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manuscript-as-code

Treat manuscripts as software: version control, reproducible builds, figure pipelines, CI, and structured repo layout. Helps teams avoid 'final_v7' chaos and ensures submission-ready artifacts.

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含まれるファイル(2)

  • SKILL.md1.8 KB
  • templates/repo-structure.md856 B

SKILL.md(原文)

インストールする前に、エージェントに与えられる指示の中身を確認できます。

Manuscript as Code(论文工程化)

目标

把“写论文”升级成“交付可复现的出版工程”:

  • 结构清晰:任何人进仓库都知道哪里改正文、哪里改图、哪里改引用
  • 可复现:一条命令能构建 PDF/HTML;CI 自动验证
  • 可审计:每张图/每个结果都有来源(代码/数据/参数)

适用:

  • 多人协作写作(导师/合作者/跨机构)
  • 反复投稿/返修(需要明确改动轨迹)
  • 图表多、实验多、容易“找不到版本”的项目

推荐仓库结构(最小可行)

见 templates/repo-structure.md。核心思想:

  • manuscript/:只放正文与引用(source-of-truth)
  • figures/:每张图一个目录(source + out)
  • build/:所有生成物(可删除,可再生)
  • submission/ 与 revision/:投稿与返修阶段产物

元规则(工程化的关键)

1) 生成物与源文件分离

  • 源:figures/fig-02/src/plot.py
  • 产物:figures/fig-02/out/fig-02.pdf
  • 禁止把产物当源文件编辑(比如在 PDF 上涂改)

2) 每张图都要能“重生成”

最少要求:

  • 一条命令 + 固定参数能导出最终图(PDF/TIFF)
  • 记录依赖版本与随机种子(如果有)

3) 把“投稿约束”写成配置

推荐维护:

  • submission/submission-manifest.yml(统一记录规格与完成度)

案例(推荐学习)

  • Manubot:manubot/rootstock(论文的 CI/协作写作范式)
  • Deep review:greenelab/deep-review(评审/返修视角)

レビュー

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