVIDIA Digital Bio Proteina project and uses "Proteina-Complexa" as the BioClaw-facing skill label. For sequence design after backbone generation, use proteinmpnn or solublempnn. For QC thresholds, use protein-design-qc.
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Workflow for foundational sequence parsing, conversion, compression handling, and interval-aware file validation.
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Workflow for fine-mapping, colocalization, mediation, pleiotropy analysis, and Mendelian randomization.
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Workflow for event-level and isoform-level splicing analysis with sashimi-ready outputs and splice QC.
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Workflow for RNA modification analysis such as m6A peak calling, differential modification, and transcript-level visualization.
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Workflow for integrating matched or partially matched omics layers into shared latent structure and cross-modal interpretation.
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Workflow for retrieving public omics datasets, sequences, annotations, and literature-linked biological resources.
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Workflow for copy-number estimation, segmentation, annotation, and visualization in sequencing-based assays.
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