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aact-bulk-trials

使用 AACT (Aggregate Analysis of ClinicalTrials.gov) PostgreSQL 数据仓库进行批量、历史、聚合性临床试验数据挖掘。

Use this skill when the user requests bulk SQL analysis over the full clinical trials data warehouse — historical trial trends, disease landscapes, similar-design matching, or multi-year aggregations across hundreds of thousands of NCT records. 触发场景包括：AACT 查询、临床试验批量分析、PostgreSQL 试验数据、全量 NCT 检索、试验数据挖掘、历史试验分析、clinical trials data warehouse、SQL trials、bulk trial analysis、disease landscape、试验设计相似性匹配、跨年度聚合、sponsor/phase/country 多维统计。

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**与 clinical-trials-v2 差异**：本 skill 走批量 SQL · 离线大数据（PostgreSQL）；v2 走实时 API · 单查询。两者互补：单条 NCT 实时状态用 v2，百万级历史挖掘用本 skill。

支持云端公共 PostgreSQL（aact-db.ctti-clinicaltrials.org · 零部署）和每日 dump 本地还原（高性能 · 离线）两种连接方式，自动检测优先用本地。跨平台（macOS/Linux/Windows）参数化 SQL 防注入，read-only 强制保护。

EthanYoQ/Skill-hub

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含まれるファイル（4）

SKILL.md8.1 KB
references/aact-schema.md4.8 KB
references/connection-setup.md3.2 KB
references/sql-templates.md5.6 KB

SKILL.md（原文）

インストールする前に、エージェントに与えられる指示の中身を確認できます。

AACT Bulk Trials · 批量临床试验数据仓库

1. 何时调用本 skill

调用本 skill 当用户请求：

疾病领域全景分析（"过去 10 年血液病所有 NCT 试验按 phase/sponsor 聚合"）
跨年度趋势聚合（"AML 领域 III 期试验赞助商分布"）
设计相似试验匹配（"找与 NCT12345678 设计相似的其他试验"）
整库扫描 / 百万级 JOIN（条件 + 干预 + 结果跨表）

不要调用本 skill（应转其他）：

单条 NCT 最新状态查询 → clinical-trials-v2（实时 API · 互补）
文献检索 → pubmed-search / europepmc-search
临床报告撰写 → clinical-reports

与 clinical-trials-v2 的差异：

维度	clinical-trials-v2	aact-bulk-trials（本 skill）
数据源	ClinicalTrials.gov v2 REST API	AACT PostgreSQL 镜像（每日同步）
单次容量	≤ 1000 条	单 SQL 可处理百万级
网络	强依赖	本地模式离线可用
延迟	低（实时）	T+1（每日 dump）
适用场景	单试验细节、最新状态	批量聚合、历史趋势、跨表 JOIN

2. 上下游 skill 协作

clinical-trials-v2  ────┐
   (实时单查 · 互补)      │
                         ▼
   aact-bulk-trials  →  medical-evidence-grading  →  evidence-appendix-sync
   (本 skill · 批量SQL)    (上层 · 批量 grade)         (终下游 · 报告附录)

上游：用户原始批量挖掘需求（市场调研、疾病全景、设计相似性）
平级互补：clinical-trials-v2（单条实时） / pubmed-search（文献）
下游：medical-evidence-grading（用本 skill 输出的 NCT 列表批量评级） → evidence-appendix-sync（终态报告附录 C）

3. 核心能力速查（5 个 SQL 模板）

所有签名见 references/sql-templates.md，参数化 SQL 防注入，默认 LIMIT 1000。

函数	签名（参数）	用途
`query_trials_by_condition`	`(condition_term, year_from, year_to, phase, limit)`	按适应症 + 年份 + phase 检索
`query_trials_by_intervention`	`(intervention_name, intervention_type, limit)`	按干预名 + 类型检索
`query_trials_results_summary`	`(nct_id_list)`	已上传 results 的试验统计摘要
`bulk_disease_landscape`	`(disease_term, year_from, year_to)`	疾病四维聚合（phase/status/sponsor/国家）
`find_similar_design_trials`	`(reference_nct_id, limit)`	设计相似试验匹配

完整 SQL 见 → references/sql-templates.md

4. 双连接快速决策

skill 启动时自动检测：本地 dump (B) → 云端 (A) → 报错指引。

模式	何时用	性能
本地 dump（B）	批量挖掘 / 整库扫描 / 跨年度聚合	典型 < 5s
云端公共（A）	偶发查询 / 无本地 PostgreSQL	200ms - 2s

