「dna」の検索結果

seqLogo takes the position weight matrix of a DNA sequence motif and plots the corresponding sequence logo as introduced by Schneider and Stephens (1990).

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Epialleles are specific DNA methylation patterns that are mitotically and/or meiotically inherited. This package calls and reports cytosine methylation as well as frequencies of hypermethylated epialleles at the level of genomic regions or individual cytosines in next-generation sequencing data using binary alignment map (BAM) files as an input. Among other things, this package can also extract and visualise methylation patterns and assess allele specificity of methylation.

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doubletrouble aims to identify duplicated genes from whole-genome protein sequences and classify them based on their modes of duplication. The duplication modes are i. segmental duplication (SD); ii. tandem duplication (TD); iii. proximal duplication (PD); iv. transposed duplication (TRD) and; v. dispersed duplication (DD). Transposon-derived duplicates (TRD) can be further subdivided into rTRD (retrotransposon-derived duplication) and dTRD (DNA transposon-derived duplication). If users want a s

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Expert knowledge for Azure Firewall development including troubleshooting, best practices, decision making, architecture & design patterns, limits & quotas, security, configuration, integrations & coding patterns, and deployment. Use when configuring Azure Firewall rules, DNS proxy, TLS inspection, hub-spoke routing, or DNAT/SNAT behavior, and other Azure Firewall related development tasks. Not for Azure Web Application Firewall (use azure-web-application-firewall), Azure Firewall Manager (use azure-firewall-manager), Azure Virtual Network (use azure-virtual-network), Azure Virtual WAN (use azure-virtual-wan).

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Extract and document someone's authentic writing voice from samples. Use when someone needs a "voice guide," wants to capture their writing DNA, or needs to train AI to write in their style. Also useful for ghostwriting, brand voice documentation, or onboarding writers.

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公众号投资博主蒸馏器。通过公众号文章数据，自动提取交易体系、市场判断、表达风格、内容深度、互动特征、热点图谱、 人设基因七维DNA，输出结构化风格画像 profile。 触发词：蒸馏投资博主、蒸馏大V、蒸馏公众号大V、分析投资博主风格、 提取交易体系、风格画像、投资博主蒸馏。

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Access European Nucleotide Archive via API/FTP. Retrieve DNA/RNA sequences, raw reads (FASTQ), genome assemblies by accession, for genomics and bioinformatics pipelines. Supports multiple formats.

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Benchling R&D platform integration. Access registry (DNA, proteins), inventory, ELN entries, workflows via API, build Benchling Apps, query Data Warehouse, for lab data management automation.

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Query RegulomeDB v2 GET REST API to score variants for regulatory function and retrieve overlapping evidence (TF binding, histone marks, DNase peaks, footprints, motifs, eQTLs, chromatin state). Scores range 1a (strongest) to 7 (none). Use for GWAS hit prioritization, regulatory variant annotation, cis-regulatory discovery. Use clinvar-database for pathogenicity; gwas-database for trait associations.

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Query UCSC Genome Browser REST API for DNA sequences, tracks, gene models, and conservation across 100+ assemblies. Retrieve sequence by region, list/fetch BED/bigWig tracks, chromosome sizes, RefSeq/GENCODE gene structures, PhyloP/PhastCons scores. Use for UCSC annotations; Ensembl REST API for Ensembl gene IDs and VEP variant annotation.

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ENCODE Portal REST API for regulatory genomics: TF ChIP-seq, ATAC-seq/DNase-seq peaks, histone marks, and RNA-seq across 1000+ cell types. Search experiments by assay/biosample/target; download BED/bigWig; retrieve SCREEN cCREs by region or gene. Use to annotate variants with regulatory tracks, find open chromatin in a cell type, or fetch peak files for ChIP/ATAC analysis. For regulatory variant scoring use regulomedb-database; for GWAS associations use gwas-database.

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JASPAR 2024 TF binding profiles via REST API and pyJASPAR. Retrieve PFMs/PWMs by TF name, JASPAR ID, species, or structural class. Scan DNA for TFBS; browse by taxon (human, mouse) or TF family (bHLH, zinc finger). Use for motif enrichment input, TFBS scanning, and regulatory sequence analysis. For ChIP-seq peak motif discovery use homer-motif-analysis; for regulatory variant scoring use regulomedb-database.

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Benchling R&D Python SDK: CRUD on registry entities (DNA, RNA, proteins, custom), inventory, ELN, workflow automation. Needs Benchling account and API key. Use biopython for local sequence analysis; pubchem for chemical DBs.

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Python library for biology: sequence manipulation (DNA/RNA/protein), pairwise/multiple alignment, phylogenetic trees (NJ, UPGMA), diversity (Shannon, Faith PD, Bray-Curtis, UniFrac), ordination (PCoA, CCA, RDA), stats (PERMANOVA, ANOSIM, Mantel), file I/O (FASTA, FASTQ, Newick, BIOM). Use for microbiome, community ecology, or phylogenetics.

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孙宇晨(Justin Sun)的思维框架与表达方式。基于21,829条推文（14,418 EN + 7,411 ZH）、 1本自传《这世界既残酷也温柔》、155集音频课《财富自由革命之路》(~18小时)、 40+篇深度采访与调查报道、2篇核心中文长访谈（花总86分钟+晚点76分钟）、 2期英文深度播客（Bankless 90分钟+UpOnly 60分钟）、1段太空飞行纪录， 提炼14个核心心智模型、18条决策启发式和完整的表达DNA。 用途：作为思维顾问，用孙宇晨的视角分析加密行业、审视商业决策、提供反馈。 当用户提到「用孙宇晨的视角」「Justin Sun会怎么看」「孙哥模式」「sun perspective」时使用。 即使用户只是说「帮我用孙宇晨的角度想想」「如果Justin Sun会怎么做」「切换到孙哥」也应触发。

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Create original short videos using the 世界悬停｜持续靠近到末端复流 Creative DNA for MiniMax H3 or Seedance 2.0. Use when the user wants this causal, camera, motion, rhythm, or payoff structure with new subjects and surfaces.

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Create original short videos using the 威胁转商品｜危险逼近、反制命中与材质定型 Creative DNA for MiniMax H3 or Seedance 2.0. Use when the user wants this causal, camera, motion, rhythm, or payoff structure with new subjects and surfaces.

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Create original short videos using the 三角色同拍｜固定阵形与同步转向 Creative DNA for MiniMax H3 or Seedance 2.0. Use when the user wants this causal, camera, motion, rhythm, or payoff structure with new subjects and surfaces.

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Create original short videos using the 互动图鉴｜固定菜单切换生物 Creative DNA for MiniMax H3 or Seedance 2.0. Use when the user wants this causal, camera, motion, rhythm, or payoff structure with new subjects and surfaces.

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