「root」の検索結果

Reconcile gene trees against a species tree under probabilistic models of duplication, transfer, and loss (DTL) using ALE (Szöllősi 2013 amalgamated likelihood), GeneRax (Morel 2020 ML reconciliation), AleRax (Morel 2024 co-estimation), Whale.jl (Bayesian DL+WGD), RANGER-DTL 2 parsimony, NOTUNG, ecceTERA, and Treerecs. Use when inferring ancestral gene-family content, distinguishing duplication from horizontal transfer from differential loss, rooting deep species trees from gene-content signals (STRIDE / Williams 2017 ALE-rooting), counting DTL events per branch, refining noisy gene trees against a species tree, modeling WGD events jointly with DTL, or producing publication-grade gene-family histories for phylogenomic / comparative analyses.

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The Rembric TUI installer contract — the single, canonical install/setup/upgrade/uninstall path (`apps/plugin/install.sh`, fronted by the repo-root `install.sh` shim). Apply when touching `install.sh`, the root shim, any per-client `install.sh`/`uninstall.sh`, `marketplace.json`, or distribution docs (README, `docs/agents.md`, plugin/client READMEs). Covers the orchestrator model, what must not break, and where the source of truth lives. For running the validation suite, use `rembric-tui-installer-e2e`.

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Operations, debugging, and optimization for DAG workflows. Performs root cause analysis on failures, profiles execution performance, aggregates results from parallel branches, bridges context between nodes, and learns patterns from execution history. Activate on "DAG failed", "why did it fail", "root cause", "performance profile", "aggregate results", "merge branches", "execution patterns", "optimize DAG". NOT for planning DAGs (use dag-planner), executing DAGs (use dag-runtime), or validating outputs (use dag-quality).

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Guides systematic root-cause debugging. Use when tests fail, builds break, behavior doesn't match expectations, or you encounter any unexpected error. Use when you need a systematic approach to finding and fixing the root cause rather than guessing.

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Expert-level control systems engineering covering feedback control, PID design, root locus, frequency domain methods, state-space design, and digital control.

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Use when tracing the root cause of a resolved incident or recurring bug — 5-whys chain, fishbone categorisation, contributing-factors split — even if the user says 'why does this keep breaking?'.

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dev-graph を呼出し元 repository/worktree 内へ冪等初期化したいとき、6 content root と repo-local config/state/templates/hook fallback を安全に用意したいときに使う。

インシデント発生後の振り返りと根本原因分析を体系的に実施するスキル。 ログファイル解析や技術デバッグが必要な場合は log-debugger を使用すること。 本スキルはインシデント管理プロセス（タイムライン構築、影響評価、 是正措置計画、再発防止策）に特化する。ログデータの分析ではなく、 組織的な振り返りプロセスと是正措置の策定が主目的である。 Use when conducting post-incident reviews without log analysis, creating corrective action plans, or performing organizational root cause analysis focused on process improvement. NOT for log file debugging. Triggers: "post-incident review", "corrective action plan", "incident report作成", "再発防止策", "RCAレポート", "是正措置", "インシデント振り返り"

METAINFORMANT rules for the repository root. Use when editing, adding tests, or reviewing code under this path. Read the linked AGENTS.md first; use uv only, write outputs to output/, real implementations.

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Framework-agnostic core concepts for TanStack Router: route trees, createRouter, createRoute, createRootRoute, createRootRouteWithContext, addChildren, Register type declaration, route matching, route sorting, file naming conventions. Entry point for all router skills.

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Problem solving and analysis: Structured thinking processes for complex problems. Divide & Conquer, Root Cause Analysis, SWOT, Pareto, and decision heuristics.

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Turns reported data problems (messages, tickets, meeting notes, complaints) into one DRAFT issue log: one row per issue with the symptom as reported, dataset and fields named, reproduction steps, affected reports, first seen date, reporters, a suggested owner, and blank severity, root cause and status cells for the owner. Never asserts a root cause, severity or fix. Use when the user asks to "log these data issues", "turn these complaints about the numbers into an issue list", "build the data quality backlog", "which reports are hit by this data problem" or "write up the reproduction steps for this data bug". Do not use for exploring or profiling a dataset, use dataset-insight-pack instead; for an IT incident write-up, use incident-postmortem-drafter; for tracking fix actions once assigned, use corrective-action-tracker. Drafts for human review; never approves, authorises or signs off.

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指定した起動ディレクトリとdotfiles rootのスキル配置・エージェント定義を、既存audit scriptで点検する。

指定した起動ディレクトリと、親が確定した dotfiles root のスキル配置・エージェント定義を点検する。 判定の正は etc/audit-skill-agent-layout.py。実効 runtime の native 優先順、Cursor の name、 agent の model/role、生成物の状態を報告する。「overlay 点検」「スキル配置」 「エージェント定義は共通か」「layout audit」「/overlay-audit」で使う。

Nix + flake-parts 開発環境の構築パターン: root flake.nix（成果物）+ dev/flake.nix（devShell + CI シェル）を direnv で読み込む構成、および GitHub Actions CI テンプレートを提供する。このスキルは /nix-devenv と明示的に呼び出されたときのみ使用する。キーワードマッチによる自動起動はしない。

Apply when debugging. Trace each symptom to its root cause and fix it there; reproduce first, ask why until you reach it, resist nil-check guards that silence crashes.

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Forensic root cause analyzer for Antigravity sessions. Classifies scope deltas, rework patterns, root causes, hotspots, and auto-improves prompts/health.

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Use when working with Bigpanda — bigPanda AIOps platform management covering event correlation, root cause analysis, incident management, alert enrichment, topology-based correlation, environment management, and analytics. Use when configuring BigPanda correlation patterns, investigating correlated incidents, tuning noise reduction, or analyzing alert topology and root cause indicators.

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Systematically trace bugs backward through call stack to find original trigger

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Parallel read-only multi-agent root-cause investigation for bugs, regressions, crashes, flaky behavior, or unexplained failures. Use when the user asks to investigate a bug, find the root cause, trace a regression, understand why something broke, or wants a ranked diagnosis with the fastest proof path without making code edits.

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Guides systematic root-cause debugging. Use when tests fail, builds break, behavior doesn't match expectations, or you encounter any unexpected error. Use when you need a systematic approach to finding and fixing the root cause rather than guessing.

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This skill should be used when the user asks to "escalate privileges on Linux", "find privesc vectors on Linux systems", "exploit sudo misconfigurations", "abuse SUID binaries", "exploit cron jobs for root access", "enumerate Linux systems for privilege escalation", or "gain root access from low-privilege shell". It provides comprehensive techniques for identifying and exploiting privilege escalation paths on Linux systems.

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Harden the Docker daemon by configuring daemon.json with user namespace remapping, TLS authentication, rootless mode, and CIS benchmark controls.

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PR の CI / マージ監視 (tools/pr-watch.sh) を broker tmux セッション内の専用ペイン pr-watch-<PR> で回す。窓口が PR 作成直後に `/pr-watch-pane <PR>` で起動すると、 ja-root cwd・sandbox 外で監視が走り、/clear や窓口セッション寿命と無関係に継続する。 pane name で冪等起動 (二重監視しない)、role=watcher で identity 登録、監視終了 (CI green / PR merged / timeout) で broker の tmux backend ならペイン自動 close (herdr / wezterm / renga のペインは tmux ペインでないため自動 close されず、窓口が 監視終端でイベント駆動 close する)。Bash tool の background は session 寿命依存で長時間 watcher には不適なので本 skill が推奨経路。 「CI 監視をペインで」「pr-watch をペインで回して」「PR <N> の CI を見張って」等で発動。