abinit
無料Generate and manage ABINIT DFT calculations. Use when the user requests ABINIT, or needs DFPT phonons, GW calculations, or BSE optical spectra.
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Hello-QM/catgo-LRG2082026年10月23日 更新
無料GitHub で公開
electronic-analysis
Use when the user asks to analyze DOS, band structure, COHP bonding, d-band center, or MD trajectory properties (RDF, RMSD, RMSF, hydrogen bonds, clustering, dimensionality reduction, dihedral angles, planar density).
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Hello-QM/catgo-LRGスター 208(GitHub 208 + cccskills 0)
実行スコア 未検証
インストール方法を見る含まれるファイル（1）
- SKILL.md3.0 KB
SKILL.md（原文）
インストールする前に、エージェントに与えられる指示の中身を確認できます。
Electronic Structure & MD Trajectory Analysis
Density of States (DOS)
| Tool | Purpose |
|---|---|
catgo_dos_total | Total DOS |
catgo_dos_compute | Projected DOS (PDOS) for atom groups |
catgo_dos_dband | D-band center, width, filling (catalysis) |
catgo_dos_from_dir | Load DOS from remote HPC directory |
PDOS Workflow
- Get
session_idfrom file upload orcatgo_dos_from_dir - Define atom groups:
{"groups": [{"atoms": [0,1,2], "channels": "d", "label": "Surface Pt d"}]} - Call
catgo_dos_computewith session_id and groups
Channel syntax: "d", "s,p", "dxy,dz2"
D-Band Analysis
catgo_dos_dband(session_id, atoms=[surface_indices]) — Returns d-band center, width, filling.
- Higher center = stronger adsorbate binding
occupied_only_center=True(default) for occupied d-band center
Band Structure
| Tool | Purpose |
|---|---|
catgo_bands_data | Band energies, k-path, band gap |
catgo_bands_projections | Projected (fat) bands with orbital weights |
Report: direct/indirect gap, gap value, high-symmetry labels.
COHP (Bonding Analysis)
catgo_cohp_data — Crystal Orbital Hamilton Population from LOBSTER output.
bond_indices: 1-based bond numbers- Negative -COHP below Fermi = bonding; positive = antibonding
- ICOHP = quantitative bond strength
MD Trajectory Analysis
All MD tools accept trajectory_b64 (base64-encoded file) and format (pdb, xyz, extxyz, lammpstrj).
Structural Analysis
| Tool | Purpose | Key Parameters |
|---|---|---|
catgo_md_rdf | Radial distribution g(r) | pairs, r_range, n_bins |
catgo_md_rmsd | RMSD over time (stability) | ref_frame, atom_indices |
catgo_md_rmsf | Per-atom fluctuation | atom_indices |
catgo_md_dihedrals | Dihedral angle evolution | atom_quartets |
Hydrogen Bond Analysis
| Tool | Purpose |
|---|---|
catgo_md_hbonds | Detect H-bonds per frame |
catgo_md_hbond_lifetime | H-bond lifetime autocorrelation |
Methods: baker_hubbard or wernet_nilsson. Default: D-A 3.5 A, D-H-A angle 150 deg.
Conformational Analysis
| Tool | Purpose |
|---|---|
catgo_md_clustering | Cluster frames by structural similarity (kmeans/dbscan) |
catgo_md_dimreduce | PCA/t-SNE/UMAP embedding |
catgo_md_planar_density | 2D density map (diffusion analysis) |
Workflow Recipes
Surface Catalysis DOS
catgo_dos_from_dir(remote_path="...")→ 2.catgo_dos_total→catgo_dos_dband(atoms=[surface])→ 4.catgo_dos_compute(groups=[...])
MD Water/Interface
catgo_md_rdf(pairs=[["O","H"],["O","O"]])→ 2.catgo_md_hbonds→catgo_md_hbond_lifetime→ 4.catgo_md_planar_density(plane="xy")
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