部署细节、yaml 配置、密钥管理、read-only 强制 → references/connection-setup.md

Schema 关系图、关键表速查、字段陷阱、推荐 GIN 索引 → references/aact-schema.md

5. 工作流（Decision Tree）

用户请求
  │
  ├─ 单条 NCT 实时？ → 转 clinical-trials-v2
  ├─ 文献需求？ → 转 pubmed-search
  │
  └─ 批量 / 历史 / 聚合？ → 本 skill
        │
        ├─ 1. 检测连接（local → cloud → 报错）
        ├─ 2. 解析意图，匹配 5 个 SQL 模板之一
        ├─ 3. 参数校验（phase 枚举 / 日期合法 / LIMIT 上限 / NCT 格式 ^NCT\d{8}$）
        ├─ 4. 大查询先 EXPLAIN (ANALYZE, BUFFERS) 评估
        ├─ 5. 执行 + 流式取数（>50K 行用 server-side cursor）
        ├─ 6. 后处理（去重、聚合、JSON 序列化）
        └─ 7. 返回结构化结果 + meta（耗时、命中行数、来源 mode、snapshot 日期）

6. 失败模式与处置

现象	根因	处置
云连接超时 / SSL 错误	网络限制或 AACT 服务波动	切换 `mode: local`；或加 `sslmode=require` 重试
`psql: connection refused`（本地）	本地 PostgreSQL 未启动	macOS: `brew services start postgresql@16` / Linux: `sudo systemctl start postgresql` / Windows: `Start-Service postgresql-x64-16`
`password authentication failed`	凭据错误或环境变量缺失	检查 `$AACT_*` 环境变量；引导访问 https://aact.ctti-clinicaltrials.org/users/sign_up
`relation "xxx" does not exist`	AACT schema 年度变更（每年 1-2 次）	对照 https://aact.ctti-clinicaltrials.org/release_notes 校准列名
查询无返回但 ClinicalTrials.gov 有	T+1 数据延迟（当日新建试验未入 dump）	转 `clinical-trials-v2` 实时 API
OOM / 客户端被 kill	一次性拉百万行到内存	改用 server-side cursor `cursor(name='aact_stream')` 或加 LIMIT 分页
`statement timeout`（120s）	查询无索引或选择性差	检查 EXPLAIN；建 GIN trigram 索引；或临时 `SET LOCAL statement_timeout = 0`
`cannot execute DROP/DELETE in read-only transaction`	用户/prompt 注入了破坏性 SQL	正确行为：read-only 模式拦截了误操作；不要绕过，检查输入来源

7. 输出契约

{
  "meta": {
    "mode": "local",
    "query_template": "bulk_disease_landscape",
    "elapsed_ms": 1842,
    "row_count": 273,
    "limit_applied": 1000,
    "aact_snapshot_date": "2026-04-24",
    "warnings": []
  },
  "data": [ /* 结构因模板而异 */ ]
}

8. 安全与合规

AACT 数据为公开数据集，不含 PHI也不可重识别患者；勿与内部患者数据 JOIN
云端凭据通过环境变量 + ~/.config/aact.local.yaml（.gitignore），永不入 git
所有 SQL 模板参数化查询（:param），禁止字符串拼接
会话级 SET default_transaction_read_only = ON 强制只读，防 DROP/DELETE 误操作
引用 AACT 数据时附署：Data source: AACT (Clinical Trials Transformation Initiative), snapshot {date}

9. References（按需深读）

文件	内容
`references/connection-setup.md`	云端 vs 本地 dump 部署、yaml 完整模板、跨平台服务管理、密钥铁律
`references/aact-schema.md`	Schema 关系图、关键表速查、JOIN 路径、字段陷阱、推荐 GIN 索引
`references/sql-templates.md`	5 个 SQL 模板完整版、参数说明、性能优化、测试清单

10. 参考资料

AACT 主页：https://aact.ctti-clinicaltrials.org
每日 dump：https://aact.ctti-clinicaltrials.org/downloads
Schema 文档：https://aact.ctti-clinicaltrials.org/schema
Release notes（schema 变更）：https://aact.ctti-clinicaltrials.org/release_notes
ClinicalTrials.gov v2 API（实时备查）：https://clinicaltrials.gov/data-api/api

版本：v2.0 · 2026-04-25 · 适配 AACT schema 2026-Q1

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概要と使いどころ

aact-bulk-trials

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使用 AACT (Aggregate Analysis of ClinicalTrials.gov) PostgreSQL 数据库进行大批量临床试验历史分析与数据挖掘。触发场景包括：AACT 查询、临床试验批量分析、PostgreSQL 试验数据、全量 NCT 检索、试验数据挖掘、clinical trials data warehouse、疾病领域全景分析、设计相似试验匹配、跨年度试验趋势聚合。本 skill 通过 SQL 接口处理百万级试验记录，支持云端公共 PostgreSQL 服务（aact-db.ctti-clinicaltrials.org）和每日 dump 本地还原两种连接方式，自动检测并优先使用本地高性能模式。

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